我试图用之前的问题/答案解决这个问题,但没有任何成功.所以,这是我的问题.
我正在使用RStudio和Ubuntu盒子(14.04),我试图从源代码升级rJava,在这个过程中我设法失去了它.
我尝试再次使用,安装它,
install.packages("rJava")
返回以下错误消息,
configure: error: One or more Java configuration variables are not set.
Make sure R is configured with full Java support (including JDK). Run
R CMD javareconf
as root to add Java support to R.
If you don't have root privileges, run
R CMD javareconf -e
to set all Java-related variables and then install rJava.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/home/darren/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/rJava’
Warning in install.packages :
installation of package ‘rJava’ had non-zero exit status …在其他语言中似乎有类似的问题,但我在R中找不到一个.
我在目录的子目录中有许多文本文件; 它们都有扩展名(.log),它们包含文本和数据的混合.我想从这些相对较大的文件中提取几行.
例如,一个文件如下...
blahblahblah
NUMBER OF CARTESIAN GAUSSIAN BASIS FUNCTIONS = 210
blahblahblah
----------------------------------------<br />
CPU timing information for all processes<br />
========================================<br />
0: 8853.469 + 133.948 = 8987.417<br />
1: 8850.817 + 126.587 = 8977.405<br />
2: 8851.925 + 128.576 = 8980.501<br />
3: 8847.992 + 125.871 = 8973.864<br />
----------------------------------------<br />
ddikick.x: exited gracefully.<br />
blahblahblah
我想收集基本函数的数量(本例中为210)和CPU时间总量.
"CARTESIAN GAUSSIAN BASIS FUNCTIONS数量="这一行对每个文件都是唯一的; 即,如果我在文本编辑器中打开文件并使用此字符串进行搜索,我只返回这一行.类似地,对于"所有进程的CPU时序信息"和"优雅地退出".
我很欣赏我似乎没有做很多事来帮助自己,但我不知道从哪里开始.如果有人能指出我正确的方向,我希望能够填补其余的.
在@Ben给我的帮助之后(见下文),这里是我最终使用的代码,
filesearch <- function (x) {
f <- readLines(x)
cline <- grep("NUMBER OF …我正在调整数据,具体来说,我打开了这个pdf http://pubs.acs.org/doi/suppl/10.1021/ja105035r/suppl_file/ja105035r_si_001.pdf并从表s4中删除了数据,
1a 1b 1a 1b
1 5.27 4.76 5.09 4.75
2 2.47 2.74 2.77 2.80
4 1.14 1.38 1.12 1.02
6 7.43 7.35 7.22-7.35a 7.25-7.36a
7 7.38 7.34 7.22-7.35a 7.25-7.36a
8 7.23 7.20 7.22-7.35a 7.25-7.36a
9(R) 4.16 3.89 4.12b 4.18b
9(S) 4.16 3.92 4.12b 4.18b
10 1.19 0.91 1.21 1.25
将其粘贴到记事本中并将其保存为txt文件.
s4 <- read.table("s4.txt", header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
给,
X1a X1b X1a.1 X1b.1
1 5.27 4.76 5.09 4.75
2 2.47 2.74 2.77 2.80
4 1.14 1.38 1.12 1.02
6 7.43 …我有两个数据帧,并希望使用one(DF1$pos)中的值来搜索DF2中的两列(DF2start,DF2end),如果它在这些数字范围内,则返回DF2$name
DF1
ID pos name
chr 12
chr 542
chr 674
DF2
ID start end annot
chr 1 200 a1
chr 201 432 a2
chr 540 1002 a3
chr 2000 2004 a4
所以在这个例子中我希望DF1成为
ID pos name
chr 12 a1
chr 542 a3
chr 674 a3
我尝试过使用merge和intersect但不知道如何使用if带有逻辑表达式的语句.
数据帧应编码如下,
DF1 <- data.frame(ID=c("chr","chr","chr"),
pos=c(12,542,672),
name=c(NA,NA,NA))
DF2 <- data.frame(ID=c("chr","chr","chr","chr"),
start=c(1,201,540,200),
end=c(200,432,1002,2004),
annot=c("a1","a2","a3","a4"))
我有一个源自excel文件的数据框.它在列上方有通常的标题,但是有些列中有%符号,我想删除它们.
搜索stackoverflow提供了一些很好的代码来删除矩阵中的百分比,任何方法来编辑R中矩阵中的值？,当我试图将它应用于我的数据帧时,它不起作用
as.numeric(gsub("%", "", my.dataframe))
相反,它只返回一串"NA",并带有警告信息,说明它们是由强制引入的.当我申请时,
gsub("%", "", my.dataframe))
我得到了"c(...)"形式的值,其中......表示数字后面跟着我为每一列重现的逗号.没有%是有证据的; 如果我能把它放回原处......我会做饭.
非常感谢任何帮助,谢谢.
我编写了一个将原子符号转换为原子序数的函数......
AtomicNo <- function(x) {
y <- NULL
for (i in seq(along=x)) {
if (x[i] == "H") y[i] <- 1.0 else
if (x[i] == "C") y[i] <- 6.0 else
if (x[i] == "O") y[i] <- 8.0 else
if (x[i] == "Fe") y[i] <- 26.0 else
if (x[i] == "Br") y[i] <- 35.0
y <- append(y,y[i])
}
return(y)
}
对于矢量
a <- c("Fe", "Br", "O", "O", "C", "H", "H", "H", "C", "H", "H", "H",
"C", "H", "H", "H", "C", "H", "H", …我正在尝试组合一个不相等的data.frames列表; 明显的do.call(rbind, df.lst)失败,但真正的问题是用NAs 填充它.
df.lst <- list(A=data.frame(a=c(1,2),b=c(5,4),d=c(2,3),e=c(1,1),f=c(1,2),g=c(1,2)),
B=data.frame(a=c(1,2),b=c(3,2),d=c(2,3)),
C=data.frame(a=c(1,2),b=c(4,3),d=c(1,2),e=c(1,3))
)
我可以看到我需要在最长的data.frame中找到最大列数; 我可以使用以下代码执行此操作,
max(sapply(df.lst,ncol))
但在那之后我被困住了.建议可以对列表进行索引,并自动用NAs 填充它.
一旦我有了填充列表,我预计会有一个do.call()如前所述的简单.(我试图保留基础R的答案,虽然有许多类似的问题我似乎无法找到这个精确答案的答案).
我有两个data.frames,其中一个包含一式三份完成的多个实验的特定顺序(DF1设计表); 另一个包含这些实验的结果(一式三份,DF2结果表).第一个数据帧具有随机的实验顺序,结果表具有不同的顺序.
DF1的前六列包含实验的因素,例如温度,试剂的当量等......结果表DF2也具有相同的六列以及包含实验结果的其他列,例如产量,各种试剂的转换等......
表格的不同之处在于行数.结果表比设计表少三行.
我如何计算这两个表,以便将结果附加到设计中,以便设计表中的实验参数与实验表中的相应结果相匹配.
DF1
T1 A1 B1
T2 A1 B1
T1 A2 B1
T2 A2 B1
T1 A1 B2
T2 A1 B2
T1 A2 B2
T2 A2 B2
但一式三份.
DF2
T1 A2 B2 1
T1 A2 B1 3
T2 A2 B1 3
T1 A1 B1 1
T2 A1 B2 2
T2 A2 B2 2
T2 A1 B1 2
再次一式三份,注意到少了一行.请注意,结果列比显示的列多.
关于所有这些工作的重点:我正在研究是否可以将包RcmdrPlugin.DoE应用于某些实际数据.
至于我试过的......好吧,我想过使用sapply,cbind和ifelse与逻辑函数
sapply(
DF3 <- ifelse( DF1[,1] == DF2[,1] | DF1[,2] == DF2[,2] | DF2[,3] == DF2[,3],
cbind(DF1, DF2[,3]), …我正在复制纸张部分的计算部分......
prod(c(0.44, 0.26, 0.21, 0.35, 0.37, 0.42, 0.35, 0.45, 0.34, 0.39,
0.33, 0.38, 0.26, 0.42, 0.22, 0.22, 0.47))
这使,
8.500645e-09
但是,该报告将此值报告为
8.13e-09
在整个计算中存在其他差异的例子,例如这个(另一个prod()计算,lm()需要斜率和截距以供后续使用,其结果给出略微不同的结果).
我怀疑我正在考虑浮点差异,但我怎么能确定？如果是浮点差异,我需要进一步的信息来更精确地重现计算？
ps我已经阅读了关于浮点运算的stackoverflow上的帖子.