小编Yan*_*urm的帖子

检查这个例子:

> a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
> a
  A B C
A 1 4 7
B 2 5 8
C 3 6 9

表格显示正确.将它写入文件有两种不同的方式...

write.csv(a, 'a.csv') 这给出了预期:

"","A","B","C"
"A",1,4,7
"B",2,5,8
"C",3,6,9

而write.table(a, 'a.txt')这螺丝了

"A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

事实上,缺少一个空的标签....这对于下游事物来说是一种痛苦.这是一个错误还是一个功能？有解决方法吗？(除了write.table(cbind(rownames(a), a), 'a.txt', row.names=FALSE)

干杯,yannick

我的脚本严重依赖外部程序和脚本.我需要确保我需要调用的程序存在.手动,我会在命令行中使用"which"来检查.

有没有相当于File.exists?东西$PATH？

(是的,我想我可以解析,%x[which scriptINeedToRun]但这不是超级优雅.

谢谢!雅尼克

更新:这是我保留的解决方案:

 def command?(command)
       system("which #{ command} > /dev/null 2>&1")
 end

更新2:有一些新的答案 - 至少其中一些提供了更好的解决方案.

更新3:ptools gem为File类添加了"which"方法.

我的R代码最终包含多种形式的语句:

if (!is.null(aVariable)) { 
     do whatever 
}

但这种说法很难阅读,因为它包含两个否定.我更喜欢这样的东西:

 if (is.defined(aVariable)) { 
      do whatever 
 }

is.defined与!is.null相反的类型函数是否在R中存在标准？

欢呼,yannick

有没有办法在用户加载时显示消息library(myCustomLibrary)？加载后,我想显示一条消息,告诉用户如何运行所有测试功能.

Rscript非常方便.但是我想在运行时指定输出路径,例如:my.Rscript input > output. message()很适合记录到STDERR,但Rscript似乎系统地输出WARNING: ignoring environment value of R_HOME到STDOUT,即使指定--vanilla或--no-environ.

任何解决方法？

(这是R脚本前端版本2.13.0(2011-04-13))

红宝石的范围非常酷.我最终得到这样的数组:

geneRanges = [(234..25), (500..510), (1640..1653)]

然后必须删除它们的一部分.为此我:

genePositions = geneRanges.collect {|range| range.entries }.flatten
=> [500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 1640, 1641, 1642, 1643, 1644, 1645, 1646, 1647, 1648, 1649, 1650, 1651, 1652, 1653]

它们被操纵,因此一些数字被排除在外,其他数字可能被添加.我最终可能会这样:

[505, 506, 507, 600, 601, 602, 603, 1643, 1644, 1645, 1646, 1647, 1648, 1649, 1650, 1651, 1652, 1653, 1654]

如何将其转换回紧凑的范围数组？似乎反函数应该存在？我希望它能返回这样的东西:

[(505..507), (600..603), (1643..1654)]

谢谢!

假设我制作了一个包含数千个点的散点图:

ggplot(head(data, n=2000), aes(length, coverage))+ 
    geom_point(alpha = 0.5, color = 'navyblue')  + coord_trans(x='log', y='log')

alt text http://fourmidable.unil.ch/temp/scatterplot.png

我想添加"20个左右最极端点"的标签(在右上角和右下角).它们很容易在视觉上识别.但是以编程方式获取它们似乎有点负担.(需要很多if语句).

有什么办法可以点击R的图形输出来获得它们的精确坐标吗？

谢谢,yannick

我有：

library(shiny)
library(DT)

ui <- fluidPage(
    h2("Explorer"),

    tabPanel(h3("Inspector"),
             p("Overview of data for a particular sample."),
             selectInput(inputId = "sample",
                         label = h3("Select sample"),
                         selectize = TRUE,
                         choices = names(vcf_tibbles)),
             dataTableOutput("sample_inspector")
            )
    )

server <- function(input, output) {
  output$sample_inspector <- DT::renderDataTable(

      sample_overview(sample_id = input$sample, vcf_tibbles = vcf_tibbles),
      rownames = FALSE,
      extensions = 'Buttons',
      options = list(paging = FALSE,
             dom = 'Bfrtip',
             buttons = list( list(extend = 'csv',   filename =  paste("snp", input$sample, sep = "-")),
                     list(extend = 'excel', filename =  paste("snp", input$sample, sep …