小编Whe*_*tle的帖子

我正在尝试从Pubmed下载一些xml-那里没有问题，Biopython很棒。问题是我真的不知道如何操纵输出。我想将大多数已解析的xml放入sql数据库，但是我对输出不熟悉。对于某些事情，我可以像字典一样调用已解析的xml，但对于另一些事情，似乎并不那么简单。

from Bio import Entrez
Entrez.email="xxxxxxxxxxxxx@gmail.com"
import sqlite3 as lite
handle=Entrez.efetch(db='pubmed',id='22737229', retmode='xml')
record = Entrez.read(handle)

如果要查找标题，可以执行以下操作：

title=record[0]['MedlineCitation']['Article']['ArticleTitle']

但是解析对象的类型是一个类：

>>> type(record)
<class 'Bio.Entrez.Parser.ListElement'>
>>>r=record[0]
>>>type(r)
<class 'Bio.Entrez.Parser.DictionaryElement'>
>>> r.keys()
[u'MedlineCitation', u'PubmedData']

这使我认为，必须比将其用作字典要容易得多。但是当我尝试：

>>> r.MedlineCitation

Traceback (most recent call last):
  File "<pyshell#67>", line 1, in <module>
    r.MedlineCitation
AttributeError: 'DictionaryElement' object has no attribute 'MedlineCitation'

没用 我显然可以将其用作字典，但是后来我遇到了问题。

真正的问题是试图像字典一样使用记录时从记录中获取某些信息：

>>> record[0]['MedlineCitation']['PMID']
StringElement('22737229', attributes={u'Version': u'1'})

这意味着我不能只将它（这是一个技术术语；）放入我的sql数据库中，而是需要对其进行转换：

>>> t=record[0]['MedlineCitation']['PMID']
>>> t
StringElement('22737229', attributes={u'Version': u'1'})
>>> int(t)
22737229
>>> str(t)
'22737229'

总而言之，我对Entrez.read（）提供的信息深度感到高兴，但是我不确定如何轻松地在结果类实例中使用该信息。通常你可以做这样的事情

record.MedlineCitation

但这不起作用。

干杯

惠顿