小编Dav*_*uer的帖子

我在R中有一个数据帧，其中有一个非连续数字（data$SiteID）的向量，我想映射到一个连续数字（data$site）的向量到的唯一值data$SiteID。在每个站点中，我想映射data$TrtID到其他唯一的0位置data$TrtID == 'control'或下一个顺序整数data$TrtID：

data <- data.frame(SiteID = c(1,1,1,9,'108','108','15', '15'), 
                   TrtID = c('N', 'control', 'N', 'control', 'P', 'control', 'N', 'P'))

1. data$site应该是c(1,1,1,2,3,3,4,4)。
2. data$trt应该是c(1,0,1,0,1,0,0,1)。

如Intro to R手册中所述,

paste("\\")

版画

[1] "\\"

是否可以打印出粘贴

[1] "\"

？

更新:我不希望Gavin这个很好的答案被卡在下面的评论中,所以我将它贴在这里:

print(xtable(as.matrix("\\citep{citation}")), sanitize.text.function = function(x) {x}) 

我正在尝试使用该功能insertSource(R 2.12中的新功能)来更新我所做的更改的功能.

但是,当我以这种方式使用该功能时:

insertSource('filename.R', package = 'mypackage')

我收到错误:

Error in get(this, envir = envp) : object '.cacheOnAssign' not found

不幸的是我无法想出一个简单的可重复的例子 - 如果有人会有所帮助,请建议我如何做 - 但我发现以下代码确实有效:

system("echo 'nls <- function(nls) return(nls)' > foo.R")
insertSource('foo.R', package = stats)

stats包和mypackage之间的一个区别是库位置(mypackage位于'〜/ lib/R /'.(更新):当.libPaths('~/lib/R')进入时仍然出现错误.Rprofile,而googleing'.cacheOnAssign'只返回6次点击,其中两次对这个问题.

问题:

1. 错误是什么意思？
2. 我该怎么用insertSource？

调试

运用 options(error = recover)

options(error = recover) 
Error in get(this, envir = envp) : object '.cacheOnAssign' not found
Called from: get(this, envir = envp)
Browse[1]> where
where 1: …

背景

我创建一个newpackage取决于oldpackage,并表示在文件中这种依赖关系newpackage/DESCRIPTION.

此外,

• oldpackage安装在目录中,~/lib/R

• 我的.Rprofile包括.libPaths("~/lib/R")

  • 因此,我可以成功加载oldpackage而无需指定库位置,例如,使用library(oldpackage)R中的命令

尽管能够在没有指定库的情况下加载包,但是R CMD check newpackage给出了一个错误,表明它不能很好地解决oldpackage:

checking whether the package can be loaded ... ERROR 
Loading required package: oldpackage
Error: package 'oldpackage' could not be loaded
In addition: Warning message:
In library(pkg, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, lib.loc = lib.loc) :
  there is no package called 'oldpackage'
Execution halted


It looks like this package has a …

我想编写一个脚本,在新的ubuntu安装上安装JAGS和rjags,这将独立于这些软件包的当前可用版本.我想知道如何在避免版本冲突的同时做到这一点.

我有以下R脚本,initialize.R:

system('apt-get install jags') 
install.packages('rjags')

这样我就可以从bash运行了:

sudo R --vanilla < initialize.R

但是,Ubuntu存储库中最新版本的JAGS是2.​​2,CRAN提供的rjag版本取决于JAGS> 3.0.

我感兴趣的安装compatable JAGS和rjags,或许可以:

1. 安装特定版本的JAGS(例如2.2)和兼容的rjags版本(哪个版本？)
2. 通常在ubuntu存储库中安装当前版本的JAGS以及相应的rjags版本,或者
3. 通常在cran和适当版本的JAGS上安装最新版本的rjags

做案例1的能力是必不可少的,但我也很好奇如何实施案例2和/或3.

问题:

• 我怎样才能做到这一点？
• 有更健全的方法吗？

更新:在Dirk的答案中的以下链接,以下工作:

add-apt-repository ppa:marutter/rrutter
apt-get update
apt-get install r-cran-rjags 

我有本地脚本,我想在远程服务器上运行.我已经设置了ssh密钥对来启用没有密码的登录.

我目前的方法是将脚本rsync到服务器然后运行它:

ssh user@remoteserver "rsync localserver:script.sh ./; ./script.sh; rm script.sh"

然而,这似乎是一个黑客; 是否有更友好的方式来做到这一点？

更新:既然有这么多好的答案,任何人都可以通过提供理由帮助我选择"最好的"吗？

这是一个示例数据集:

data <- data.frame (author = c('bob', 'john', 'james'), 
                    year = c(2000, 1942, 1765), 
                    title = c('test title one two three', 
                              'another test title four five', 
                              'third example title'))

我想自动化制作bibtex引用的过程,例如使用这样的函数:

bibtexify <- function (author, year, title) {
      acronym <- convert.to.acronym(title)
      paste(author, year, acronym, sep='')
      }

这样我得到以下结果:

with(data, bibtexify(author, year, title))
[1] 'bob2000tto'
[2] 'john1942att'
[3] 'james1765tet'

可以在R中这样做吗？

谢谢!

背景

我正在编写一个不断更新数据帧的脚本:

 ## Step A calculations
 results <- data.frame(results.from.A)

 ## Step B calculations

 results <- rbind(results, results.from.B)

 ##At the end of script
 print(xtable(results))

但是这种现有对象名称的重新分配results <- f(results似乎可能是不好的做法.

我也可以这样做:

 ##At the end of script
 results <- as.data.frame(rbind(results.from.A, results.from.B))

或者只是添加到列表中

 results <- list()

 ## Step A calculations
 results[[A]] <- results.from.A

 ## Step B calculations

 results[[B]] <- results.from.B

 ##At the end of script
 print(xtable(as.data.frame(results)))

题

哪种方法或其他方法更受青睐？

我在目录〜/ package中有一个R包; 我还保留了在〜/ package/out目录中使用包的输出.当〜/ package/out的内容变得非常大时,构建这个包需要几分钟而不是几秒钟.有没有办法让"R CMD构建包"忽略〜/ package/out目录？

我的问题:

我有一个myscript.R使用配置文件的R脚本,例如config.xml,将这样的脚本提交给作业调度程序的最佳方法是什么(例如,使用qsub)？

我希望能够以与我使用相同的方式使用脚本和文件,例如嵌入在bash脚本中的C或Fortran可执行文件.

我目前如何使用FORTRAN:

下面是我使用编译的Fortran可执行文件的方法的示例,fex如下所示我将调用fscript.sh:

!#/bin/bash/
mpirun [arguments] "fex" -f $1

以上内容fscript.sh可以发送到集群,其中包含读取配置文件的说明,如下所示:

qsub [arguments] fscript.sh 1 config.xml

我目前如何以类似的方式使用R:

要以类似的方式运行R,我使用的是bash脚本 rscript.sh

#!/bin/bash
CONFIG=$1
env $CONFIG R --vanilla < myscript.R

这可以在命令行运行,例如

qsub [arguments] rscript.sh config.xml

哪里rscript.R包含类似的东西

library(XML)
config <- Sys.getenv("CONFIG")
config <- xmlList(xmlParse(config.xml))
myfunction(config)

我的问题

1. Rscript或编译器会提供比我目前使用的bash更强大的方法吗？
2. 在哪种情况下哪一种比另一种更合适(利弊是什么)？
3. 在这两种情况下,我如何传递配置文件？

到目前为止我做了什么

除了提出rscript.sh上面描述的bash脚本之外,我还阅读了教程和一些文档Rscript以及编译器,但我不清楚这些是否是一个优先于另一个的上下文.此外,还不清楚在任一上下文中传递配置文件的最佳方法.

这个问题与其他问题有关,例如,从R程序创建可执行文件的方法是什么,R编译器是否存在？.但是,我不认为使用编译代码是必不可少的.