小编Jer*_*lim的帖子

我知道我可以使用cache=TRUE选项来使用R Markdown来缓存R代码块knitr.例如,它可能看起来像这样:

```{r longanalysis, cache=TRUE}
for (i in 1:5000) {
    lm((i+1)~i)
}
```

我意识到,如果我想禁用该分析的缓存,我可以cache=FALSE在代码块中更改选项.但是,如果我有许多启用了缓存的R代码块,则需要仔细查找和替换操作.

题

• 有没有办法暂时设置cache=FALSE整个R Markdown文档？

评论

我见过第一行的例子.所以我想这是一种设置全局设置的方法,但我认为本地设置会覆盖全局设置.

`r opts_chunk$set(fig.width=5, fig.height=5, fig.path='')`

是否有任何记录使用带有R 的ctags？这有用吗？难以实施吗？

具体来说,我刚刚开始使用Vim.能够在一个文件中编写R函数,在另一个文件中使用该函数(例如,Rnw文件,测试文件或其他一些脚本)并且能够使用Ctrl +]导航到该函数将会很酷资源.

更新:我已经偶然发现了rtags函数,虽然它表明它是特定于emacs的.

如何将控制台输入和控制台输出都接收到文本文件？请使用以下代码:

sink("temp.txt")
1:10
sink()

它将编写一个如下所示的文本文件:

[1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

但是如何创建如下所示的文本文件:

>   1:10
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

我看了看？下沉并搜索了R-help.我还读过:在R中维护输入/输出日志

如果它有所作为,我正在使用StatET和Eclipse.

任务是创建一个文件(word,rtf,pdf,html或其他),它将R的输出(例如:不是创建输出的代码)捕获到该格式(包括文本和图像).

这样做的方式应该是尽可能少地改变原始的R脚本.

如果我只关心文本或图像,那么我会使用？sink,或？pdf.但我不知道如何以简单的方式将两者合二为一.

我知道有一种方法可以使用r2wd导出R输出,但是根据我的口味它在原始代码中涉及太多的介绍(我认为对于sweave解决方案也是如此,尽管我没有经验告诉它)

以下是未来示例的示例代码:

START.text.and.image.recording("output.file") # this is the function I am looking for
x <- rnorm(100)
y <- jitter(x)
print(summary(x))
print(head(data.frame(x,y)))
cor(x,y)
plot(x,y)
print(summary(lm(y~x)))
STOP.text.and.image.recording("output.file") # this is the function I am looking for

更新:我被问到方式不是Sweave,或ReproducibleResearch任务视图中的其他选项.

原因是:

1. 我(还)不知道LaTeX
2. 即使知道LaTeX,我想要一些简单的默认设置,只需将所有输出一起转储,然后按顺序排列."简单"意味着 - 尽可能少的额外代码/文件管理开销.

我知道像sweave或brew这样的东西更具可扩展性,但我希望看看是否有更简单的解决方案适用于较小的项目/脚本.

动机:我经常想使用R Markdown将快速分析的结果粘贴到StackExchange站点.这包括对堆栈溢出R-标签,交叉验证,或者像网站甚至一个特定领域的分析,认知科学堆栈交易所(例如,这种快速分析OECD寿命指数数据).

默认转换的问题: 在默认的降价输出knitr不适合列入StackExchange.我能看到的主要问题是

• 图像以本地硬盘驱动器为参考
• 代码块不是制表符或空格缩进; 相反,他们使用github风格Markdown(即没有缩进)

即,块看起来像这样:

```r
some code
```

和输出看起来像这样

```
## some output
## ...
```

可能还有其他特定问题需要考虑,例如

• 确保正确包含表格
• 确保方程式正确传递给支持MathJax的站点,如Cross Validated和Cognitive Science Stack Exchange.

题

什么是将R Markdown转换为Markdown(或HTML)的良好命令,适合简单地包含在Stack Exchange站点中？

我认为一个理想的命令是一个单行程序,它接受一个R Markdown文件并生成一个文件,其中整个内容可以直接粘贴到Stack Exchange中,以产生格式正确的问题或答案.

我将这个简单的rmd文件与一些代码块,一个图形和一个等式作为测试示例共享.

最初的想法:在imgur上托管图像可能会解决图像问题.这可以通过在R Markdown文件中包含以下内容来完成,但如果将此指令合并到某个单线程命令中则可能更简单.

``` {r }
opts_knit$set(upload.fun = imgur_upload) 
````

可能值得考虑HTML或Markdown是否是粘贴到StackExchange的更好格式.该markdown软件包提供了很大的灵活性.

没有任何特定的规律性,我的vim显示标签位置的下划线(见下文).

有时它也会出现在文本中:我输入并加下划线.

可能是什么原因？

我有一个Macintosh,我试图自动加载包,自制函数,并在每次启动R时使用修改后的设置.我相信这可以通过一个名为Rprofile.site的文件来完成,并通过创建函数.First和.Last在那个文件中.

一个问题是,我不知道我的R_HOME目录是什么,它用于什么,或者它是否存在.我找到了两个功能,我认为它们都给了我它的位置,但我得到了不同的结果.

这是第一个

> Sys.getenv("R_home")
R_home 
    ""

第二个

> R.home()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources"

据我所知,我的机器上甚至不存在第二个目录.我目前正在从我的应用程序目录运行R.

上下文

我喜欢使用vi样式的键绑定编辑和操作bash命令行,并具有以下设置:

set -o vi

但是,当我在命令行上启动R时,这些键绑定会消失.我知道当你通过Conque Shell运行R时,Vim-R插件允许Vim键绑定,但我对这种体验并不完全满意,而且,无论如何,有时我只想在标准命令行上运行R.

题

• 有没有办法在命令行中在R中获取Vi样式键绑定？

我喜欢将存储库上传到包含多个R Markdown和Markdown文件的github.

这是github上这种markdown文件的一个例子.这是一个屏幕抓取.

 https://github.com/... /blob/.../myfigure.png

而我认为它需要参考

 https://github.com/... /raw/.../myfigure.png

我考虑的事情:

imgur:我可以通过添加以下代码来使用外部图像托管(例如,参见此示例):

```{r setup}
opts_knit$set(upload.fun = imgur_upload) # upload all images to imgur.com
````

但是,出于各种原因,我不想这样做(我在防火墙后面上传时遇到问题;它很慢;它会产生不必要的依赖)

Rpubs:还有RPubs非常酷.但是,在发布时,它似乎更适合单个降价文档而不是多个R降价文档.它并没有提供源R Markdown和Markdown文档之间的这种紧密联系.

题

• 是否有使用R Markdown和knitr生成Markdown文件的工作流程,当上传到github时允许Markdown文件显示存储在github存储库中的图像？

我有一些带有MathJax方程的HTML文档,我想将它们转换为Latex,然后转换为pdf.我想用Pandoc.

但是,Pandoc取而代之$,\$它将替换\为公式\textbackslash{}.

是否有可能让Pandoc将MathJax公式从HTML传递到Latex？