很抱歉这么快就回来了一个简单的安装问题,但我自己无法自行解决这个问题严重影响了我的工作效率.无论如何,我尝试按照BC网站的建议安装GenomicFeatures.
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("GenomicFeatures")
我收到以下错误消息(除了几条警告消息)
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/RCurl’
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘rtracklayer’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rtracklayer’
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘biomaRt’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/biomaRt’
ERROR: dependencies ‘rtracklayer’, ‘biomaRt’, ‘RCurl’ are not available for package ‘GenomicFeatures’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/GenomicFeatures’
所以我猜想依赖项存在一些问题,但奇怪的是它们会在GF之前自动安装.我使用的是2.15.0版.关于问题可能是什么的任何线索？我很乐意根据需要提供更多信息.谢谢.