在snakemake中,使用shell()函数执行多个命令的推荐方法是什么？
当删除管道中较早创建的文件时，SnakeMake 似乎并不认为这是一个问题，只要后面的文件还在：
rule All:
input: "testC1.txt", "testC2.txt"
rule A:
input: "{X}{Y}.txt"
output: "{X}A{Y}.txt"
shell: "cp {input} {output}"
rule B:
input: "{X}A{Y}.txt"
output: "{X}B{Y}.txt"
shell: "cp {input} {output}"
rule C:
input: "{X}B{Y}.txt"
output: "{X}C{Y}.txt"
shell: "cp {input} {output}"
将此 SnakeFile 保存在 test.sf 中并执行以下操作：
rm testA*.txt testB*.txt testC*.txt
echo "test1" >test1.txt
echo "test2" >test2.txt
snakemake -s test.sf
# Rerun:
snakemake -s test.sf
# SnakeMake says all is up to date, which it is.
# Remove intermediate results:
rm testA1.txt
# Rerun:
snakemake …考虑一下这个蛇文件：
def rdf(fn):
f = open(fn, "rt")
t = f.readlines()
f.close()
return t
rule a:
output: "test.txt"
input: "test.dat"
params: X=lambda wildcards, input, output, threads, resources: rdf(input[0])
message: "X is {params.X}"
shell: "cp {input} {output}"
rule b:
output: "test.dat"
shell: "echo 'hello world' >{output}"
当运行并且test.txt和test.dat都不存在时，会出现此错误：
InputFunctionException in line 7 of /Users/tedtoal/Documents/BioinformaticsConsulting/Mars/Cacao/Pipeline/SnakeMake/t2:
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'test.dat'
但是，如果test.dat存在，则可以正常运行。为什么？
我希望在snakemake准备运行规则'a'之前不对参数进行评估。相反，它必须在DAG阶段中在运行规则“ a”之前调用上述params函数rdf（）。但是，即使最初不存在test.dat，也可以进行以下操作：
import os
def rdf(fn):
if not os.path.exists(fn): return ""
f = open(fn, "rt")
t = f.readlines()
f.close() …我想向向量 V 添加一个元素，比如 100，并使用变量 x 的值作为新元素的名称。我知道可以这样做：
V = c(V, 100)
names(V)[length(V)] = x
但我正在寻找一种简单的单线解决方案，如果有的话。我试过：
V = c(V, as.name(x)=100)
和
V = c(V, eval(x)=100)
但那些不起作用。
好的，发现了最好的方法：
V[x] = 100
有没有办法在.yaml文件中定义snakemake配置字符串,以便它可以包含{wildcard}和{param}值,并且当在shell命令中使用该字符串时,{<name>}值将替换为"<name>"的实际值？
例如,假设您希望配置字符串定义要作为参数传递给程序的字符串格式:
RG:"ID:{ID} REP:{REP}"
其中上面是.yaml文件,ID和REP是通配符,shell命令会将展开的字符串作为参数传递给程序.