我正在尝试安装biopython以在Windows7计算机上运行Python 3.3.
我已经下载了biopython可执行文件biopython-1.61.win32-py3.3-beta.exe.但是,当我尝试运行可执行文件时,我收到消息"需要Python版本3.3,这在注册表中找不到." Python版本3.3存在于我的计算机上.我一直在运行程序一两个月.它是从文件python-3.3.0.amd64.msi安装的,位于Program Files(x86)目录中.我尝试重新安装Python 3.3但得到相同的错误消息.
有谁知道如何解决这个问题？
有谁知道如何在numpy中启用REFS_OK标志？我似乎无法在网上找到明确的解释。
我的代码是：
import sys
import string
import numpy as np
import pandas as pd
SNP_df = pd.read_csv('SNPs.txt',sep='\t',index_col = None ,header = None,nrows = 101)
output = open('100 SNPs.fa','a')
for i in SNP_df:
data = SNP_df[i]
data = np.array(data)
for j in np.nditer(data):
if j == 0:
output.write(("\n>%s\n")%(str(data(j))))
else:
output.write(data(j))
我不断收到错误消息：迭代器操作数或请求的dtype保留引用，但未启用REFS_OK。
我无法解决如何启用REFS_OK标志，以便程序可以继续...
我在一个bash环境中工作,我正在尝试列出样本名称; 每个都将被输入一组命令.用R和Python创建列表很容易.但是,我无法确定是否或如何创建和访问等效列表变量bash.
例如,要在python中创建一个列表,可以写:
samples=[sample1 sample2 sample3]
要访问列表中的第一个变量,可以使用:
currentSample = samples[0]
可以bash使用文本字符串列表执行类似的操作吗？
我正在开发一个程序,用于在染色体上的一系列滑动窗口中估计田岛的D统计量.染色体本身也分为许多不同的区域(希望)具有功能意义.滑动窗口分析由我的脚本在每个区域执行.
在程序开始时,我定义了滑动窗口的大小以及从一个窗口移动到下一个窗口的步骤的大小.我导入一个文件,其中包含每个不同染色体区域的坐标,并导入另一个文件,其中包含我正在使用的所有SNP数据(这是逐行读取的,因为它是一个大文件).该程序循环遍历染色体位置列表.对于每一个位置时,它产生的步骤和窗口用于分析的指标,所述SNP数据划分成输出文件(步骤对应),计算每个步骤文件密钥统计,并结合这些统计信息来估计田岛的d为每个窗口.
该程序适用于SNP数据的小文件.它也适用于第一次染色体断裂点的第一次迭代.然而,对于SNP数据的大文件,当程序在每个染色体区域上迭代时,分析中的步长难以理解地降低.对于第一个染色体区域,步长为2500个核苷酸(这是它的假设).然而,对于第二染色体区段,步长为1966,第三染色体区段为732.
如果有人对于为什么会出现这种情况有任何建议,请告诉我.我特别难过,因为这个程序似乎适用于小文件,但不适用于较大的文件.
我的代码如下:
import sys
import math
import fileinput
import shlex
import string
windowSize = int(500)
stepSize = int(250)
n = int(50) #number of individuals in the anaysis
SNP_file = open("SNPs-1.txt",'r')
SNP_file.readline()
breakpoints = open("C:/Users/gwilymh/Desktop/Python/Breakpoint coordinates.txt", 'r')
breakpoints = list(breakpoints)
numSegments = len(breakpoints)
# Open a file to store the Tajima's D results:
outputFile = open("C:/Users/gwilymh/Desktop/Python/Sliding Window Analyses-2/Tajima's D estimates.txt", 'a')
outputFile.write(str("segmentNumber\tchrSegmentName\tsegmentStart\tsegmentStop\twindowNumber\twindowStart\twindowStop\tWindowSize\tnSNPs\tS\tD\n"))
#Calculating parameters a1, a2, b1, b2, c1 and c2
numPairwiseComparisons=n*((n-1)/2)
b1=(n+1)/(3*(n-1))
b2=(2*(n**2+n+3))/(9*n*(n-1))
num=list(range(1,n)) # n-1 values …