小编Daf*_*ffy的帖子

这是我在 nextflow 中运行 for 循环时遇到的问题，我的脚本似乎不起作用。这是我的对文件，总共 3 对，我希望这三对中的每对在一个进程中执行一次。这些对文件存储在“/data/mPCR/3samples_20220525/”路径中。

V350092589_L01_86_1.fq.gz  
V350092589_L01_86_2.fq.gz

V350092589_L01_85_1.fq.gz          
V350092589_L01_85_2.fq.gz

V350092589_L01_84_1.fq.gz            
V350092589_L01_84_2.fq.gz

这是我的脚本

params.fq = "/data/mPCR/3samples_20220525/" 
   
process soapnuke{
        tag{"soapnuk"}
    
        input:
            val fq from params.fq
    
        output:
            path '*.clean1.fastq.gz' into trim_primer1
            path '*.clean2.fastq.gz' into trim_primer2
    
    script:
        """
        sample1=\$(basename \$(readlink 1.fq.gz) _1.fq.gz)
        sample2=\$(basename \$(readlink 2.fq.gz) _2.fq.gz)
    
        SOAPnuke filter -1 \$fq*1.fq.gz -2 \$fq*2.fq.gz -o ./ -C \${sample1}.clean.fastq.gz -D \${sample2}.clean.fastq.gz
        """
    }

我应该怎么做才能运行这个过程中的所有对？任何帮助，将不胜感激。