标签: qiime

从文件中的每个其他行中删除前15个字符

我有一些看起来像这样的txt文件(它们包含DNA序列和样本代码):

>SRR1502445.1
GACTACACGTAGTATACGAGTGCGTTCCTGCGCTTATTGATATGCTTAAGTTCAGCGGGTAGTCTCACCCGATTTGAGGTCAAGGTTTGTGGGTCGAGTCACAACTCGAACATCGTCTTTGTACAAAGACGGTTGGAAGCGGGTTCCAAGGCAACACAGGGGGATAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>SRR1502445.2
GACTACACGTAGTATACGAGTGCGTTCCTGCGCTTATTGATATGCTTAAGTTCAGCGGGTAGTCTCACCCGATTTGAGGTCAAGGTTTGTGGGTCGAGTCACAACTCGAACATCGTCTTTGTACAAGACGGTTGGAAGCGGGTTCCAAGGCACACAGGGGATAGGNNN
>SRR1502445.3
GACTACACGTAGTATACGAGTGCGTTCCTGCGCTTATTGATATGCTTAAGTTCAGCGGGTAGTCTCACCCGATTTGAGGTCAAGGTTTGTGGGTCGAGTCACAACTCGAACATCGTCTTTGTACAAAGACGGTTGGAAGCGGGTTCCAAGGCACACAGGGGATAGGNNN
>SRR1502445.4
GACTACACGTAGTATACGAGTGCGTTCCTGCGCTTATTGATATGCTTAAGTTCAGCGGGTAGTCTCACCCGATTTGAGGTCAAGGTTTGTGGGTCGAGTCACAACTCGAACATCGTCTTTGTACAAAGACGGTTGGAAGCGGGTTCCAAGGCACACAGGGGATAGGNNNNNNNNNNN
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

我想删除文件中每隔一行的前15个字符.这将从GACTACACGTAGTAT第二行,第四行,第六行,第八行(等)中删除字符串.

例如,cut命令可以删除每行的前15个字符:

cut -c 1-15 /path/to/file.txt
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

从第二行开始,我只想申请其他每一行.

unix bash terminal bioinformatics qiime

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bash: python: .py: 命令未找到

我正在尝试QIIME2 virtual machine在 macbook 上运行以下命令,但代码不起作用

validate_mapping_file.py -m Fasting_Map.txt -o mapping_output
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

这是链接:http : //qiime.org/tutorials/tutorial.html

我收到以下消息

bash:validate_mapping_file.py:找不到命令

unix/linuxqiime. 我将非常感谢您的帮助...

python bash qiime

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