我正在使用RS版本的R版本2.15.0,并希望更新到最新的R版本.

如何使用RStudio实现这一目标？

我一直在使用Knitr通过R-Studio,并认为它非常整洁.我有一个小问题.当我在R-Chunk中获取文件时,knitr输出包括外部注释,如下所示:

+ FALSE Loading required package: ggplot2
+ FALSE Loading required package: gridExtra
+ FALSE Loading required package: grid
+ FALSE Loading required package: VGAM
+ FALSE Loading required package: splines
+ FALSE Loading required package: stats4
+ FALSE Attaching package: 'VGAM'
+ FALSE The following object(s) are masked from 'package:stats4':

我试图以各种方式设置R-chunk选项,但似乎仍然没有避免这个问题:

```{r echo=FALSE, cache=FALSE, results=FALSE, warning=FALSE, comment=FALSE, warning=FALSE} 
source("C:/Rscripts/source.R");

```

有没有办法评论这些消息？

我在Windows上运行R,而不是管理员.当我安装包时,以下命令不起作用:

> install.packages("zoo")
Installing package(s) into ‘C:/Program Files/R/R-2.15.2/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  'lib = "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"' is not writable

要安装软件包,我必须指定一个库位置:

install.packages("zoo", lib="C:/software/Rpackages")

要加载包,我还必须指定库位置:

library("zoo", lib.loc="C:/software/Rpackages")

所有这一切C:/software/Rpackages都没问题,但我想知道是否可以以某种方式添加到库路径,因此不必每次都输入它.

当我在网上搜索时,我发现一种方法是编辑Rprofile.site文件并添加行

.libPaths("C:/software/Rpackages")

但是,在执行此操作并启动RStudio之后,这就是我得到的输出

> .libPaths()
[1] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" "C:/Program Files/RStudio/R/library" 

在.libPaths我加入命令Rprofile.site似乎并没有有任何影响!为什么会这样？或者更重要的是,如何解决问题以便我可以在不输入库位置的情况下安装和加载包？

注意:如果我启动RStudio,.libPaths()命令似乎按预期工作

.libPaths("C:/software/Rpackages")
> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"

这不奇怪吗？

我最近从OSX Mountain Lion"升级"到Yosemite,从R 3.1.3升级到3.2.升级之后,当我打开R或RStudio时,我收到一条弹出消息,说我需要安装Java 6.此外,加载rJava或依赖于rJava的任何软件包(例如xlsx)导致RStudio崩溃(R也崩溃了当我通过R.app直接打开尝试这个).

尝试在Stack Overflow和其他地方找到一些修复程序后(下面有更多详细信息),我正处于加载rJava或任何依赖的程序包rJava不再导致R崩溃的程度,但会导致以下错误:

library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

但是,如果我从命令行调用R然后加载rJava或依赖的任何包rJava,它似乎工作(或至少我没有得到任何错误消息).

我已经尝试了一些不同的尝试修复,其中一些已经修改了几次,并且不能完全记住我按照什么顺序做了什么(没有意识到这将是如此的泥潭并且并没有真正保持跟踪) ,但这是它的要点:

• 添加了以下内容.bash_profile(根据此SO答案):

  export JAVA_HOME ="/ usr/libexec/java_home -v 1.8"
  export …

我试图在高层次上理解R Markdown和之间的区别R NoteBook.我知道它们是相互关联的,但我想弄清楚它们是如何相关的.我的理解是这样的:

我知道RNotebooks真的是R Markdown文档,但我对术语感到困惑.

RStudio新文件选项有R Markdown和,R NoteBook并且选择其中任何一个打开R Markdown文件但有细微差别.所以只是想弄清楚为什么有两种选择,两者之间有什么区别？

我知道R笔记本是新推出的,R Makrdown已经存在了一段时间.部分混乱可能是因为我R Markdown在引入R Notebook之前从未使用过,所以我的相关或更具体的问题是

什么是R NoteBook不同于仅使用R MarkDown或R NoteBook带来了哪些新功能？

我在网络搜索上的所有点击都指出R笔记本使用R Markdown但我没有找到任何帮助,两者之间的具体差异.

我正在使用RStudio来编写markdown文档,并希望在文档顶部添加目录(TOC),以便用户可以单击相关部分进行阅读.关于rpubs有一些相关的例子,但现在我似乎无法找到它们.请注意,我不使用pandoc和很新的Rmd&knitr.有没有办法在不使用的情况下添加TOC pandoc？如果pandoc必须使用哪些功能是相关的？

编辑

这是一个小样本页面:

---
title: "Sample Document"
output:
  html_document:
    toc: true
    theme: united
---

Header 1
---------------
This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

## Header 2
When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of …

我想将一个长字符串打印到RStudio控制台,以便它不会被截断.

> paste(1:300, letters, collapse=" ")
[1] "1 a 2 b 3 c 4 d 5 e 6 f 7 g 8 h 9 i 
...
181 y 182 z 183 a 184 b... <truncated>

我认为这应该相当简单,但我无法弄清楚如何.我试过了

options(max.print = 10000)

并查看了print帮助页面上的args .仍然没有运气.

我必须更改哪些参数/设置才能实现此目的？

所以我正在使用RStudio并将我的文件存储在Google云端硬盘上(系统中包含文件夹的版本,就像Dropbox一样).我正在使用它,因为它提供了比Dropbox更多的免费空间,我需要那个空间用于我正在进行的项目.

当我尝试编写任何文档时 - 一个R脚本,一个RMarkdown文件等... - 我得到了标题中提到的错误.使用Dropbox不会发生这种情况.我已经为Dropbox找到了这个问题的答案,但解决方案(告诉Dropbox不要同步Rproj文件)似乎不适用于Google云端硬盘(如果是,请更正我).

目前,我正在暂停谷歌驱动器,这很好,但我经常忘记恢复它,这会导致头痛.

谢谢你的帮助!

我想知道如何使用rmarkdown生成在同一文档中同时具有纵向和横向布局的pdf.如果有一个纯粹的rmarkdown选择,甚至比使用乳胶更好.

这是一个小的,可重复的例子.首先,.Rmd在RStudio中渲染它(按Knit PDF按钮)会生成包含横向布局中所有页面的pdf:

---
title: "All pages landscape"
output: pdf_document
classoption: landscape
---

```{r}
summary(cars)
```

\newpage
```{r}
summary(cars)
```

然后尝试创建一个混合纵向和横向布局的文档.其中的基本设置YAML是根据此处的"包含"部分完成的.该in_header文件"header.tex"只包含\usepackage{lscape},包建议的knitr景观布置在这里.该.tex文件与文件位于同一目录中.Rmd.

---
title: "Mixing portrait and landscape"
output:
    pdf_document:
        includes:
            in_header: header.tex
---

Portrait:
```{r}
summary(cars)
```

\newpage
\begin{landscape}
Landscape:
```{r}
summary(cars)
```
\end{landscape}

\newpage
More portrait:
```{r}
summary(cars)
```

但是,此代码会导致错误:

# ! You can't use …

在Rstudio 0.96中的R Markdown文件上按"Knit HTML"时会运行什么命令？

我的动机是,当我在另一个文本编辑环境中时,我可能想要运行相同的命令,或者我可能想要将命令组合成更大的命令makefile.