标签: heatmaply

我正在按照这个例子说明如何用带有R's的树状图创建聚簇热图plotly.这是一个例子:

library(ggplot2)
library(ggdendro)
library(plotly)

#dendogram data
x <- as.matrix(scale(mtcars))
dd.col <- as.dendrogram(hclust(dist(x)))
dd.row <- as.dendrogram(hclust(dist(t(x))))
dx <- dendro_data(dd.row)
dy <- dendro_data(dd.col)

# helper function for creating dendograms
ggdend <- function(df) {
  ggplot() +
    geom_segment(data = df, aes(x=x, y=y, xend=xend, yend=yend)) +
    labs(x = "", y = "") + theme_minimal() +
    theme(axis.text = element_blank(), axis.ticks = element_blank(),
          panel.grid = element_blank())
}

# x/y dendograms
px <- ggdend(dx$segments)
py <- ggdend(dy$segments) + coord_flip()

# heatmap
col.ord …

有没有人有办法corrplot用树状图装饰 R相关图？

我正在尝试将交互式热图部署为闪亮的应用程序，但不仅仅是交互式热图，而是 Shinyheatmaply 的精美热图，但是当我运行 deployapp 时，什么也没有发生

这是我的用户界面

library(shiny)
library(heatmaply)
library(shinyHeatmaply)
data(mtcars)
shinyUI(fluidPage(
    titlePanel("Interactive heatmap"),
    fluidRow(plotlyOutput("heatmap"))
))

这是我的服务器

library(shiny)
library(heatmaply)
library(shinyHeatmaply)
data(mtcars)
shinyServer(function(input,output) {
    output$heatmap <- if(interactive()){
data(mtcars)
launch_heatmaply(mtcars)
}

    })

通过跑步

rsconnect::deployApp("/Users/temporal.UOS-12599/Desktop/New folder") 

说

DONE
Uploading bundle for application: 977528...DONE
Deploying bundle: 2147989 for application: 977528 ...
Waiting for task: 621761993
  building: Parsing manifest
  building: Building image: 2264908
  building: Installing system dependencies
  building: Fetching packages
  building: Installing packages
  building: Installing files
  building: Pushing image: 2264908
  deploying: Starting instances
  rollforward: Activating new …

在 R 中使用 heatmaply 后，我试图获取所有行元素的 5 个列表。我设置 k_row = 5，以便树状图显示 5 种不同的颜色。我只想返回一个包含 5 个列表的列表，其中每个列表都包含簇内的行元素。行是名称，列是类别。

我正在尝试使用 heatmaply 包来绘制热图，并且效果很好。

另一方面，当我尝试在 Shiny 中执行相同的绘图时，它不会出现在界面中（当我单击“运行应用程序”时）。但是，当我突然关闭窗口时，绘图会出现在 R 查看器中。heatmaply 包是否可能无法与 Shiny 一起使用？

这是我在 R 中绘制的代码。

library(heatmaply)
x  <- as.matrix(datasets::mtcars)
rc <- colorspace::rainbow_hcl(nrow(x))

heatmaply(
  x[, -c(8, 9)],
  col_side_colors = rc[1:9],
  showticklabels=FALSE,
  Rowv = TRUE,
  Colv = FALSE
)

这是我在 Shiny 中的代码。

library(shiny)
library(heatmaply)

ui <- fluidPage(

    # Application title
    titlePanel("Heatmap"),

    sidebarLayout(
        sidebarPanel(
            
        ),

        # Show a plot of the generated distribution
        mainPanel(
           plotOutput("distPlot")
        )
    )
)
x  <- as.matrix(datasets::mtcars)
rc <- colorspace::rainbow_hcl(nrow(x))

server <- function(input, output) {

    output$distPlot <- renderPlot({
        heatmaply(
          x[, …