在 rstudio 中使用 R markdown 编织为 pdf 时出现错误。Knit 到 html 的工作没有问题。

我收到的错误是：

Output created: PA1_template.pdf
Error in tools::file_path_as_absolute(output_file) : 
  file 'PA1_template.pdf' does not exist
Calls: <Anonymous> -> <Anonymous>
In addition: Warning messages:
1: running command '"pdflatex" -halt-on-error -interaction=batchmode     "PA1_template.tex"' had status 1 
2: In readLines(logfile) :
  incomplete final line found on 'PA1_template.log'
Execution halted

任何有关如何解决该问题的帮助将不胜感激。

詹姆士

在我的 rmarkdown 文档中，我想并排包含绘图以节省空间。例如，我想包括：

plot(rnorm(100))
hist(runif(100))

或者

plot(rnorm(100))
hist(runif(100))

我真的不在乎两个子图是否有一个标题或每个子图都有一个标题。我只是想并排包含图形并有一些方法来引用它们（图 1 等）。有人有建议吗？我的标题中有这个：

标头包含： - \usepackage{subfig}

当我的块中没有“fig.show='hold'”时，我的所有标题都工作正常，但我的图不会并排显示。当我添加 Fig.show='hold' 时，布局看起来很棒，但标题消失了。

我在rmd使用\label{}和\eqref{}组合时通常会参考方程。（我知道\@ref，但这似乎只适用于bookdown::pdf_document或bookdown::html_document）例如，

---
title: "Untitled"
author: "Blended"
date: '2019 3 14 '
output:
  html_document: default
  pdf_document: default
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(comment = "#>")
```

\begin{equation} \label{eq:test}
  Y_i = \beta_0 + \beta_1 x_i + \epsilon_i
\end{equation}

Equation $\eqref{eq:test}$ works in PDF, but does not works in HTML.

这在文档中效果很好pdf。

然而，在渲染时html，它给出的(???)是 ，而不是(1)：

我认为这与这个问题有关：在 Markdown -> HTML conversion 中支持 LaTeX 环境，即 MathJax …

我想在我的 .Rmd bookdown 文件中包含 LaTeX 环境（例如， algorithmicfrom algorithmicx、minifrom optidef、dcasesfrom等）。mathtools这对于 pdf 输出来说没有问题。但这些不会呈现 html 或 docx 输出。

我当前的黑客解决方案：

1. 生成 .pdf 输出。
2. 屏幕截图、编辑、将感兴趣的图像保存为 png
3. 包含图像的条件是输出不是 LaTeX

缺点：

1. 显然无法扩展
2. docx 和 html 输出中的图像很难看
3. 带图交叉参考的螺钉

必须有更好的方法，对吗？我在想有一种方法可以告诉 rmarkdown/LaTeX，当渲染为 pdf 时，某些代码块应该以某种图像格式保存。这样，它们就可以作为图像添加回文档中，条件是输出文档是 docx 或 html。这可能吗？

更新：对 TikZ 独立图的回答提出了一种涉及 LaTeXstandalone包的方法。但不幸的是，人们发现它不能与独立的算法一起工作，这不适用于该algorithm环境。有任何想法吗？

索引.Rmd

---
title: "Bookdown"
header-includes:
  - \usepackage{float}
  - \floatplacement{figure}{!htb}
  - \usepackage{algorithm}
  - \usepackage{algpseudocode}
output: 
  bookdown::gitbook:
    split_by: none
  bookdown::pdf_book:
    fig_caption: yes
    keep_tex: yes …

我正在 Rmarkdown 中写一篇论文，并使用它bookdown::html_document2来编织输出。交叉引用图形和表格使用常见的 Bookdown 语法，例如\@ref(tab:example_table)。但是，交叉引用章节/标题不起作用：\@ref(introduction)不起作用。我最终会发现??这很奇怪，因为链接指向正确的标签：/example_path/example_filename.html#introduction。我正在处理一个文档。

我检查了源代码，章节标题的标签 ID 也正确。当我使用 Pandoc 的本机语法引用章节部分/标题时，它确实有效：[introduction]works。但是，这将打印介绍部分/标题的标签，而不是标题本身，因此“介绍”而不是带有大写“I”的“介绍”。一个明显的解决方法是使用[Introduction][introduction]，但这在我的例子中违背了交叉引用的目的。我还尝试给我的章节部分/标题自定义标签，但这也行不通。它也不适用于bookdown::pdf_document2.

根据“使用 R Markdown 创作书籍”的这一部分，我使用的语法应该有效，那么我在这里缺少什么？

我正在使用 Pandoc 版本2.7.3。

编辑：

删除了会话信息，因为它与问题无关。

编辑：

@RalfStubner 请求了一个 mre（我应该首先提供 - 感谢 Ralf 的建议！）：

---
title: "Document Title"
author: "Jono3030"
date: "Last updated: `r Sys.time()`"
output:
  bookdown::html_document2:
    number_sections: no
  bookdown::pdf_document2:
    keep_tex: no
    number_sections: no
  bookdown::word_document2: default
---

# Introduction

This is the introduction

# Chapter_one …

在 ioslides 中，您可以通过按“w”使幻灯片宽屏。css 或 yaml 标头中是否有任何设置可以使宽屏成为默认设置？

我正在使用特定于我的大学论文格式要求的文档类模板。这是一个学生几年前制作的，大学不维护它。制作模板的人没有附录（或者自从几年前制作以来附录格式已经改变），因为当我尝试制作附录时，格式不符合当前的格式要求。制作附录的标准方法不起作用，我在许多其他问题/帖子/博客/等中找到的许多建议也不起作用。

我正在使用 Rmarkdown 并通过 Sweave 从 .Rnw 文件编译 PDF。

以下是现有模板生成的内容。我提供了两个版本，一个版本的 \chapter{} 为空，另一个版本使用 \chapter{Appendices}。

我需要的是使目录看起来像：

Appendices                                                     128 

  Appendix A The CATE as a ratio of covariances .............. 128
  Appendix B CATE in Morgan and Winship (2014) ............... 130
  Appendix C Data-Generating Syntax .......................... 132
  Appendix D Estimator Syntax ................................ 136

我需要文本以“附录 A”开头，在页面顶部居中并对齐（对于其他附录也是如此）。我不能将“附录”作为标题 - 它需要直接跳转到显示各个附录名称。

我已经粘贴了文档类模板中我认为相关的部分。如果我没有包含一些重要信息，请告诉我，我将编辑我的问题以包含该信息。

% table of contents configuration
\RequirePackage[nottoc]{tocbibind}
\RequirePackage{tocloft}
\renewcommand{\contentsname}{Table of Contents} % default: Contents
\renewcommand{\cftdotsep}{0.25} % default: 4.5
% Prefix chapter numbers with "Chapter " and add …

我在 R markdown 文档中有以下代码行。变量 uplift_all 和 bench 是预先确定的。该行应该测试 uplift_all 是否大于 bench，如果是，我想以绿色字体显示 uplift_all 的值，如果不是，我想以红色字体显示。谁能建议我如何修改代码以使字体颜色按需要显示？

<font size="15">***`r if(uplift_all > bench){ uplift_all} else{ uplift_all}` %***</font>

我试图在 RMarkdown 中弄清楚如何在某些单词下划线。如果我要编织 HTML，我可以这样做：

<u>These words are underlined</u>

在这种情况下效果很好。但当我在 Microsoft Word 中编织时，下划线不会保留。我不认为对 RMarkdown 进行了任何更改来本地执行此操作，例如粗体和斜体的命令。有什么建议么？

谢谢

我无法用闪亮的方式编译任何 .Rmd 文档。例如，这个五行文档（或任何文档，例如使用 File->New File -> R Markdown ... 创建的文档：Shiny Document）

---\ntitle: "Untitled"\noutput: flexdashboard::flex_dashboard\nruntime: shiny\n---\nEnd of my very short document.\n

当我单击“运行文档”按钮时出现此错误：

==> rmarkdown::run(\'/home/gxd/R-codes/lesson10/tmp.Rmd\', shiny_args = list(launch.browser = FALSE), auto_reload = FALSE, dir = \'/home/gxd/R-codes/lesson10\',  render_args = list(encoding = \'UTF-8\'));\nError in yaml::yaml.load(..., eval.expr = TRUE) : \n  Scanner error: while scanning a quoted scalar at line 2, column 8 found unexpected end of stream at line 8, column 15\nCalls: <Anonymous> ... parse_yaml_front_matter -> yaml_load -> <Anonymous>\nExecution halted\n