我正在尝试在 ubuntu 上安装 Rdkit，但我的 conda 配置有问题。

我已经在桌面上重新安装了anaconda3和python3版本，并从头开始安装。

当我运行命令时： conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit

我遇到的错误是这个：

Collecting package metadata (current_repodata.json): failed

ProxyError: Conda cannot proceed due to an error in your proxy configuration.
Check for typos and other configuration errors in any '.netrc' file in your home directory,
any environment variables ending in '_PROXY', and any other system-wide proxy
configuration settings.

有谁知道如何解决这个问题，以便我可以安装名为 Rdkit 的程序？

你好1我试图使用rdkit包来完成在Jupyter Notebook中显示分子原子数的工作，“import IPython.core.interactiveshell”和“import InteractiveShell”，以及“from rdkit.Chem.Draw import DrawingOptions”包，然后我使用“DrawingOptions.includeAtomNumbers=True”来处理它，但结果根本不显示原子索引。不知道是什么原因导致原子数没有显示。所以我想请您给出一个合适的答案。多谢！

我有一个用 SMILES 字符串表示的分子数据集。我试图将其表示为图表。有没有办法这样做？例如，假设我有 string CC(C)(C)c1ccc2occ(CC(=O)Nc3ccccc3F)c2c1，是否有将其转换为图形表示的通用方法，即邻接矩阵和原子向量？我从图表中看到解决SMILES 的问题，我知道rdkit有MolFromSmiles，但我找不到可以从 SMILES 字符串中获取图表的内容。

我正在使用 RDKit 并尝试检查分子是否完全匹配。使用Chem.MolFromSmiles()表达式后m == p显然不会导致预期的结果。当然，我可以检查是否p是 的子结构m以及是否m是 的子结构p。但对我来说，这看起来太复杂了。我在 RDKit 文档中找不到或忽略了完全匹配的代码示例。我该如何正确地做到这一点？谢谢你的提示。

代码：

from rdkit import Chem

myPattern = 'c1ccc2c(c1)c3ccccc3[nH]2'          # Carbazole
myMolecule = 'C1=CC=C2C(=C1)C3=CC=CC=C3N2'      # Carbazole

m = Chem.MolFromSmiles(myMolecule)
p = Chem.MolFromSmiles(myPattern)

print(m == p)                    # returns False, first (unsuccessful) attempt to check for identity

print(m.HasSubstructMatch(p))    # returns True
print(p.HasSubstructMatch(m))    # returns True
print(m.HasSubstructMatch(p) and p.HasSubstructMatch(m))    # returns True, so are the molecules identical?

有没有办法使用 RDKit 或其他 python 模块将 SMILES 转换为化学名称或 IUPAC 名称？

我在其他帖子中找不到非常有用的东西。

非常感谢！

是否存在将图（或邻接矩阵）转换为SMILES字符串的方法或程序包？

例如，我知道原子是[6 6 7 6 6 6 6 8] ([C C N C C C C O])，邻接矩阵是

[[ 0.,  1.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],

 [ 1.,  0.,  2.,  0.,  0.,  0.,  0.,  1.],

 [ 0.,  2.,  0.,  1.,  0.,  0.,  0.,  0.],

 [ 0.,  0.,  1.,  0.,  1.,  0.,  0.,  0.],

 [ 0.,  0.,  0.,  1.,  0.,  1.,  0.,  0.],

 [ 0.,  0.,  0.,  0.,  1.,  0.,  1.,  1.],

 [ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  1., …

我正在尝试为RDKit构建C＃包装程序，但一直在努力取得进展。我尝试了两条路线：

nb这个问题漫长而无益。长话短说，使用NuGet（请参见下面的答案）。

尝试一次

RDKit中的文档/ Code / JavaWrappers / csharp_wrapper

第一个位于https://github.com/rdkit/rdkit中。

在./Code/JavaWrappers/csharp_wrapper中有带有构建说明的C＃包装器，位于：https : //github.com/rdkit/rdkit/tree/master/Code/JavaWrappers/csharp_wrapper

我第一次尝试编译包装程序包括手动尝试构建这些包装程序。遵循此自述文件：https : //github.com/rdkit/rdkit/blob/master/Code/JavaWrappers/csharp_wrapper/README

在Windows上构建：

由于cmake对C＃一无所知，因此其中涉及到一个不幸的手动步骤。

• 确保将cmake配置变量RDK_BUILD_SWIG_CSHARP_WRAPPER设置为ON。
• 运行cmake生成解决方案文件，然后在Visual Studio中打开它。
• 选择添加现有项目并添加$ RDBASE / Code / JavaWrappers / csharp_wrapper / RDKit2DotNet.csproj的选项
• 右键单击添加的项目（名为RDKit2DotNet），并向RDKFuncs添加依赖项（这是创建C＃项目所需的C ++ dll的项目）
• 生成RDKit2DotNet项目。

您的bin目录（$ RDBASE / Code / JavaWrappers / csharp_wrapper / bin / Release，如果您执行发行版本）现在包含两个DLL：-RDKFuncs.dll是包含RDKit功能的C ++ dll-RDKit2DotNet.dll包含C＃包装器。若要在自己的项目中使用包装程序，应将两个dll复制到项目目录中，并添加对RDKit2DotNet.dll的引用

RDKitCSharpTest目录包含一个示例测试项目和一些代码，这些代码非常基本地使用了包装器功能。

为了cmake运行，我更新了CMakeLists.txt，告诉它如何查找swig并进行RDK_BUILD_SWIG_CSHARP_WRAPPER ON如下设置：

cmake_minimum_required(VERSION 3.14)
project (GraphMolCSharp)

set(SWIG_FOUND TRUE) # This has been added
set(SWIG_DIR ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}) # This has been added
set(SWIG_EXECUTABLE swig.exe) …

我正在尝试使用 pip3 安装 rdkit。但它不起作用。

sudo pip3 install rdkit
Error:  Could not find a version that satisfies the requirement rdkit (from versions: )
No matching distribution found for rdkit

conda 显然只有一种选择

conda install -c rdkit rdkit

如何使用 pip 安装它？谢谢

我不知道如何解决以下问题。直到今天，我一直在使用以下代码片段在 Google Colab 中安装 RDKit：

!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

然而，今天我开始收到以下错误：

---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-d24c24e2d1f9> in <module>()
----> 1 from rdkit import Chem
      2 import networkx as nx

ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'

我尝试使用完整的 Anaconda 发行版而不是 Miniconda，并将 python 版本更改为 3.6 和 3.8，但似乎没有任何效果。

我正在 Jupyter 中使用 IPython.display 显示分子图像。

图像的分辨率相当低。有没有办法指定显示图像的宽度和高度及其分辨率？我用谷歌搜索但找不到任何东西。我所需要的只是这样的：

display(moleSmilemol, format='svg', width=1000, height=1000)

任何指示将不胜感激。

更新：我可以添加自定义CSS，这会破坏生成的图片，但它的质量仍然很低。我也有兴趣提高图片的质量和尺寸。所以需要比 CSS 更深层次的东西。