小编Cro*_*opy的帖子

子集一个2D numpy数组

我在这里查看了文档和其他问题,但似乎我还没有掌握numpy数组中的子集.

我有一个numpy数组,为了参数,让它定义如下:

import numpy as np
a = np.arange(100)
a.shape = (10,10)
# array([[ 0,  1,  2,  3,  4,  5,  6,  7,  8,  9],
#        [10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19],
#        [20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29],
#        [30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39],
#        [40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49],
#        [50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59],
# …
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python arrays numpy subset multidimensional-array

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在 Python 中并行从磁盘读取文件

我正在从 MATLAB 迁移到 Python,主要是因为 Python 中有大量有趣的机器学习包可用。但让我感到困惑的问题之一是并行处理。特别是,我想从磁盘中for循环读取数千个文本文件,并且我想并行执行。在 MATLAB 中,使用parfor而不是for可以解决问题,但到目前为止我还没有弄清楚如何在 python 中做到这一点。这是我想要做的一个例子。我想读取 N 个文本文件,将它们组成一个 N1xN2 数组,并将每个文件保存到一个 NxN1xN2 numpy 数组中。这个数组将是我从函数返回的内容。假设文件名是file0001.datfile0002.dat等,我喜欢并行化的代码如下:

import numpy as np
N=10000
N1=200
N2=100
result = np.empty([N, N1, N2])
for counter in range(N):
    t_str="%.4d" % counter        
    filename = 'file_'+t_str+'.dat'
    temp_array = np.loadtxt(filename)
    temp_array.shape=[N1,N2]
    result[counter,:,:]=temp_array
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我在集群上运行代码,所以我可以使用许多处理器来完成这项工作。因此,任何关于哪种并行化方法更适合我的任务(如果有多个)的评论都是最受欢迎的。

注意:我知道这篇文章,但在那篇文章中,只有out1, out2,out3变量需要担心,并且它们已被明确用作要并行化的函数的参数。但是在这里,我有许多 2D 数组应该从文件中读取并保存到 3D 数组中。所以,这个问题的答案对我的情况来说不够通用(或者我是这样理解的)。

python parallel-processing for-loop

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Bokeh:动态更新垂直线的位置。

我已按照示例散景文档,使用以下行向现有散景图添加了一条垂直线:

from bokeh.models import Span
important_time = Span(location=shift_no, dimension='height', line_color='red', line_dash='dashed', line_width=3)
my_figure.add_layout(important_time)
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我根据某些小部件中所做的选择动态更新图形的源数据。对于每个新数据,垂直线都应该改变。上面的代码不断向现有的垂直线添加新的垂直线,这并不奇怪。

有人知道删除以前的垂直线或只是更新其位置的方法吗?我在散景服务器上运行它,以防对解决方案产生任何影响。

python layout interactive bokeh

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在scikit-learn中使用ExtraTreesClassifier时出错

我试图在scikit中使用ExtraTreesClassifier - 学习我的数据.我有两个numpy数组X和y.X的尺寸为(10000,51),y为(10000,).为了确保它们采用numpy数组格式,我使用

X = numpy.array(X, dtype=np.float32)
print numpy.asarray(X,dtype=np.float32) is X
y = numpy.array(y, dtype=np.float32)
print numpy.asarray(y,dtype=np.float32) is y`
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我得到TRUE了两个.然后我将我的模型定义为:

clf = ExtraTreesClassifier(n_estimators=10, max_depth=None, min_samples_split=1, random_state=0, n_jobs = -1)`
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当我想用我的模型训练时

clf = clf.fit(X, y)`
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我收到以下错误:

File "CFD_scikit_learn.py", line 169, in <module>
clf = Xtra_Trees(my_var)
  File "CFD_scikit_learn.py", line 140, in Xtra_Trees
clf = clf.fit(X, y)
  File "/user/leuven/308/vsc30879/.local/lib/python2.7/site-packages/sklearn/ensemble/forest.py", line 235, in fit
y, expanded_class_weight = self._validate_y_class_weight(y)
  File "/user/leuven/308/vsc30879/.local/lib/python2.7/site-packages/sklearn/ensemble/forest.py", line 421, in _validate_y_class_weight
check_classification_targets(y)
  File "/user/leuven/308/vsc30879/.local/lib/python2.7/site-packages/sklearn/utils/multiclass.py", line 173, in check_classification_targets
raise …
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python numpy scikit-learn

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