标签: s4

一个人怎么会成为dput()S4对象？我试过这个

require(sp)
require(splancs)
plot(0, 0, xlim = c(-100, 100), ylim = c(-100, 100))
poly.d <- getpoly() #draw a pretty polygon - PRETTY!
poly.d <- rbind(poly.d, poly.d[1,]) # close the polygon because of Polygons() and its kin
poly.d <- SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(poly.d)), ID = 1)))
poly.d
dput(poly.d)

请注意,如果我dput()是S4对象,我无法重新构建它.你的意见？

假设与特定S4泛型函数/方法关联的所有 S4方法共享一个应该具有特定默认值的形式参数.直觉上,我会在S4 泛型的定义中陈述这样一个论点(而不是在每个方法定义中陈述它对我来说似乎有点多余).

但是,我注意到这种方式我遇到了麻烦,因为似乎没有将形式参数的默认值分派给方法,因此抛出了错误.

这有点不符合通用和方法相结合的想法吗？当默认值始终相同时,为什么我必须再次分别在每个方法中声明形式参数？我可以以某种方式明确地发送正式参数的默认值吗？

您可以在下面找到该行为的简短说明

通用功能

setGeneric(
    name="testFoo",
    signature=c("x", "y"),
    def=function(
        x,
        y,
        do.both=FALSE,
        ...
    ) {
    standardGeneric("testFoo")       
    }
)

方法

setMethod(
    f="testFoo", 
    signature=signature(x="numeric", y="numeric"),
    definition=function(
        x,
        y
    ) { 
    if (do.both) {
        out <- list(x=x, y=y)
    } else {
        out <- x
    }
    return(out)
    }
)

错误

> testFoo(x=1, y=2)
Error in .local(x, y, ...) : object 'do.both' not found

冗余声明do.both修复它

setMethod(
    f="testFoo", 
    signature=signature(x="numeric", y="numeric"),
    definition=function(
        x,
        y,
        do.both=FALSE
    ) { 
    if (do.both) { …

我是S4参考类的忠实粉丝,因为它们允许混合编程风格(功能/按值传递与oop/pass-by-reference; 示例),从而大大提高了灵活性.

但是,当我要求它通过方法检索某个字段值时,我认为我刚刚遇到了关于R扫描环境/帧的方式的不良行为$field()(请参阅帮助页面).问题是,如果在实际的本地/目标环境中找不到所需的字段(这将构成S4参考类的环境),R似乎也会查看封闭的环境/框架,即它就像运行一样get(<objname>, inherits=TRUE)(请参阅帮助)页面).

实际问题

为了具有R只是看在本地/目标的环境,我的想法是这样$field(name="<fieldname>", inherits=FALSE),但$field()没有一个...说法,让我通过inherits=FALSE一起get()(我猜是沿途某处调用).这有解决方法吗？

代码示例

对于那些对更多细节感兴趣的人:这是一个说明行为的小代码示例

setRefClass("A", fields=list(a="character"))

x <- getRefClass("A")$new(a="a")

有一个领域a类A,所以它在目标环境中找到,返回的值:

> x$field("a")
[1] "a"

如果我们尝试访问不是引用类的字段但恰好具有与工作空间/搜索路径中的某个其他对象的名称相同的字段(在本例中"lm"),则情况会有所不同:

require("MASS")
> x$field("lm")

function (formula, data, subset, weights, na.action, method = "qr", 
    model = TRUE, x = FALSE, y = FALSE, qr = TRUE, singular.ok = TRUE, 
    contrasts = NULL, offset, ...) 
{ …

我想写一个S4对象,以便它可以传递给只接受S3对象的方法.(似乎setOldClass()可能与此有关,但我从文档中不清楚这一点？)

例如,对于一个最小的例子,想象一下我有S3类和函数:

myS3 <- list(a = 1, b = 2)
class(myS3) <- "myS3class"
myS3function.myS3class <- function(x) x$a + x$b

我有S4对象

setClass("myS4class", representation(a = "numeric", b = "numeric"))
obj <- new("myS4class", a = 1, b = 2)

有什么我可以这样做的吗？

myS3function.myS3class(obj) 

给了我同样的东西

myS3function.myS3class(myS3) 

通过仅修改S4类？

编辑我这种方法的基本原理是利用S3类的所有现有方法(通常可能来自其他包等),而不必重写它们.我意识到一种方法只是编写一个强制方法(setAs()),将我的S4对象转换为S3对象,但用户总是必须手动执行此步骤.(虽然它有效,但我也有点不清楚使用setAs()S4类到S3类是否是不好的做法,而不是在S4类之间进行映射).

从我阅读文档的方式来看setOldClass,听起来这可以使S3对象像S4对象一样？那是对的吗？如果是这样,我的问题是,是否可以反过来(可能是通过prototype在S4类中设置？).

如果这是不可能的,那么解释为什么这会是一个坏主意的理由呢？

题

使用s4 OOP系统在r中编程时,必须使用？我没有看到添加到函数名称时有什么不同.是否和是平等的吗？setReplaceMethodsetMethod<-setMethod("$<-")setReplaceMethod("$")

文档

• 我没有在文档中找到任何内容?setReplaceMethod或??setReplaceMethod.除了用法之外什么都没有.
• 在StackOverflow中,有几个关于setReplaceMethod的问题但没有帮助.当我看到它似乎无法用来记录用roxygen2它创建的方法时,我开始搜索这个问题的答案setReplaceMethod
• 我在r-project.org上搜索没找到任何东西

可重复的例子

library(methods)

# Create a class
setClass("TestClass", slots = list("slot_one" = "character"))

# Test with setMethod -----------------------
setMethod(f = "$<-", signature = "TestClass",
  definition = function(x, name, value) {
    if (name == "slot_one") x@slot_one <- as.character(value)
    else stop("There is no slot called",name)
    return(x)
  }
)
# [1] "$<-"

test1 <- …

我有一个包含shinyjs函数的包show.今天用户向我报告说,这在使用S4对象时会引入问题,因为"打印" - S4对象使用的show方法在附加时被我的包屏蔽.

例:

library(shinyjs)
setClass("testS4Object",
         representation(
           ID = "numeric",
           Name = "character"
         ),
         prototype(
           ID = NA_real_,
           Name = NA_character_
         )
)
x = new("testS4Object")
x

有一个错误,因为当我们打印它的值时x,它似乎show在幕后调用,但它正在使用shinyjs::show而不是methods::show.通过methods::show(x)明确打印,问题就消失了.但我有点困惑的是,为什么默认情况下S4打印系统在show没有命名空间的情况下调用它 - 这不是危险的,而且这个错误发生的并不是我的软件包的错!

拥有与函数同名的函数被认为是一个非常糟糕的主意methods？我的想法是S4系统应该知道调用自己的show函数或继承的S4 show函数.

编辑:我问哈德利他的想法,他似乎也认为这可能是R中的一个错误,我通过电子邮件发送r-devel来获得他们的意见

我对使用它感到困惑setReplaceMethod().看着?setReplaceMethod没有提供解释,谷歌搜索不是很有帮助.

问题:请解释setReplaceMethod(),它的用法及其工作原理(最好以一个例子为准).

我正在使用texreg为plm生成面板回归的输出表.我想压抑所有gof统计数据的输出.这不是显示R2,而是显示R2和N.我只想显示adj R2.有谁知道这样做的简单方法？

我已经使用S4类编写了一个包,并希望使用函数rbind,cbind和这些定义的类.

因为似乎不可能直接定义rbind和定义cbind为我定义的S4方法rbind2,cbind2而是:

setMethod("rbind2", signature(x="ClassA", y = "ANY"), 
    function(x, y) {
      # Do stuff ...
})

setMethod("cbind2", signature(x="ClassA", y = "ANY"), 
    function(x, y) {
      # Do stuff ...
})

从?cbind2我了解到,需要激活这些函数来methods:::bind_activation从base替换rbind和cbind.

我使用以下.onLoad函数将调用包含在包文件R/zzz.R中:

.onLoad <- function(...) {
  # Bind activation of cbind(2) and rbind(2) for S4 classes
  methods:::bind_activation(TRUE)
}

这按预期工作.但是,运行R CMD检查我现在得到以下注释,因为我在方法中使用了未导出的函数:

* checking dependencies in R code ... NOTE
Unexported object imported by a ':::' call: 'methods:::bind_activation'
  See the …

这个问题与这个问题非常相似,但是当我尝试答案时,我会收到一个附加的"注意" R CMD check.虽然它只是一个NOTE我真的想要一个完全干净的检查.

* checking Rd line widths ... NOTE
Error: 8: no comma in argument list following \S4method
Execution halted

如果我传递所有其他参数(i,j,drop)并记录所有参数但我不使用它,我可以摆脱这个.在我看来,如果在这种情况下不相关的情况下添加额外的文档将是一种浪费.

#' An S4 class that stores a list.
#' @export
setClass("testClass", 
                 representation(a="list"))

#' Extract parts of testClass.
#' @param x testClass
#'
setMethod("[", signature(x = "testClass"),
            function (x){
                print("void function")
            }
)

Rd文件导致错误:

% Generated by roxygen2 (4.1.1): do not edit by hand
% Please edit documentation in R/test.R
\docType{methods} …