我在 *.Rnw.log 中遇到以下错误：
Error: chunk 3 (label=printgraph)
Error in grid.Call.graphics("L_text", as.graphicsAnnot(x$label), x$x, :
Metric information not available for this family/device
仅在 Lyx 中并取决于声明
+ scale_y_log10(ylim=c(0.025,5))
在以下示例代码中：
<<Code, tidy=T, sanitize=TRUE>>=
require(ggplot2)
df.qdf=data.frame(T = c(0 ,1,2 ,0 ,1.5,2.5)
,q.500 = c(0.025,2,1 ,0.025, 4,2 )
,q.025 = 0.5*c(0.025,2,1 ,0.025, 4,2 )
,q.975 = 1.5*c(0.025,2,1 ,0.025, 4,2 )
,Occasion = c( 1,1,1 ,2 , 2,2 )
)
theme_set(theme_bw())
Graph=(qplot(T,q.500,data=df.qdf)
+geom_smooth(aes(ymin=q.025,ymax=q.975)
,data=df.qdf
,stat='identity'
,fill='blue')
+ylab('Response')
+xlab('Time [h]')
+facet_grid(facet=.~Occasion)
) +scale_y_log10(ylim=c(0.025,5))
@
<<printgraph,echo=FALSE,fig=TRUE,width=10,height=7,sanitize=TRUE>>=
print(Graph)
@
在下面 …
我试图控制contourplot()在格子库中绘制的轮廓图中应该写入多少z个标签.
我有30条轮廓线,但我只希望标记前5条.我尝试了很多类似的东西
contourplot(z ~ z+y, data=d3, cuts=30, font=3, xlab="x axis", ylab="y axis", scales=list(at=seq(2,10,by=2)))
contourplot(z ~ z+y, data=d3, cuts=30, font=3, xlab="x axis", ylab="y axis", at=seq(2,10,by=2))
但没有任何作用.
此外,是否可以contourplot()在同一图表上绘制两个？我试过了
contourplot(z ~ z+y, data=d3, cuts=30)
par(new=T)
contourplot(z ~ z+y, data=d3, cuts=20)
但它不起作用.
谢谢!
我有一个fasta格式文件,其中我只需要保留那些长度小于100的节点.但是,我目前面临的问题是我能够分离节点但是无法放置每个节点的字符在单独的变量中,其长度可以检查并随后将必需的节点与较长的节点分开.所以我的意思是我能够读取标题和单独的节点,但我如何将每个节点中的字符放在变量中.
这是我的数据样本
>NODE_1
GTTGGCCGAGCCCCAGGACGCGTGGTTGTTGAACCAGATCAGGTCCGGGCTCCACTGCAC
GTAGTCCTCGTTGGACAGCAGCGGGGCGTACGAGGCCAGCTTGACCACGTCGGCGTTGCG
CTCGAGCCGGTCATGAACGCGGCCTCGGCGAGGGCGTTCTTCCAGGCGTTGCCCTGGGAA
>NODE_2
CCTCCGGCGGCACCACGGTCGGCGAGGCCCTCAACATCCTGGAGCGCACCGACCTGTCCA
CCGCGGACAAGGCCGGTTACCTGCACCGCTACATCGAGGCCAGCCGCATCGCGTTCGCGG
ACCGCGGGCGCTGGGTCGGCGACCCCGCCTTCGAGGACGTAC
>NODE_3
CCTCCGGCGGCACCACGGTCGGCGAGGCCCTCAACATCCTGGAGCGCACCGACCTGTCCA
CCGCGGACAAGGCCGGTTACCTGCACCGCTACATCGAGGCCAGCCGCATCGCGTTCGCGG
ACCGCGGGCGCTGGGTCGGCGACCCCGCCTTCGAGGACGTACATCATTCCTTAATCTTCC
我的代码:
x <- readLines("1.fa", n = -1L, ok = TRUE, warn = TRUE)
for (i in 1:length(x)) {
if (substr(x[i],1,1)=='>') {
head <- c(head,x[i])
q <- x[i+1]
if (q=!0) {
contig <- c(contig,q)
print(contig)
contig.length <- c(contig.length, nchar(q))
} else {
break
}
} else {
z <- paste(z,x[i], sep=" ")
}
}
我的数据看起来像这样:
#val Freq1 Freq2
0.000 178 202
0.001 4611 5300
0.002 99 112
0.003 26 30
0.004 17 20
0.005 15 20
0.006 11 14
0.007 11 13
0.008 13 13
...many more lines..
完整数据可在此处找到:http: //dpaste.com/173536/plain/
我打算做的是使用"val"作为x轴的累积图形,其中"Freq1"和"Freq2"作为y轴,一起绘制在1个图形中.
我有这个代码.但它创建了两个图而不是1个.
dat <- read.table("stat.txt",header=F);
val<-dat$V1
freq1<-dat$V2
freq2<-dat$V3
valf1<-rep(val,freq1)
valf2<-rep(val,freq2)
valfreq1table<- table(valf1)
valfreq2table<- table(valf2)
cumfreq1=c(0,cumsum(valfreq1table))
cumfreq2=c(0,cumsum(valfreq2table))
plot(cumfreq1, ylab="CumFreq",xlab="Loglik Ratio")
lines(cumfreq1)
plot(cumfreq2, ylab="CumFreq",xlab="Loglik Ratio")
lines(cumfreq2)
什么是正确的方法来解决这个问题？
我期待在循环中分配对象.我已经读过某些形式的eval(parse(东西,我需要执行此操作,但我遇到错误列表invalid text或no such file or directory.下面是我试图做的一般示例代码:
x <- array(seq(1,18,by=1),dim=c(3,2,3))
for (i in 1:length(x[1,1,])) {
eval(parse(paste(letters[i],"<-mean(x[,,",i,"])",sep="")
}
当我完成使用这些对象时,我想删除它们(实际的对象非常大,以后会导致内存问题......)
for (i in 1:length(x[1,1,])) eval(parse(paste("rm(",letters[i],")",sep="")))
eval(parse(paste(此脚本的两个部分都返回invalid text或的错误no such file or directory.我在使用中遗漏了什么eval(parse(？是否有更简单/更好的方法在循环中分配对象？
我有一个data.frame带有40系列的R,我想选择成对系列来应用一个功能,(即系列1和系列21,系列2和系列22).但是我收到以下代码的错误:
for(i in 1:ncol(Date)) {
pairwise <-Date[, c(i,i+20)]
}
我想pairwise在其他功能中使用.
有人可以帮帮我吗？
预先感谢
我正在尝试tseries在我的Linux机器上安装软件包.在R,我跑了
> install.packages("tseries")
我被提示有一个镜像站点列表,但无论我选择哪一个(例如79: USA (WA)),它都给了我
Selection: 79
Warning message:
In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) :
package "tseries" is not available
有谁知道为什么会这样？我的R版本是2.9.2.谢谢.
我试图从一系列文件中绘制每月每天的长期(几年)平均降水量(pp)的直方图.每个文件都包含从不同位置收集的数据(并且具有不同的代码).我的每个文件都是这样的:
X code year month day pp
1 2867 1945 1 1 0.0
2 2867 1945 1 2 0.0
...
我使用以下代码:
files <- list.files(pattern=".csv")
par(mfrow=c(4,6))
for (i in 1:24) {
obs <- read.table(files[i],sep=",", header=TRUE)
media.dia <- ddply(obs, .(day), summarise, daily.mean<-mean(pp))
codigo <- unique(obs$code)
hist(daily.mean, main=c("hist per day of month", codigo))
}
我在标题中得到了24个直方图,其中包含24个不同的代码,但不是24个不同位置的24个不同直方图,我得到相同的直方图24次(有24个不同的标题).谁能告诉我为什么？谢谢!
如何将输出作为R中的向量？
例如,如果我想拥有
for (i in 1:1000) {if i mod 123345 = 0, a = list(i)}
a
但我想找到所有i划分为123345(即因子)的东西,而不仅仅是最大的一个.