我有以下数据，并使用 R 中的包 glmmTMB 创建了一个模型，用于植物直径〜植物密度（植物数量），并具有随机绘图效果：
d <- data.frame (diameter = c(17,16,15,13,11, 19,17,15,11,11, 19,15,14,11,8),
plant_density = c(1000,2000,3000,4000,5000, 1000,2000,3000,4000,5000, 1000,2000,3000,4000,5000),
plot = c(1,1,1,1,1, 2,2,2,2,2, 3,3,3,3,3))
glmm.model <- glmmTMB(diameter ~ plant_density + (1|plot),
data = d,
na.action = na.omit,
family="gaussian",
ziformula = ~ 0)
我的目的是创建一个图，其中包含不同植物密度的预测直径数据，并包含随机图效果。所以我尝试预测数据：
new.dat <- data.frame(diameter= d$diameter,
plant_density = d$plant_density,
plot= d$plot)
new.dat$prediction <- predict(glmm.model, new.data = new.dat,
type = "response", re.form = NA)
不幸的是，我得到了每个地块的输出，但想要对直径〜植物密度进行广义预测。
我的目标是创建一个像这里一样的图，但使用 glmmTMB 的回归模型来考虑随机效应。
感谢你的帮助！
