标签: graphviz

可视化由python中编码的边连接的节点序列.

寻找一个python库来可视化这样的图形数据.

用python或python绑定编写的库都可以

(我知道Visustin,但寻找替代方案)

我正在构建一个epsilon NFA,以使用规范构造识别正则表达式.我正在使用子图来对正则表达式的各个部分进行分组.由于dot决定移动节点的顺序,*运算符给了我特别的麻烦.我已经尝试添加边缘权重以强制特定边缘变短以保持边缘的顺序,但这似乎不起作用.

我想要做的是强制子图中的节点按特定顺序放置,以便输出图可以识别为特定类型的(众所周知的)构造.在下面的示例中,我希望边缘3,4,5和6按此顺序放置,但是点将它们按6,3,4,5的顺序放置.任何指针都会被欣赏.

请注意,当前权重参数与完全没有权重参数没有任何区别.

我有以下内容

digraph G {
    rankdir = LR;
    node [shape = none];
            0 [label = "start"];
    node [shape = circle];
            1 [label = "q1"];
            2 [label = "q2"];
            3 [label = "q3"];
            4 [label = "q4"];
            5 [label = "q5"];
    node [shape = doublecircle];
            6 [label = "q6"];
    subgraph re1 {
            rank = same;
            edge[label = "0"];
            1 -> 2;
    };
    subgraph re2 {
            rank = same;
            edge[label = "ε"];
                    3 -> 4 [weight = 10];
            edge[label …

我正在努力学习一些Python图形可视化.我发现了一些博客文章做了一些 我想尝试的事情.不幸的是我没有走得太远,遇到这个错误:AttributeError: 'module' object has no attribute 'graphviz_layout'

在我的系统上重现错误的最简单的代码片段是这样的,

In [1]: import networkx as nx
In [2]: G=nx.complete_graph(5)
In [3]: nx.draw_graphviz(G)
------------------------------------------------------------
AttributeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-3-481ad1c1771c> in <module>()
----> 1 nx.draw_graphviz(G)
/usr/lib/python2.7/site-packages/networkx/drawing/nx_pylab.pyc in draw_graphviz(G, prog, **kwargs)
982 See networkx.draw_networkx() for a description of optional keywords.
983 """
--> 984 pos = nx.drawing.graphviz_layout(G, prog)
985 draw(G, pos, **kwargs)
986
AttributeError: 'module' object has no attribute 'graphviz_layout'

我发现了一个类似的问题,并且这个组合有困难的帖子,但不是完全相同的错误.一个接近 …

如何使用带有双线的graphviz 点来设置边和节点的样式,如下图中的"LEGAL"和"TAX DISC"节点所示？

我想强制点只显示节点之间的垂直或水平边缘.

我发现了一个类似的请求,使用Dot/GraphViz发布了Family树布局,但我没有处理树,所以我希望有一个解决方案,而不插入额外的节点...

如果我构建以下图表:

digraph G {

    splines=ortho

    A [ shape=box ]
    B [ shape=box ]
    C [ shape=box ]
    D [ shape=box ]

    A -> B
    A -> C

    B -> D
    C -> D

}

我得到的是这个:

但我想要一个像这样的图表:

我怎样才能得到这样的渲染？

编辑:"splines"属性似乎没有按预期工作......有没有我做错了？

我使用doxygen + graphviz来记录我的代码.graphviz在生成图像方面做得很好.

有没有办法更改graphviz的默认fontsize？默认值为14,但我想使用12代替.

更改单个元素(如节点,子图,边缘等)的字体大小真是太痛苦了.

更新:

这里参考的是我在doxygen中使用的代码,(文本字段已经重命名,当然)

@dot
 strict digraph {
   node [shape = box, fontsize = 12];
     subgraph cluster_main {
       fontsize = 12;
       shape    = box;
       label    = "main";
       subgraph cluster_main_common {
         fontsize = 12;
         shape    = box;
         label    = "common";
         subgraph cluster_main_common_source {
           fontsize = 12;
           shape    = box;
           label    = "source"
           subgraph cluster_file1 {
             fontsize = 12;
             shape    = box;
             label    = "file1.c";
             gSystem [label = "var1" URL = "\ref var1"];
           }
           subgraph cluster_file2 {
             fontsize = …

我正在尝试打印有向图,并且我不断更改各种节点属性,例如颜色和形状.有没有办法使用一次定义并用于多个节点的变量？理想情况下,我喜欢这样的事情:

digraph g { 

building_color = "red"
land_color = "green"

farm  [ fillcolor=land_color]
barn  [ fillcolor=building_color]
house  [ fillcolor=building_color]

}

所以我可以改变建筑颜色一次,而不必去每个节点.这可能吗？

我有一个这样的图形文件:

digraph {
    "Step1" -> "Step2" -> "Step3";

    subgraph step2detail {
        "Step2" -> "note1";
        "Step2" -> "note2";
        "Step2" -> "note3";
        "Step2" -> "note4";
        rankdir=TB
   }
}

我希望子图step2detail挂在'Step2'的右边.

现在它看起来像这样:

我希望Step1,Step2和Step3全部垂直位于彼此之下且位于1列中.

我想用以下代码对一些节点进行分组

digraph dataflow {
    subgraph pipeline {
        relations;
        synonyms;
        articles;
    }
    subgraph lucene {
        index;
        search;
    }
    training_data - > index;
    relations - > search;
    synonyms - > index;
    articles - > index;
    training_data - > evaluation;
}

但dot并不关心子图:

我尝试过使用xlp并且也遵循这个graphviz线程(http://www.graphviz.org/content/how-use-xlp-attribute-positioning-external-labels-xlabel),但两者都没有实际工作.

这是我的点代码:

digraph {
    forcelabels=true;
    rankdir=LR;
    graph[ranksep=1,nodesep=.5];
    node[shape=box];
    "start" [xlabel="start",xlp="0,0",shape=doublecircle,label=" "];
    "requested"->"fault";
    "requested"->"progress";
    "start"->"requested";
    "progress"->"fault";
    "progress"->"progress";
    "progress"->"complete";
    "fault" [xlabel="fault",shape=doublecircle,label=" "];
    "complete" [xlabel="complete",shape=doublecircle,label=" "];
}

这就是它的样子:

理想情况下,start,fault和complete将直接位于节点之下,但我似乎无法正确定位xlabels.