小编Cri*_*uñí的帖子

我有一个 nextflow 脚本，它从文本文件创建一个变量，我需要将该变量的值传递给命令行命令（这是一个 bioconda 包）。这两个过程发生在“脚本”部分内。我尝试使用“$”符号调用变量，但没有任何结果，我认为因为在 nextflow 脚本的脚本部分中使用该符号是为了调用输入部分中定义的变量。

为了让自己更清楚，这里是我想要实现的目标的代码示例：

params.gz_file = '/path/to/file.gz'
params.fa_file = '/path/to/file.fa'
params.output_dir = '/path/to/outdir'

input_file = file(params.gz_file)
fasta_file = file(params.fa_file)

process foo {
    //publishDir "${params.output_dir}", mode: 'copy',

    input:
    path file from input_file
    path fasta from fasta_file

    output:
    file ("*.html")

    script:
    """
    echo 123 > number.txt
    parameter=`cat number.txt`
    create_report $file $fasta --flanking $parameter 
    """
}

通过这样做，我收到的错误是：

Error executing process > 'foo'
Caused by:
  Unknown variable 'parameter' -- Make sure it is not misspelt and defined somewhere in the …