标签: ipython-notebook

我有一个 Jupyter 笔记本（python3），它是一个批处理作业——它使用%run. 我想从我的批次中调用第四个 Jupyter R-kernel 笔记本。

有没有办法在 Jupyter/iPython 中从 Python 笔记本执行外部 R 笔记本？

当前设置：

run_all.ipynb：（python3内核）

%run '1_py3.ipynb'
%run '2_py3.ipynb'
%run '3_py3.ipynb'
%run '4_R.ipynb'

三个 python3 notebook 运行正常。R 笔记本在 Jupyter 中单独打开时可以正常运行——但是在使用%runfrom调用时它会失败run_all.ipynb。它被解释为python，并且单元格在第一行给出了python错误：

cacheDir <- "caches"

Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

类型错误：一元的错误操作数类型 -：'str'

我对从 python 笔记本运行单独的 R 笔记本的任何解决方案感兴趣——Jupyter magic、shell、python 库等等。我也对解决方法感兴趣——例如，即使无法从 python3 笔记本内部完成，也可以运行所有四个笔记本（python3 和 R）的方法（如 shell 脚本）。

（注意：我已经了解如何嵌入%%R单元格中。这不是我想要做的。我想调用一个完整的独立 R 笔记本。）

我维护一个Github存储库,目前有两个ipython笔记本文件.我的存储库在这里:

https://github.com/tschm/MosekRegression

当我尝试使用nbviewer打开这些文件时,例如使用

nbviewer.ipython.org

和插入

http://nbviewer.ipython.org/urls/github.com/tschm/MosekRegression/blob/master/Data.ipynb

我得到400 Bad Request Error.当我将其作为Gist提供时,该文件很好用.第一项研究似乎表明这是一个许可问题？我打赌我在这里做些蠢事......

非常感谢

托马斯

为"我无法让它工作"的问题提前道歉:我应该如何将.py文件加载到ipython笔记本中？我想将python代码转换为笔记本(第一个简单的脚本和后来的脚本,其中包含作为注释嵌入的nbconvert指令- 请参阅链接文件的底部.)

也许我做错了,但也许我的设置出了问题.当我将.py文件拖到Notebook的文件列表时,我收到了消息

文件类型无效:上载的笔记本必须是.ipynb文件.

我甚至尝试将扩展名更改为.ipynb(保持python脚本不被修改); 合理的,我收到了一个错误:

加载笔记本时出错:错误请求

知道出了什么问题吗？

系统信息:我在OS X(10.8,Mountain Lion)上,使用Firefox 28.0和Anaconda 1.9.2(x86_64),它提供python 2.7.6和ipython 2.0.Anaconda不是默认的PATH; 我将它添加到一个bash会话中,然后从中启动笔记本ipython notebook,我可以.ipynb在浏览器中正常打开和编辑文件.

但我确实得到了一些奇怪的行为: 当从笔记本导出为.py文件时,我没有在这里记录控制注释,但是更简单的格式,没有版本号:

# coding: utf-8

# In[ ]:

print "This is a slide"

## Top-level title 

### Second-level heading 

#### Third-level heading

# This is some `markdown` text. 
# 
# And some more here.

知道这里发生了什么吗？

生成相同的格式ipython nbconvert.但是,如果我启动笔记本服务器ipython notebook …

我在Firefox的iPython笔记本上运行了很长的脚本很长一段时间.我回来了,似乎已经挂了,所以我把它保存起来并关上了.

当我重新打开脚本时,弹出一个对话框,出现以下错误:

警告:无响应的脚本

此页面上的脚本可能正忙,或者堆栈溢出可能已停止响应.您可以立即停止脚本,在调试器中打开脚本,或让脚本继续.

选项包括"继续","停止脚本"和"调试脚本".单击其中任何一个导致相同的结果,对话框消失,iPython笔记本无响应(例如,ctrl + enter在当前单元格中创建换行符而不是执行它).

最糟糕的是,脚本底部的单元格似乎已被切断.它们包含一些看似已经消失的有价值的代码,这是一个非常糟糕的结果!

我试过回滚,但最后一个回滚点也显示了底部切断.这里的任何支持非常感谢!

当我尝试加载ipython笔记本时出现此非常奇怪的错误。以前从未有过，而且我无法回忆，记得对ipython做过任何愚蠢的事情：

Unreadable Notebook: /path/to/notebooks/results.ipynb NotJSONError('Notebook does not appear to be JSON: u\'{\\n "cells": [\\n  {\\n   "cell_type": "...',)

其次是

400 GET /api/contents/results.ipynb?type=notebook&_=1440010858974 (127.0.0.1) 36.17ms referer=http://localhost:8888/notebooks/results.ipynb

我在文件中定义了许多模块,并添加from myFile import *到我的ipython笔记本的第一行,以便我可以将它用作此笔记本中其他部分的依赖项.

目前我的工作流程是:

1. 修改 myFile
2. 重启Ipython内核
3. 重新运行Ipython中的所有代码.

有谁知道是否有办法重新加载所有模块myFile而无需重启Ipython内核？谢谢!

我是jupyter笔记本的新手,我试图运行一个简单的代码,它不起作用.

我输入print(1)并点击ctrl + enter,然后出现星号标记,那就是它.控制台中也有一个闪烁的"连接".

命令窗口如下所示:

任何关于此的提示都将受到高度赞赏.谢谢

我最近从IPython 5.x升级到6.0 condo update ipython.但是,我在内核中遇到了崩溃:

Traceback (most recent call last):
  File "//anaconda/lib/python3.5/runpy.py", line 170, in _run_module_as_main
    "__main__", mod_spec)
  File "//anaconda/lib/python3.5/runpy.py", line 85, in _run_code
    exec(code, run_globals)
  File "//anaconda/lib/python3.5/site-packages/ipykernel/__main__.py", line 2, in <module>
    from ipykernel import kernelapp as app
  File "//anaconda/lib/python3.5/site-packages/ipykernel/kernelapp.py", line 37, in <module>
    from .ipkernel import IPythonKernel
  File "//anaconda/lib/python3.5/site-packages/ipykernel/ipkernel.py", line 15, in <module>
    from .zmqshell import ZMQInteractiveShell
  File "//anaconda/lib/python3.5/site-packages/ipykernel/zmqshell.py", line 46, in <module>
    from IPython.utils.warn import error
ImportError: No module named 'IPython.utils.warn'
[I 18:35:28.928 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel …

我的问题类似于这里的问题。我的Jupyter笔记本电脑中有一个牢房，可以运行很长时间。我想运行下一个单元格（变量不依赖于上一个单元格）以及上一个单元格。我不是要在CPU上进行多处理或共享作业。我要同时运行多个单元格的内容。默认情况下，它们按顺序运行。

就像运行两个不同的笔记本一样，但是为了连续性和共享对象，我想在同一笔记本的多个单元中运行变量。

我使用Jupyter笔记本创建并保存了一个笔记本.然后我开始创建这个笔记本的github要点.但是,笔记本没有在要点中呈现.我只能看到原始代码.我在下面列出了我的要点的链接:

https://gist.github.com/adikamath/26ae33d4fd613d716cdf01697130e675

我知道GitHub从一段时间以来就为ipnyb提供了高级支持,而且我不必使用像nbviewer这样的服务来查看它.任何帮助表示赞赏.