我正在尝试解析从文件加载到内存中的大字符串。我正在使用可变长度的滑动窗口解析 DNA 序列（存储为字符串）。问题在于字符串太大，迭代它们需要很长时间。我不知道这是否可能，但是否有可能以某种方式加快速度？
我的意思是，我预计 I/O 会主导我的应用程序，因此我将逐行读取改为立即将整个文件读取到内存中，但在测试我的代码后，我发现它大部分时间都花在这样的循环中：
size_t currentCharNumber = 0;
int16_t windowSize = 50;
//seq is a string of length 249250621
while(seq.length() - currentLinePos < windowSize)
{
string temp = seq.substr(currentLinePos, windowSize);
//do stuff to temp
++currentLinePos;
}
将序列从文件加载到内存中只需要几秒钟，但解析序列需要大约 30 分钟（即使在注释掉 substr() 调用下面的处理之后）。我是否遗漏了一些增加了大量开销的东西，或者可能是由于我的数据大小所致？
提到我可以忽略包含 ATCG 以外的字符的子字符串是否会有帮助？我的意思是我在代码中进行此过滤，但只有在从 substr 获取字符串之后才进行。
这是我第一次发帖，我的C++有点生疏。任何反馈将不胜感激。