我在markdown中创建了一个报告,并使用该函数render()将代码编译成PDF.它在一个月前工作正常,但是当我现在运行代码时,它给了我一个错误:

Latexmk:这是Latexmk,John Collins,2016年4月22日,版本:4.45.创建输出:output/Medborgerskabstabeller99.pdf

tools :: file_path_as_absolute(output_file)出错:文件'output/Medborgerskabstabeller99.pdf'不存在

我用来创建PDF的渲染命令如下所示:

outfile <- file.path("output",paste0("Medborgerskabstabeller99"))
render(input = "Medborgerskabstabeller.Rmd",
       encoding = "UTF-8",
       output_file = paste0(outfile,".pdf"))

首先,代码工作时没有出现"Latexmk"消息.

其次,我不知道为什么它说"Medborgerskabstabeller99.pdf"不存在,当它上面说它刚刚创建了文件时.

任何关于这个问题的建议都将受到高度赞赏!

这是我的RMarkdown文件的代码:

```{r echo=FALSE, message=FALSE}
opts_chunk$set(comment = NA, echo=FALSE, message = FALSE, warnings = FALSE)
options("getSymbols.warning4.0"=FALSE)
Sys.setenv(TZ = "GMT")
library(quantmod)
library(xtable)
library(PerformanceAnalytics)
```

```{r}
getSymbols("^RUT")
chart.TimeSeries(RUT)
dev.off()
```

尽管设置message = FALSE, warnings = FALSE,我仍然得到输出消息在HTML文件中,当我运行getSymbols()和dev.off().他们各自的产出是:

[1] "RUT"

和

null device 
          1 

如何抑制这些消息？

我正在使用Rmarkdown和 Knitr使用Rstudio.

以下是打印脚本和输出到html.

```{r}
summary(cars)
```

但是以下只会打印输出,即嵌入图.

```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```

我的情况与上面不同,我想呈现脚本但不应该在html中运行,因为这将需要很长时间(小时,如果不是几天)来运行.所以我刚刚做了评论标志.

```{r}
#summary(cars)
```

但我需要一个更好的方法来做到这一点 - 有没有更好的方式呈现脚本而不运行它.

我最近打开了一个标准的Rmd文件而没有编辑任何内容.默认文件如下所示:

Untitled.rmd

---
title: "myfile"
author: "Me"
date: "May 25, 2015"
output: html_document
fontsize: 12pt
---

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code …

问题

有没有办法在闪亮的应用程序中插入(并评估)RMarkdown脚本.(注意,我不是在寻找在此处解释的RMarkdown中的闪亮应用程序,也不是在寻找闪亮的Markdown脚本(请参阅Shiny Gallery Markdown))

我正在构建一个包含文本,方程,代码块,图和交互元素的应用程序.为方便起见,我使用Markdown文件作为文本和方程式,并希望有时在两者之间(即在RMarkdown中写入大部分内容).由于闪亮的应用程序更复杂(我使用它shinydashboard包括许多独特的功能),我宁愿选择不使用第一个链接中描述的方法.

最小的工作示例是:

R-文件:

library(shiny)

ui <- shinyUI(
  fluidPage(
    includeMarkdown("RMarkdownFile.rmd")
  )
)
server <- function(input, output) {}

shinyApp(ui, server)

和"RMarkdownFile.rmd"在同一个文件夹中:

This is a text

$$ E(x) = 0 $$ 

```{r, eval = T}
plot(rnorm(100))
```

结果:

目标

如果我编织rmd-file,我想要的是输出:

具体来说,我想得到代码块的评估(绘制一些东西......),我想得到渲染的数学方程式.

有任何想法吗？

编辑解决方案

感谢@Bunk的输入,我选择使用该命令将所有rmd文件渲染到md文件,knit然后将md文件包含在闪亮的应用程序中(我使用markdown而不是html,因为后者产生了方程式的一些问题).最后,将includeMarkdown其包裹起来withMathJax以确保正确显示方程式.

最终代码如下所示:

library(shiny)
library(knitr)

rmdfiles <- c("RMarkdownFile.rmd")
sapply(rmdfiles, knit, quiet = T)

ui <- …

我确信我忽略了一些显而易见的东西,但我想kable用自定义css 制作我的桌子.

你可以在这里找到我RMD和CSS文件的要点 .

我的目标是利用我在这里找到的一些表CSS示例.

当我运行我的报告时,我的表看起来像这样:

但是从上面的CSS示例中,它应该如下图所示.

我的问题:我错过了什么,或者这种风格水平是不可能的RMarkdown.

我的RMD文件也显示如下:

---
title: "Test Table CSS"
output: 
  html_document:
    theme: NULL
    style: flat-table.css
---

I want to be able to style my tables with CSS. From the looks of it, I should be able to do that 
through the use of `CSS` and `knitr:kable`.  


```{r setup, echo=FALSE}
data(mtcars)
mt_head = head(mtcars[, 1:5])
```

I want to be able to …

我正在使用knitr来解析R Markdown文档.是否有办法根据我传入knitr的环境中的变量有条件地显示R Markdown中的文本块？

例如,类似于:

`r if(show.text) {`
  la la la
`r }`

如果show.text是真的,将在生成的文档中打印"la la la" .

我是Knitr的新手.我正在尝试使用r块进行报告,我无法弄清楚如何使用标题和标签来引用该图.这是我想做的一个例子:

---
title: "Plotting"

author: "xx"

date: '2015-08-10'

output: pdf_document
---
```{r figs, echo=FALSE, fig.width=7,fig.height=6,fig.cap="plotting example"}

    par(mfrow=c(2,2))
    plot(1:10, col=2)
    plot(density(runif(100, 0.0, 1.0)))
    plot(runif(100, 0.0, 1.0),type="l")
```

in Figure \ref{fig:figs} we see examples of plotting in R.

我想有一个标题"绘图示例",并有一个标签,所以我可以在文本中使用Figure\ref {fig.label}.我试过fig.cap和fig.lp,它们都没有用.如果有人可以提供帮助,我将不胜感激.

有没有办法在R Markdown文档中为单个块提供代码折叠,而不是其他(不编写自定义JavaScript)？

我知道我可以使用code_foldingYAML选项,但这适用于整个文档.我想为单个块启用它,但不是所有块.

[原因是编写一个实验室,其中包含不应隐藏的说明,但有问题显示/隐藏解决方案.]

我正在写一篇关于R Markdown的文档,当我编写PDF文档时,我希望在每个页面都包含一个页脚.有没有人知道如何做到这一点？