标签: publishdir

Nextflow:如何将输出(多个文件)从publishdir传递到下一个进程?

我有一个进程生成两个我感兴趣的文件,hitsort.cls 和 contigs.fasta。我使用publishdir输出这些:

process RUN_RE {
    publishDir "$baseDir/RE_output", mode: 'copy'
  
    input:
    file 'interleaved.fq'

    output:
    file "${params.RE_run}/seqclust/clustering/hitsort.cls"
    file "${params.RE_run}/contigs.fasta"

    script:
    """
    some_code

    """

  }
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

现在,我需要这两个文件作为另一个进程的输入,但我不知道该怎么做。

我尝试过调用这个过程

NEXT_PROCESS(params.hitsort, params.contigs)
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

同时将输入指定为:

process NEXT_PROCESS {
  
    input:
    path hitsort
    path contigs
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

但它不起作用,因为只使用基本名称而不是完整路径。基本上我想要的是等待 RUN_RE 完成,然后使用它输出的两个文件进行下一个进程。

process nextflow publishdir

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