我有一组微阵列数据，我想根据附图（用PowerPoint完成）表示它。我尝试了R可用的各种软件包（VennDiagram，venneuler，limma）。但是，我无法按比例绘制数据或显示值。

有谁知道如何做？

可以玩的代码可以在下面找到！

谢谢！

# you might need these:
source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")
library(VennDiagram)
library(limma)
library(venneuler)

# Trial 1: Kind of proportional but difficult to customize for labels and other stuff
su <- venneuler(c(A=162, B=104, C=86, "A&B"=206, "A&C"=112, "B&C"=90 ,"A&B&C"=2433))
plot(su)

# Trial 2: looks nice but not proportional
hw <- c(F,F,F,F,T,T,T,T)
hm <- c(F,F,T,T,F,F,T,T)
hr <- c(F,T,F,T,F,T,F,T)
c4 <- cbind(hw,hm,hr)
e <- vennCounts(c4)
e[1:8,4] <- c(3193,86,104,90,162,112,206,2433)
vennDiagram(e)

我认为维恩图是比较数据的极有用的方法。问题在于，一旦我开始拥有多个（3个或更多）类，圆圈的大小就不再能够指示重叠的大小。

我想做的是通过重叠的大小而不是类标签的大小为维恩图中的每个字段着色：

例如，当我绘制普通的维恩图时：

require(VennDiagram)
# Make data
oneName <- function() paste(sample(LETTERS,5,replace=TRUE),collapse="")
geneNames <- replicate(1000, oneName())

GroupA <- sample(geneNames, 400, replace=FALSE)
GroupB <- sample(geneNames, 750, replace=FALSE)
GroupC <- sample(geneNames, 250, replace=FALSE)
GroupD <- sample(geneNames, 300, replace=FALSE)

v1 <- venn.diagram(list(A=GroupA, B=GroupB, C=GroupC, D=GroupD), filename=NULL, fill=rainbow(4))
grid.newpage()
grid.draw(v1)

看起来像这样：

最终的维恩图被分为15个单独的字段，每个字段都有自己的颜色和数字。每个单独字段的颜色由fill参数指示的类别/组的颜色确定。

我要做的是改为使用指示字段大小的颜色渐变为每个单独的字段上色，以便在视觉上易于发现最大/最小的组（类似于热图/水平图的着色方式）

有没有办法在R中做到这一点？

我做了一个三向维恩图.我有三个问题似乎无法解决.

1. 移动圆圈标签的代码是什么(即"Set1","Set2","Set3")因为现在距离圆圈太远了.

2. 将圆圈设为三个相同尺寸/更改圆圈尺寸的代码是什么？

3. 围绕绘图移动圆圈的代码是什么.现在,set2在set3内(但颜色不同),我希望该图看起来更像是显示维恩图的"标准"方式(即3个独立的圆圈,中间有一些重叠).

另一方面,我发现很难找到诸如"set_x","set_alpha"之类的命令; 如果有人知道一本可以通过上述问题回答的手册我会很感激,我似乎无法找到一个包含我需要的所有信息的地方.

import sys
import numpy
import scipy
from matplotlib_venn import venn3,venn3_circles
from matplotlib import pyplot as plt

#Build three lists to make 3 way venn diagram with                                                                                                                             
list_line = lambda x: set([line.strip() for line in open(sys.argv[x])])
set1,set2,set3 = list_line(1),list_line(2),list_line(3)

#Make venn diagram                                                                                                                                                             
vd = venn3([set1,set2,set3],set_labels=("Set1","Set2","Set3"))

#Colours: get the HTML codes from the net                                                                                                                                      
vd.get_patch_by_id("100").set_color("#FF8000")
vd.get_patch_by_id("001").set_color("#5858FA")
vd.get_patch_by_id("011").set_color("#01DF3A")

#Move the numbers in the circles                                                                                                                                               
vd.get_label_by_id("100").set_x(-0.55)
vd.get_label_by_id("011").set_x(0.1)

#Strength of color, 2.0 is very strong.                                                                                                                                        
vd.get_patch_by_id("100").set_alpha(0.8)
vd.get_patch_by_id("001").set_alpha(0.6)
vd.get_patch_by_id("011").set_alpha(0.8)

plt.title("Venn …

如何在一个PDF页面中并排绘制网络图（igraph包图）和维恩图（VennDiagram gList对象）？

library(grid)
library(igraph)
library(VennDiagram)

#network graph object
relations <- data.frame(from=c("Bob", "Cecil", "Cecil", "David",
                               "David", "Esmeralda"),
                        to=c("Alice", "Bob", "Alice", "Alice", "Bob", "Alice"))
g <- graph_from_data_frame(relations, directed=TRUE)

# venn plot object
plotVenn <- venn.diagram(
  list(A = 1:150, B = 121:170),
  filename = NULL)
class(plotVenn)
# [1] "gList"

# output to PDF, outputs into 2 pages, I need 1 page 2 plots side-by-side
pdf("temp.pdf")

#network
igraph::plot.igraph(g)

#venn …