标签: medical

需要DICOM数据集进行3D渲染

我很难找到用于3D渲染的DICOM数据集.

请注意,我不想从不同的角度看DICOM图像或一组DICOM图像.

相反,我想要DICOM图像进行3D渲染.

我唯一能够得到我需要的地方是:http://members.tripod.com/~clunis_immensus/free3d/sample_data.htm

我在此页面找到了链接:http://www.researchpipeline.com/mediawiki/index.php?title = Sample_DICOM_images

另一个强烈推荐的链接(http://pubimage.hcuge.ch:8080/)在同一页面上无法打开.您可以看到具有丰富数据集的缓存页面.这个链接有替代方案吗?

medical dataset dicom

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用于医疗诊断和数据挖掘的开源项目

我正在寻找一些医学疾病诊断的OS java引擎.这些是引起用户描述患者症状的查询输入的引擎,并且引擎应根据输入症状返回潜在疾病的建议.

这样的引擎存在于某个地方吗?如果存在一些,我更喜欢这个领域的Java OS引擎.有什么建议或想法吗?

谢谢

java open-source artificial-intelligence medical data-mining

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RXNORM到SNOMED映射

我们的医疗系统中列出了药物.它们映射到RxNorm ID.

我们想迁移到Snomed.有没有办法将RxNorm ID与Snomed概念ID相匹配?也许有一个带链接的数据库?还是服务?

medical snomed-ct

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DICOM实例编号沿着什么方向发展?

通过方向,我的意思是例如从患者的头部到底部或从他的底部到头部.我到目前为止看到的CHEST CT扫描表明,Instance Number 1切片通常是从身体上部向下的第一个切片,但我不知道这是否是标准的一部分或者我应该有其他一些标签检查确定.

medical dicom itk simpleitk

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如何在matlab上阅读dicom文件?

我有一个大小为256*256*3的dicom文件.但是,当我在matlab中使用dicomread命令读取此文件时,dicom文件的大小为256*256?如何解决这个问题?

`close all;
clear all;
clear all;
%here we are reading the image and adding noise into that image.
sigma = 25;% standard deviation
P ='C:\Users\kitty\Dropbox\denoise_ksvd\ADNI';
D=dir(fullfile(P,'*.dcm'));
C=cell(size(D));
for k=1:numel(D)
    C=dicomread(fullfile(P,D(k).name));
   IMin0(:,k)=C(:);
end `
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matlab image-processing medical dicom

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如何计算体素大小?

提供来自 DICOM 标头的以下信息,如何计算体素大小的第三个值?我假设前两个值是 0.515625 和 0.515625。

BitsAllocated: "16"
BitsStored: "12"
Columns: 512
HighBit: "11"
ImageOrientation: "1\0\0\0\-1\0"
ImagePosition: "-144\-34.7242241\925.599976"
ImageType: "ORIGINAL\PRIMARY\AXIAL\HELIX"
InstanceNumber: "456"
Modality: "CT"
PhotometricInterpretation: "MONOCHROME2"
PixelRepresentation: "0"
PixelSpacing: "0.515625\0.515625"
RescaleIntercept: "1"
Rows: 512
SamplesPerPixel: "1"
SeriesDescription: "CERVEAU SANS IV"
SeriesNumber: "3"
SliceThickness: "1.50"
WindowCenter: "00040\00040"
WindowWidth: "00120\00120"
imagesFormat: "jpg"
modality: "CT"
name: "soft tissue"
nodeId: "557621"
pixelHeight: "0.515625"
pixelWidth: "0.515625"
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

注意:我收到的是 JPEG 图像堆栈,而不是 DICOM,并且它带有一个包含我在上面发布的值的文件。如果需要,我可以返回并询问文件中的其他信息。

medical dicom medical-imaging

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在dplyr中的ifelse花费更长的时间来执行

我正在处理医疗索赔数据,数据文件如下所示

claim_id  status
abc123    P
abc123    R
xyz374    P
xyz386    R
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

我想创建一个新列作为标志,它基本上将由claim_id分组,并且如果相同的claim_id的状态包括"P"和"R".标志栏应包含"是"

claim_id  status  flag
abc123    P       Yes
abc123    R       Yes
xyz374    P       No
xyz386    R       No
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

我对这个解决方案的方法是使用dplyr: -

data <-data1 %>% 
   group_by(claim_id)%>% 
   mutate(flag = ifelse(any(status == "P" | status == "R"), 
                            "Yes", 
                             as.character(status)))
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

此方法需要较长时间,并且还会在标志列中将所有行标记为"是".

r medical

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SimpleITK,无需加载图像数组即可读取元数据

我正在使用 SimpleITK 来读取 MetaImage 数据。

有时我只需要访问元数据(它存储在一个 key=value .mhd 文件中),但我发现这样做的唯一方法是调用ReadImage它,因为它将整个数组加载到内存中时非常慢。

import SimpleITK as sitk

mhd = sitk.ReadImage(filename)
origin = mhd.GetOrigin()
spacing = mhd.GetSpacing()
direction = mhd.GetDirection()
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

有没有办法在不加载完整图像的情况下访问原点间距和方向?

python medical simpleitk

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如何计算nifti医学图像单个体素的体积?

我已经使用 nibabel 工具加载了 nifti 图像文件,并且使用了一些属性。\n但我不知道\xe2\x80\x99t 不知道如何计算单个体素的体积(以 mm\xc2\xb3 为单位)。

\n

volume medical voxel nifti nibabel

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CT投影(距离驱动)算子实现?

我正在尝试使用MATLAB来实现CT(计算机断层扫描)投影算子A,我认为它经常被称为"系统矩阵".

基本上,对于N×N图像M,投影数据P可以通过将项目操作符与图像相乘来获得:

P = AM

并且可以通过将投影算子的(共轭)转置乘以投影数据来执行反投影过程:

M = A'P

任何人都有关于如何实现矩阵A的任何想法/示例/示例代码(例如:Radon变换)?我真的想从一个小尺寸的矩阵开始,比如8 x 8或16 x 16,如果可能的话.

我的问题是:如何实现投影算子,这样通过将运算符与图像相乘,我可以得到投影,并通过将运算符的(共轭)转置与投影相乘,我可以得到原始图像.

编辑:

特别是,我想实现距离驱动的投影仪,在这种情况下,光束轨迹(平行,风扇等)无关紧要.非常简单的例子(MATLAB首选)对我来说是最好的.

matlab projection image-processing medical tomography-reconstruction

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