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Matplotlib更新滑块小部件范围
我正在尝试编写一小段代码，以使用matplotlib交互地删除图像系列中的选定切片。我创建了一个按钮“删除”，该按钮存储了一些在选择按钮“更新”时要删除的索引。但是，我目前无法重置滑块控件的范围，即从valmax中删除已删除的切片的数量。这个问题的pythonic解决方案是什么？
这是我的代码：
import dicom
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.widgets import Slider, Button
frame = 0
#store indices of slices to be deleted
delete_list = []
def main():
data = np.random.rand(16,256,256)
nframes = data.shape[0]
raw_dicom_stack = []
for x in range (nframes):
raw_dicom_stack.append(data[x,:,:])
#yframe = 0
# Visualize it
viewer = VolumeViewer(raw_dicom_stack, nframes)
viewer.show()
class VolumeViewer(object):
def __init__(self, raw_dicom_stack, nframes):
global delete_list
self.raw_dicom_stack = raw_dicom_stack
self.nframes = nframes
self.delete_list = delete_list
# Setup the axes.
self.fig, …推荐指数
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linux打印到STDOUT并使用单个命令重定向到文件
有没有办法将命令的输出回显到终端并使用单个文件重定向到文件,而不是在csh中使用2个单独的命令(由于历史原因,我必须使用csh来实现此目的).目前我这样做
echo "Hello World!"
echo "Hello World!" > textfile
echo "next line blah blah"
echo "next line blah blah" >> textfile
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Linux - 数字排序然后覆盖文件
我有一个通用格式的csv文件
date,
2013.04.04,
2013.04.04,
2012.04.02,
2013.02.01,
2013.04.05,
2013.04.02,
我运行的脚本会将数据添加到此文件中,该文件不一定按日期顺序排列.如何将文件排序为日期顺序(忽略标题)并覆盖现有文件而不是写入STDOUT
我用过awk
awk 'NR == 1; NR > 1 {print $0 | "sort -n"}' file > file_sorted
mv file_sorted file
有没有更有效的方法来做到这一点,而无需创建额外的文件和移动？
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R - ggplot2在线性区域外推回归线
我有以下数据框(附).我已经为各种准直器/头部组合绘制了CR与A.
(p <- ggplot(df,aes(x=A,y=CR,col=Head))+geom_point()+geom_line() +facet_grid(Collimator~Head, scales="fixed")+scale_x_continuous("Activity [MBq]", expand = c(0,0))+ylim(0,80000)+ ylab("Count Rate [cps]") + theme_bw()+theme(legend.position = "none"))
在理想世界中,上述情节将是线性的.实际上,由于系统死区时间增加,CR将开始因A而下降.我想在每个方面添加的是直线拟合,它仅通过前2个数据点 - 这是在死区时间开始之前.
有一个简单的方法来做到这一点ggplot2.我可以使用geom_smooth(method = "lm")其他一些选项吗？
structure(list(A0 = c(76L, 274L, 786L, 1060L, 1294L, 2092L, 2639L,
3437L, 4223L, 76L, 274L, 786L, 1060L, 1294L, 2092L, 2639L, 3437L,
4223L, 76L, 274L, 786L, 1060L, 1294L, 2092L, 2639L, 3437L, 4223L,
76L, 274L, 786L, 1060L, 1294L, 2092L, 2639L, 3437L, 4223L, 76L,
274L, 786L, 1060L, 1294L, 2092L, 2639L, 3437L, 4223L, 76L, 274L,
786L, 1060L, 1294L, 2092L, …推荐指数
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从 3d 数组中删除图像帧
我是一个Python新用户，想做一些简单的图像处理。本质上，我将拥有动态医学图像 - 不同时间点的一系列 2D 图像，我希望将其存储为 3D 数组。由于扫描技术的性质，在某些成像帧期间可能会偶尔出现患者运动，这使得数据无法使用。我想删除这些帧并重新创建数组 - 新维度（n-1, 256, 256）。删除框架后我想更新图像显示。实现这一目标的最佳方法是什么？这是我到目前为止的框架代码：
import dicom
import numpy as np
import pylab
from matplotlib.widgets import Slider, Button
ds = dicom.read_file("/home/moadeep/Dropbox/FS1.dcm")
#data = ds.pixel_array
data = np.random.rand(16,256,256)
nframes = data.shape[0]
ax = pylab.subplot(111)
pylab.subplots_adjust(left=0.25, bottom=0.25)
frame = 0
l = pylab.imshow(data[frame,:,:]) #shows 1024x256 imagge, i.e. 0th frame*
axcolor = 'lightgoldenrodyellow'
axframe = pylab.axes([0.35, 0.1, 0.5, 0.03], axisbg=axcolor)
#add slider to scroll image frames
sframe = Slider(axframe, 'Frame', 0, nframes, valinit=0,valfmt='%1d'+'/'+str(nframes))
ax_delete = pylab.axes([0.8,0.025,0.1,0.04], axisbg=axcolor) …推荐指数
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使用awk / sed更改第一列中的日期格式
我有一个shell脚本，该脚本每天早晨自动运行，将当天的结果附加到文本文件中。该文件的第一列应为今天的日期，然后是结果，以逗号分隔。我使用命令date +％x以所需的格式（dd / mm / yy）获取日期。但是，在一台计算机上，+％x返回mm / dd / yyyy（知道为什么会这样吗？）。然后，我按日期顺序对文件中的数据进行排序。
这是一个这样的文本文件的片段
29/11/12,9654.80,194.32,2.01,7.19,-7.89,7.65,7.57,3.98,9625.27,160.10,1.66,4.90,-4.79,6.83,4.84,3.54
03/12/12,5184.22,104.63,2.02,6.88,-6.49,7.87,6.67,4.10,5169.52,93.81,1.81,5.29,-5.45,7.87,5.37,4.10
04/12/12,5183.65,103.18,1.99,6.49,-6.80,8.40,6.66,4.38,5166.04,95.44,1.85,6.04,-6.49,8.40,6.28,4.38
11/07/2012,5183.65,102.15,1.97,6.78,-6.36,8.92,6.56,4.67,5169.48,96.67,1.87,5.56,-6.10,8.92,5.85,4.67
07/11/2012,5179.39,115.57,2.23,7.64,-6.61,8.83,7.09,4.62,5150.17,103.52,2.01,7.01,-6.08,8.16,6.51,4.26
11/26/2012,5182.66,103.30,1.99,7.07,-5.76,7.38,6.37,3.83,5162.81,95.47,1.85,6.34,-5.40,6.65,5.84,3.44
11/30/2012,5180.82,95.19,1.84,6.51,-5.40,7.91,5.92,4.12,5163.98,91.82,1.78,5.58,-5.07,7.05,5.31,3.65
是否可以使用awk或sed将后四行的日期格式更改为正确的日期格式？我只希望将mm / dd / yyyy格式的日期格式更改为dd / mm / yy。
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只读xls中的某些列
我有一张带有几张纸的excel电子表格.格式如下:
Date A B C D E F Reference Ref Date Half life
03/01/13 6.29 5.28 8.15 4.93 11.67 6.4 8.88 01/01/99 30.23
04/01/13 6.39 5.39 8.22 5.04 11.75 6.4
07/01/13 6.34 5.32 8.17 4.92 11.82 6.4
08/01/13 6.33 5.3 8.16 4.96 11.68 6.4
09/01/13 6.29 5.29 8.13 4.93 11.73 6.4
10/01/13 6.29 5.32 8.17 4.95 11.61 6.4
11/01/13 6.21 5.27 8.12 4.95 11.57 6.4
14/01/13 6.28 5.28 8.09 4.92 11.65 6.4
15/01/13 6.25 5.26 8.06 4.9 11.59 6.4
16/01/13 …推荐指数
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Linux/awk将包含十进制的文件转换为十六进制
我有一个文本文件,其中包含许多十进制的RGB颜色代码.例如
000,000,000
000,003,025
000,007,048
000,010,069
000,014,089
000,017,108
000,020,125
000,024,140
000,027,155
我想将每一行转换为十六进制格式(所需的输出):
00,00,00
00,03,15
00,07,30
00,08,45
我知道我可以使用printf "%.2x,%.2x,%.2x\n" 000 010 69但printf "%.2x,%.2x,%.2x\n" 000 010 069不起作用,因为069不可转换.
我认为awk这将是一个合理的工具,但我想我会面临转换小数的相同问题,如069等.
perl -le '$hex = sprintf("%.2x,%.2x,%.2x",005,69,255); print $hex' 与069也有同样的问题
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ggplot2在bland altman plot中为每个facet添加geom行
我有以下数据框架
structure(list(Lightbox = c(84L, 67L, 80L, 63L, 76L, 66L, 79L,
81L, 77L, 82L, 84L, 67L, 80L, 63L, 76L, 66L, 79L, 81L, 77L, 82L,
84L, 67L, 80L, 63L, 76L, 66L, 79L, 81L, 77L, 82L, 84L, 67L, 80L,
63L, 76L, 66L, 79L, 81L, 77L, 82L, 84L, 67L, 80L, 63L, 76L, 66L,
79L, 81L, 77L, 82L), variable = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L,
3L, 3L, 3L, 3L, …推荐指数
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Perl搜索目录中第一次出现的模式
我有一个目录,其中包含该格式的图像头文件列表
image1.hd
image2.hd
image3.hd
image4.hd
我想Image type:=4在目录中搜索正则表达式,并找到第一次出现此模式的文件号.我可以用bash中的几个管道来做到这一点:
grep -l 'Image type:=4' image*.hd | sed ' s/.*image\(.*\).hd/\1/' | head -n1
在这种情况下返回1.
此模式匹配将用于perl脚本.我知道我可以用
my $number = `grep -l 'Image type:=4' image*.hd | sed ' s/.*image\(.*\).hd/\1/' | head -n1`
但在这种情况下,最好使用纯perl吗？这是我用perl得到的最好的东西.这非常麻烦:
my $tmp;
#want to find the planar study in current study
foreach (glob "$DIR/image*.hd"){
$tmp = $_;
open FILE, "<", "$_" or die $!;
while (<FILE>)
{
if (/Image type:=4/){
$tmp =~ s/.*image(\d+).hd/$1/;
}
}
close FILE;
last;
}
print "$tmp\n"; …推荐指数
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