标签: upsetr

下面我构建了一个Upset图.我正在使用颜色调色板来定义条形颜色.有没有办法为连接点的矩阵做到这一点？

library(dplyr)
library(RColorBrewer)
library(UpSetR)

movies <- read.csv(system.file("extdata", "movies.csv",
                   package = "UpSetR"), header=T, sep=";" )
movies <- select(movies, Action:Children)

upset(movies, main.bar.color=brewer.pal(2^ncol(movies)-1, "Set1"))

当尝试将调色板应用于矩阵时,我收到警告,并且仅使用第一种颜色红色.

upset(movies, main.bar.color=brewer.pal(2^ncol(movies)-1, "Set1"),
      matrix.color=brewer.pal(2^ncol(movies)-1, "Set1"))

我正在与UpSetR进行一些比较进行一些比较，并且我想保存属于每个交叉点的元素列表。这可能吗？我在任何地方都找不到它...

手动执行此操作（许多列表）会非常乏味，而且由于它们是经过计算的，因此无法保存它们令人沮丧

我有几个基因特征载体,其中包含了它们所在物种的名称,我制作了一个UpSetR图,显示了基因间共同的物种数量.现在我想做相反的事情:绘制物种间共同基因的数量,但我不知道该怎么做.

我的例子:

gene1 <- c("Panda", "Dog", "Chicken")
gene2 <- c("Human", "Panda", "Dog")
gene3 <- c("Human", "Panda", "Chicken")  
...#About 20+ genes with 100+ species each

我希望得到的结果示例:

Panda <- c("gene1", "gene2", "gene3")
Dog <- c("gene1", "gene2")
Human <- c("gene2", "gene3")
Chicken <- c("gene1", "gene3")
...  

我知道它在概念上很容易,但后勤更复杂.任何人都可以给我一个线索吗？

谢谢!

我一直在寻找一种在upsetR图中堆积条形图的方法。我从此处下载了电影数据集，并添加了仅包含两个值“ M”和“ C”的列。以下是有关如何加载数据并添加“ x”列的信息。

编辑：

m <- read.csv(system.file("extdata", "movies.csv", package = "UpSetR"), 
                           header = T, sep = ";")
nrow(m)
[1] 3883
x<-c(rep("M", 3000), rep("C", 883))
m<-cbind(m, x)  
unique(m$x)
[1] M C

这是数据帧的结构：

str(m)
'data.frame':   3883 obs. of  22 variables:
 $ Name       : Factor w/ 3883 levels "$1,000,000 Duck (1971)",..: 3577 1858 1483 3718 1175 1559 3010 3548 3363 1420 ...
 $ ReleaseDate: int  1995 1995 1995 1995 1995 1995 1995 1995 1995 1995 ... …