标签: rnw

我希望rgl在我的.Rnw文档中包含动画图表knitr.这是我的MWE:

\documentclass{article}

<< label = setup, include = FALSE>>=
opts_chunk$set(fig.path = 'figure/',  cache = FALSE, dev = "pdf",  fig.align = 'center', fig.show = 'hold', fig.width = 3, fig.height = 3,  echo = TRUE, warning = FALSE, message = FALSE, size = 'footnotesize', comment=NA, results='hold')

knit_hooks$set(par = function(before, options, envir){
if (before && options$fig.show!='none')
 par(mar = c(4, 4, 0.1, 0.1), cex.lab = 0.95, cex.axis = 0.9, mgp = c(2, 0.7, 0), tcl = -0.3)
} …

我不知道是否有把任何功能line numbers与knitr在.Rnw.我发现了这个讨论和这些文件(这里和这里),但找不到放置行号的方法.任何帮助将受到高度赞赏.谢谢

我正准备提交给CRAN的包裹.我使用R CMD build myPackage然后R CMD check myPackage --as-cran它通过所有检查没有注释或警告.但是,每次我尝试提交时,我都会从其中一个CRAN维护者那里收到以下错误消息:

包具有VignetteBuilder字段,但没有预先构建的晕影索引.

首先,我希望能够在我自己的系统(R version 3.0.1)上重现上述错误消息.

晕影.Rnw文件如下所示:

%\VignetteEngine{knitr::knitr}
%\VignetteIndexEntry{myVignetteName}
\documentclass{article}
\begin{document}
Here is some code:
<<>>=
plot(1:10, 10:100)
@
\end{document}

我尝试INDEX在根目录中添加一个文件,如下所示:

myFunction       a brief description
abc-vignette     vignette description

再次,这传递,R CMD check myPackage --as-cran但我得到相同的错误消息.

我也试图R CMD build myPackage --md5强制创建一个MD5文件,但无济于事.

当我看到myPackage.Rcheck/00_pkg_src/myPackage/inst/doc我找到晕影文件,.Rnw并按.pdf预期.

包DESCRIPTION文件具有以下条目:

VignetteBuilder: knitr
Suggests: knitr

当我看到myPackage.Rcheck/myPackage/Meta我看到一个条目vignette.rds …

我曾经用knitr它R来生成.Rnw格式的报告.在我的报告中,我经常使用大块的阴影来绘制大量的图并操纵它们的尺寸,例如:

\begin{figure}[h!]
\centering
<<fig.width=6, fig.height=4, out.width='.89\\linewidth'>>=

plot(mtcars)

@
\caption{}
\end{figure}

几个月前.然后我移动到另一个环境,重新安装R并且这些选项似乎不再起作用 - 绘图大小在PDF输出上保持不变!

以下是有关任何选项设置的所有代码行.我期待任何建议我做错了什么.

<< >>=
library(knitr)
knitr::opts_chunk$set(echo=F, eval=T, message = F, warning=F, cache = F, fig=TRUE)
@

\begin{figure}[h!]
\centering
<<fig.width=10, fig.height=3, out.width='.89\\linewidth', fig=TRUE, echo=F>>=
plot(mtcars)
@
\caption{mtcars plot}
\end{figure}

当我使用时,会出现完全相同的结果<<fig.width=10, fig.height=3, fig=TRUE, echo=F>>=.

会话信息

> sessionInfo()
R version 3.1.1 (2014-07-10)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8      
 [2] LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=pl_PL.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=pl_PL.UTF-8   
 [6] LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=pl_PL.UTF-8      
 [8] LC_NAME=C …

我想知道<0.001如果p值小于0.001要使用的话,如何放置符号Sweave.任何帮助将受到高度赞赏.谢谢

ctl <- c(4.17,5.58,5.18,6.11,4.50,4.61,5.17,4.53,5.33,5.14)
trt <- c(4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.83,6.03,4.89,4.32,4.69)
group <- gl(2, 10, 20, labels = c("Ctl","Trt"))
weight <- c(ctl, trt)
lm.D9 <- lm(weight ~ group)
summary(lm.D9)$coef

           Estimate Std. Error  t value     Pr(>|t|)
(Intercept)   4.8465  0.1557174 31.12368 4.185248e-17
group1       -0.1855  0.1557174 -1.19126 2.490232e-01

期望的输出

           Estimate Std. Error  t value     Pr(>|t|)
(Intercept)   4.8465  0.1557174 31.12368   <0.001
group1       -0.1855  0.1557174 -1.19126    0.249

在编写R Markdown(.Rmd)文件时,我正在使用Rstudio的'knit PDF'选项制作PDF.

使用xtable函数创建表时,使用%在latex中注释的文本显示在pdf中.使用latex和R编织.Rnw文件时,这个问题就消失了.

下面是一个.Rmd文件的例子,它被编织为PDF和等效的.Rnw文件,以编织(自然为pdf).

他们的PDF结果是相同的,除了一行.在表格上方,显示以下内容:

R 3.1.0由xtable 1.7-3包装生成的%乳胶表%2014年8月6日星期三19:06:37

MarkdownFile.Rmd

---
output: pdf_document
---

```{r, results='asis'}
library(xtable)
xtable(summary(cars)) 
```

SweaveFile.Rnw

\documentclass{article}

\begin{document}

<<r, results='asis'>>=
library(xtable)
xtable(summary(cars))
@

\end{document}

xtable(summary(cars))r中表达式的实际输出如下.你可以看到前两行,首先%是.Rnw文件隐藏它们而.Rmd文件没有.

% latex table generated in R 3.1.0 by xtable 1.7-3 package
% Wed Aug 06 19:33:18 2014
\begin{table}[ht]
\centering
\begin{tabular}{rll}
\hline
 &     speed &      dist \\ 
  \hline
1 & Min.   : 4.0   & Min.   :  2.00   \\ 
  2 & 1st Qu.:12.0   & 1st Qu.: 26.00   \\ 
  3 & …

当使用类似apa6e代码块的类的knitr时,默认为双倍空格,就像文档的其余部分一样.这是不可取的.

这可以通过包装来改变:

\begin{singlespace}
<<*>>=
CODE
@
\end{singlespace}

如何在全局范围内完成,而不是使用tex单一空格标记进行包装？

MWE .Rnw文件

\documentclass[leavefloats]{apa6e}
\usepackage[american]{babel}
\usepackage{csquotes}
\usepackage[style=apa,backend=biber,bibencoding=latin1]{biblatex}
\DeclareLanguageMapping{american}{american-apa}

\begin{document}

<<setup, include=FALSE, cache=FALSE>>=
# set global chunk options
opts_chunk$set(fig.path='figure/minimal-', fig.align='center', fig.show='hold')
options(replace.assign=TRUE,width=90)
library(ggplot2); library(xtable)
@

\title{MWE}
\shorttitle{MWE}
\author{Tyler Rinker}
\date{\today}
\authornote{\dots}
\abstract{This is an example of an abstract in APA.}
\maketitle


<<foo>>=
x <- "Got me some code"
y <- "look another line"
paste(x, y)
@

\begin{singlespace}
<<bar>>=
x <- "Got me some code"
y <- "look another line"
paste(x, y)
@ …

我想在Rnw文件和交互式闪亮的R markdown文档的两个位置中运行R代码。

因此，由于交互式闪亮组件在Rnw文件中不起作用，我需要的是R中的一个代码片段，该片段可检测是否加载交互式代码。

这似乎可行，但是感觉像是一个快速hack：

if (exists("input")) { # input is provided by shiny
    # interactive components like renderPlot for shiny
} else {
    # non-interactive code for Rnw file
}

是否有一个稳定的解决方案或我可以访问的全局变量之类的信息，表明当前是否正在运行Shiny？还是应该检查shiny包装是否已装入？

最安全的是什么？

这是一个包含随机代码块的 .Rnw 文件，该文件在编织为 pdf 时打印在两页上。我注意到代码块突出显示在分页后停止。

1. 这是为什么？
2. 我如何解决它？

.Rnw 文件

\documentclass{article}

%%% Knitr setup
<<include=FALSE, cache=FALSE>>=
library(knitr)
@

\begin{document}
$\;$
\vspace{15cm}
<<eval = FALSE>>=
model <- "
# Measurement models
PR =~ PR1 + PR2 + PR3
IM =~ IM1 + IM2 + IM3
DI =~ DI1 + DI2 + DI3
AD =~ AD1 + AD2 + AD3
DL =~ DL1 + DL2 + DL3
AA =~ AA1 + AA2 + AA3 + AA4 + AA5 + AA6
LO =~ LO1 …

我从我的大学获得了两个使用LaTeX撰写论文的文件.一个是.sty文件,另一个是.TeX文件.为了在R studio中工作,我决定为每个章节分别使用.Rnw文件和一个用于组合所有章节的文件.我认为.TeX文件是我可以组合所有章节的文件,因为它提供了输出中的示例章节.在R studio的网站上有一个标题为"使用多个Rnw文件"的页面,它描述了这个过程(我猜),但我不清楚.它讨论了'儿童'文件,我认为这是我案例中的章节.所以我的简单问题是,如果我创建不同的.Rnw文件,每章一个,我怎么能要求R将它们合并到一个大学提供给我的TeX文件中？因为我不熟悉可重复的研究内容,请承担我的无知.