小编Kam*_*Sen的帖子

我刚刚开始使用snakemake并且想知道在同一个文件上运行一组参数的"正确"方法是什么以及这对于规则的链接有什么作用？

因此,例如,当我想要多个规范化方法时,接下来让我们说一个具有不同数量的k个聚类的聚类规则.这样做的最佳方法是什么,以便运行所有组合？

我开始这样做:

INFILES = ["mytable"]

rule preprocess:
input:
    bam=expand("data/{sample}.csv", sample=INFILES, param=config["normmethod"])

output:
    bamo=expand("results/{sample}_pp_{param}.csv", sample=INFILES, param=config["normmethod"])

script:
    "scripts/preprocess.py"

然后通过以下方式调用脚本:

snakemake --config normmethod =中位数

但是,在工作流程的后期,这并没有真正扩展到更多选项.例如,我如何自动合并这些选项？

normmethods= ["Median", "Quantile"]
kclusters= [1,3,5,7,10]