标签: openslide

我正在使用openslide-python打开svs图像,我遇到了以下问题:

>> import openslide as osi
>> a = osi.OpenSlide('image.svs')

产生错误

TIFFReadDirectory: Warning, Unknown field with tag 347 (0x15b) encountered.
image.svs: JPEG compression support is not configured.
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/home/manan/anaconda/lib/python2.7/site-packages/openslide/__init__.py", line 154, in __init__
    self._osr = lowlevel.open(filename)
  File "/home/manan/anaconda/lib/python2.7/site-packages/openslide/lowlevel.py", line 178, in _check_open
    raise OpenSlideError(err)
openslide.lowlevel.OpenSlideError: Unsupported TIFF compression: 7

我无法在网上找到任何解决方案; 我已检查过libopenjpeg任何其他相关库,以确保它们处于最新版本.

我正在尝试使用 openslide 的 python 绑定（http://openslide.org/download/），并且尝试了几乎所有的东西，但都没有成功import openslide使用 Python 2.7。这是我的错误信息：

    >>> import openslide
    Traceback (most recent call last):
    File "<stdin>", line 1, in <module>
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/openslide/__init__.py", line 29, in <module>
    from openslide import lowlevel
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/openslide/lowlevel.py", line 52, in <module>
    raise ImportError("Couldn't locate OpenSlide library")
    ImportError: Couldn't locate OpenSlide library

我已经pip install openslide-python成功了，看起来它正在被包/openslide 中的第 29 行和第 52 行的识别所识别。

有关如何进行的任何建议？

我用conda创建了一个虚拟环境，并安装了open slip。我激活了环境，但是当我尝试运行 Python 脚本时，出现错误：

import openslide
ModuleNotFoundError: No module named 'openslide'

我用的是python3。知道可能出什么问题吗？

我使用 conda 安装了该包。conda env create -f environment.yml。文件看起来像

name: myenv
channels:
  - defaults
  - conda-forge
  - bioconda
dependencies:
  - python=3.6.3
  - openslide

我正在尝试使用概率值为整个幻灯片图像（WSI）生成热图或概率图。我有坐标点（确定 WSI 上的区域）和相应的概率值。

WSI 基本介绍： WSI 尺寸很大（几乎 100000 x 100000 像素）。因此，无法使用普通图像查看器打开这些图像。WSI 使用OpenSlide 软件进行处理。

我之前在 Stack Overflow 上看到过与热图相关的帖子，但由于 WSI 的处理方式不同，我无法弄清楚如何应用这些解决方案。我遵循的一些例子：1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11等。

我正在使用openslide包的python API来读取一些ndpi文件。当我使用read_region函数时，有时它会返回一个奇怪的图像。可能发生了什么问题？

我已尝试阅读完整图像，效果会很好。因此，我认为原始文件没有问题。

from openslide import OpenSlide
import cv2
import numpy as np

slide = OpenSlide('/Users/xiaoying/django/ndpi-rest-api/slide/read/21814102D-PAS - 2018-05-28 17.18.24.ndpi')
image = slide.read_region((1, 0),6, (780, 960))
image.save('image1.png')

输出是奇怪的输出

我试图以正确的顺序组合图块，以便它们最终成为相同的整个幻灯片图像（.svs 文件）。

根据以下函数从文件路径读取 .svs 文件：

def open_slide(filepath = None):
    try:
        slide = openslide.open_slide(filepath)
       
    except OpenSlideError as o:
        print("Error" + str(o))
        
        slide = None
    except FileNotFoundError as f:
        print("Error" +  str(f))
        slide = None
    return slide

在下图中，我尝试合并使用 openslide-python 的 DeepZoom 生成器获得的图块（请参阅下面的代码片段）

def create_tile_generator(slide, tile_size, overlap):
     gen = DeepZoomGenerator(slide, tile_size=tile_size, overlap=overlap, limit_bounds=False)

这就是我将 .svs 拆分为图块的方法：

def split_wsi_to_tiles(wsi_path = None):
    print("splitting wsi into tiles")
    tile_indices = process_slide(slide_num = SLIDE_NUM , filepath= wsi_path, tile_size = TILE_SIZE, overlap = OVERLAP)
    i = 0
    tile_indices_savepath  = …

import openslide从python终端内部运行时收到以下错误

<code>Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "C:\dev_res\python\python2_713\lib\site-packages\openslide\__init__.py", line 29, in <module>
    from openslide import lowlevel
  File "C:\dev_res\python\python2_713\lib\site-packages\openslide\lowlevel.py", line 41, in <module>
    _lib = cdll.LoadLibrary('libopenslide-0.dll')
  File "C:\dev_res\python\python2_713\lib\ctypes\__init__.py", line 440, in LoadLibrary
    return self._dlltype(name)
  File "C:\dev_res\python\python2_713\lib\ctypes\__init__.py", line 362, in __init__
    self._handle = _dlopen(self._name, mode)
WindowsError: [Error 127] The specified procedure could not be found
</code>

我的操作系统是Windows 64位，我正在使用Python 2.7.13（64位）。我安装了OpenSlide二进制文件（2016-7-17 64位版本），并将相应的bin文件夹添加到了我的系统路径中。然后，我使用pip安装了python-openslide。请注意，此错误与Windows二进制文件尚未添加到系统路径时发生的错误WindowsError: [Error 126] The specified module could not be found（请参阅问题）不同。

使用Python …