小编Lyn*_*akr的帖子

我有一个数据框,可能有也可能没有某些特定的列.我想选择列,dplyr如果它们确实存在,如果不存在,只是忽略我尝试选择它们.这是一个例子:

# Load libraries
library(dplyr)

# Create data frame
df <- data.frame(year = 2000:2010, foo = 0:10, bar = 10:20)

# Pull out some columns
df %>% select(year, contains("bar"))

# Result
#    year bar
# 1  2000  10
# 2  2001  11
# 3  2002  12
# 4  2003  13
# 5  2004  14
# 6  2005  15
# 7  2006  16
# 8  2007  17
# 9  2008  18
# 10 2009  19
# 11 2010  20 …

我习惯于将相似的任务集中到一行中。例如，如果我需要过滤a，b以及c在数据表中，我把它们放在一起在一个[]与AND运算。昨天，我注意到在我的特定情况下，它的运行速度非常慢，并且经过了测试，却没有测试链接过滤器。我在下面提供了一个示例。

首先，我为随机数生成器添加种子，加载data.table，并创建一个虚拟数据集。

# Set RNG seed
set.seed(-1)

# Load libraries
library(data.table)

# Create data table
dt <- data.table(a = sample(1:1000, 1e7, replace = TRUE),
                 b = sample(1:1000, 1e7, replace = TRUE),
                 c = sample(1:1000, 1e7, replace = TRUE),
                 d = runif(1e7))

接下来，我定义我的方法。第一种方法将过滤器链接在一起。第二个将过滤器与在一起。

# Chaining method
chain_filter <- function(){
  dt[a %between% c(1, 10)
     ][b %between% c(100, 110)
       ][c %between% c(750, 760)]
}

# Anding method
and_filter <- function(){
  dt[a %between% c(1, …

我不仅希望我的数字出现在我的knitr生成的报告中,而且我还希望将它们输出到单独的文件中.为此,我提供了如下代码:

```{r}
  #Plot figure in report
  plot(x,y)

  #Plot figure in file
  pdf(file="MyFig.pdf")
  plot(x,y)
  dev.off()
```

这很好用,但我希望有一个更优雅的解决方案,已经内置到knitr.是否有一个块选项或类似的东西可以实现相同的结果？

我对R Markdown有些新意,所以如果这很愚蠢,请道歉.我正在准备一个使用R Markdown/Knitr的pdf报告,并遇到一个问题,如果我尝试使用kable包含一个样式表,它会将表移动到页面底部.

以下是代码示例:

---
title: "Testing"
output:
  pdf_document:
    fig_caption: yes
tables: true
---

```{r setup, include=FALSE}
library(knitr)
library(kableExtra)
```
Section 1: In Table \ref{fig:table1} below...
```{r table1, echo=FALSE}
kable(head(mtcars[,1:4],4), format = "latex", align = "c", caption ="\\label{fig:table1}Table Caption") %>%
  column_spec(1, bold = T, width = "6em") %>% 
  kable_styling(position = "center")
```

Section 2: Lorem ipsum dolor sit amet

这个输出的PDF有"第1部分"和"第2部分"相互跟随,表格位于页面的最底部.

我已经尝试删除标题,并在块的开头使用fig.cap.虽然我的表保持在应有的位置,但它根本不会生成标题,并且对该图的引用变为?? .

什么有效:摆脱kableExtra,将格式从latex更改为pandoc.该表保留在应有的位置,并且我得到了标题,但是表格丢失了我真正想要的报告格式.

我究竟做错了什么？谢谢你的帮助!

编辑:对不起!我希望桌子显示我放在哪里(在"第1节"之后,在"第2节"之前).如下所示,仅带有标题/图形标签.(链接的图像是我得到的,如果我摆脱上面的代码块中的标题arg)

我有以下数据框:

# Dummy data frame
df <- expand.grid(x = 1:3, y = 1:3)

我想把它描绘成一个像这样的geom_tile使用ggplot2:

# Tile plot
ggplot(df) + 
  geom_tile(aes(x = x, y = y), 
            fill = NA, colour = "red", size = 3, width = 0.7, height = 0.7)

这使,

但请注意,在每个瓷砖的左上角,缺少一个缺口,其中边框不能正确地吻合.如果我使用,我会得到相同的结果geom_rect.有没有解决方法来避免这种情况？

R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

Matrix products: default  

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other …

假设我有以下数据框：

# Set seed for RNG
set.seed(33550336)

# Create toy data frame
loc_x <- c(a = 1, b = 2, c = 3)
loc_y <- c(a = 3, b = 2, c = 1)
scaling <- c(temp = 100, sal = 10, chl = 1) 

df <- expand.grid(loc_name = letters[1:3], 
                  variables = c("temp", "sal", "chl"), 
                  season = c("spring", "autumn")) %>% 
  mutate(loc_x = loc_x[loc_name],
         loc_y = loc_y[loc_name],
         value = runif(nrow(.)),
         value = value * scaling[variables])

看起来像，

# > head(df)
#   loc_name …

我试图通过使用apply将用户定义的函数应用于矩阵来避免使用循环.我遇到的问题是我的函数使用了其他参数,它们对于矩阵的每一列都不同.以下是一个玩具示例.

说我有以下功能:

foo <- function(x, a, b, c) return( (a*x + b)^c )

我想将它应用到一个矩阵bar使用的不同的价值观a,b以及c对每一列.

bar <- matrix(1:15, ncol = 3)
a <- 4:6
b <- 3:1
c <- 1:3

在这种情况下,对于第一列bar,然后a=4,b=3和c=1.我试过这个,

apply(bar, 2, foo, a=a, b=b, c=c)

但这显然是不正确的,因为每个列在重新包装回第一个参数之前依次使用所有参数.有什么建议？

首先，为这个例子道歉，但我找不到更好的数据集来证明这个问题。希望，这就足够了。假设我正在尝试从mtcars绘制 mpg 与位移的数据集中制作一个传动方面的网格（自动与手动）和齿轮数，如下所示：

# Load library
library(ggplot2)

# Load data
data(mtcars)

# Plot data
p <- ggplot(mtcars,aes(x = disp, y = mpg)) + geom_point() + facet_grid(gear ~ am)
p <- p + geom_smooth()
print(p)

这使，

注意，我添加了一条趋势线geom_smooth，它默认使用黄土曲线。我可以拟合用户定义的函数而不是nls用于该方法的黄土曲线 ，然后陈述一个公式，这很棒。但是是否可以为每个方面拟合不同的用户指定曲线？例如，左上角的线性回归和右下角的衰减指数。这可能吗？还是我用锤子打螺丝？

编辑：此处给出了自定义（即用户定义）拟合函数的解决方案。

我想使用ggplot2's创建一个图形facet_grid，如下所示：

# Load ggplot2 library for plotting
library(ggplot2)

# Plot dummy data
p <- ggplot(mtcars, aes(mpg, wt)) 
p <- p + geom_point() 
p <- p + facet_grid(gear ~ cyl)
print(p)

这很好，但由于它出现在期刊文章中，因此每个面板也需要标有 a、b、c 等。该包egg有一个很好的函数调用tag_facet，其用法如下：

# Load egg library for tagging
library(egg)
#> Warning: package 'egg' was built under R version 3.5.3
#> Loading required package: gridExtra

# Same plot but with tags for each facet
p <- ggplot(mtcars, aes(mpg, wt)) 
p <- p …

我有一个如下所示的 data.table：

# Load packages
library(data.table)

# Set RNG seed
set.seed(-1)

# Create dummy data
dt <- data.table(foo = sample(letters[1:10], 6),
                 bar = sample(letters[1:10], 6))

dt
#>    foo bar
#> 1:   g   a
#> 2:   h   j
#> 3:   j   e
#> 4:   a   i
#> 5:   d   g
#> 6:   i   c

我想将所有相关元素组合在一起。我的意思是，例如，a和g一起在第一行，所以它们属于一个组 ( a, g)。但是a和i一起在第 4 行，所以i也属于这个组 ( a, g, i)。此外， …