小编Cas*_*unn的帖子

我想使用ggplot2来说明两个相似的密度分布之间的差异。这是我拥有的数据类型的一个玩具示例：

library(ggplot2)

# Make toy data
n_sp  <- 100000
n_dup <- 50000
D <- data.frame( 
    event=c(rep("sp", n_sp), rep("dup", n_dup) ), 
    q=c(rnorm(n_sp, mean=2.0), rnorm(n_dup, mean=2.1)) 
)

# Standard density plot
ggplot( D, aes( x=q, y=..density.., col=event ) ) +
    geom_freqpoly()

与其像上面那样分别绘制每个类别（dup和sp）的密度，不如我绘制一条线来显示这些分布之间的差异？

在上面的玩具示例中，如果我从dup密度分布中减去了密度分布sp，则结果线将在图的左侧大于零（因为存在大量较小的sp值），而在右侧小于0（因为存在该值）是大量较大的dup值）。并不是说类型dup和的观察值可能不同sp。

更笼统地说-显示相似密度分布之间差异的最佳方法是什么？

我正在编写一个名为 S4 的类，Expression并希望包含一个 S4 对象DESeq2 = "DESeqDataSet"作为插槽：

setClass(
Class = "Expression",
representation = representation (
    species = "character", 
    edgeR = "DGEList",
    DESeq2 = "DESeqDataSet",
    lengths = "matrix",
    individuals = "vector",
    treatments = "vector",
    id = "vector",
    samples = "vector",
    sample_prep = "vector",
    genome_type = "vector",
    molecule_type = "vector",
    blast_hit =  "vector",
    rRNA = "vector",
    protein = "vector"
))

但是，当我检查包裹时，我收到以下警告：

Found the following significant warnings:
  Warning: undefined slot classes in definition of "Expression": DESeq2(class "DESeqDataSet")

该类工作正常（即，现在有错误），但我想修复我们代码中的所有警告。

带有 …