标签: graphml

什么是标准图形表示文件格式或最常用的格式？我会说这三个中的一个:

• GraphSON
• GEXF
• GraphML

但如果有人能够指出每个人的优势/劣势,那将会很棒.

我有兴趣坚持个人有向图.这个问题不是要求一个全面的图形数据库解决方案,而是一个我可以用来保存和单个任意有向图的文档格式. 我不知道符号和文件格式是最明智的选择.

我主要担心的是:

1. 表现力/灵活性 - 我希望能够表达不同类型的图表.虽然标准用例是一个简单的有向图,但应该可以表达树,循环图,多图.作为最低限度,我希望支持边缘和节点的标记和加权.用于描述高图和边缘合成/超边缘的符号也是非常需要的,尽管我知道这些解决方案可能不存在.

2. 类型系统独立 - 我有兴趣表示图形的结构质量.一些解决方案包括用于类型化边缘和节点的可扩展类型系统(例如RDF/OWL).如果有明确定义的类型元素到基元(节点/边缘/属性)的规范分解,我只会对这种表示感兴趣.我在这里要避免的是能够进行等效图的多个表示,其中等价是不可辨别的.

3. 规范表示 - 应该有一种机制允许图形被规范地表示(以这种方式,规范表示的词汇等价可以用来确定等价).

4. 独立呈现 - 我更喜欢一种不依赖于图表表示的符号.这将包括空间方向,颜色,字体等.我只对表示数据感兴趣.我不喜欢DOT语言,DGML或SVG(至少对于这个特定目的)的一个特征是关注视觉表示.

5. 标准化/开放/兼容 - 我必须做的实施工作越少越好.如果格式是标准化的并且已经存在用于处理格式的可靠工具,则更优选.伴随这个要求是另一个,格式应该是高度兼容的.微软DGML的专有性质是我厌恶的原因,尽管Visual Studio工具和我主要使用.NET(现在)的事实.W3C发布RDF标准的事实是将RDF的有限子集视为代表性工具的动机.我也很欣赏GXL和GraphML,因为它们有很好的文档xml模式,因此有助于将数据与任何兼容xml的软件包集成.

6. 简单/可读性 - 我欣赏人类可读的语法和易于解释.我也很欣赏能够简化解析的表示.出于这个原因,我喜欢GML,但我担心它不够主流,不能成为一个现实的选择.我还会考虑JSON或YAML的可读性,如果它们各自能够代表复杂(非DAG)结构的能力不是那么有限的话.

7. 效率/简洁表示 - 值得考虑的是,我最终选择的任何格式都不可避免地必须通过某些网络进行持久化和转移.因此,文件大小是一个相关的考虑因素.

概观

我意识到我很可能无法找到满足我愿望清单上所有标准的解决方案.我只要求是最接近我想要的文件格式,并且不限制可扩展性不支持的用例.

我有一个GraphML文件,我必须在网页上显示它,以及使用JavaScript更改显示属性(比如更改节点的颜色,边缘等).

可能吗？

如果有任何JavaScript库要加载,解析并在网页上绘制GraphML,请告诉我.

我想在yEd创建的graphml文件中获取所有节点和一些属性(例如标签名称)的列表,而不管它们在图形中的位置.这与已经部分地处理(在蟒蛇networkx处理XML文件和如何循环GraphML与LXML文件),但不是当内YED你"团"节点-和我有很多分组分组内.

尝试过networkx和lxml,但没有使用建议的简单方法获得完整的结果集 - 任何关于优雅解决方法的建议以及使用哪个库都不能递归地迭代树并识别组节点并再次向下钻取.

例:

当您有分组时,使用networkx的非常简单的图表的示例输出:

('n0', {})
('n1', {'y': '0.0', 'x': '26.007967509920633', 'label': 'A'})
('n0::n0', {})
('n0::n1', {})

我最近发现了一个.graphml文件,但不知道如何从命令行打开它.我是否需要安装一些东西来从命令行在ubuntu中查看这些文件？我试过谷歌但找不到任何与此主题相关的结果.

在NetworkX中为图形生成x/y布局坐标后,如何使用GraphML之类的东西将图形与节点位置一起导出为节点定义的一部分？

布局算法似乎没有直接注释图形？或者他们？!

如何在 d3.js 中使用 graphml 文件？[我想画一个力有向图]

• 将文件转换为 .json 是否更简单？如何 ？我一直找不到转换器（我找到了一个 python 转换器，但我不是 python 用户）

• 可以直接使用graphml文件吗？可能是 d3.xml 吗？

注意：graphml 看起来像这样

<graph id="G" edgedefault="directed">
<node id="n0">
  <data key="v_name">JohnMaynardKe...</data>
  <data key="v_label">John Maynard Ke...</data>
  <data key="v_size">4</data>
  <data key="v_label.cex">0.3</data>
  <data key="v_frame.color">#ffffff00</data>
  <data key="v_color">#54FF00CC</data>
</node>
<node id="n1">
  <data key="v_name">JosephA.Schum...</data>
  <data key="v_label">Joseph A. Schum...</data>
  <data key="v_size">4</data>
  <data key="v_label.cex">0.3</data>
  <data key="v_frame.color">#ffffff00</data>
  <data key="v_color">#54FF00CC</data>
</node>
<edge source="n0" target="n1">
  <data key="e_nombre">2</data>
  <data key="e_width">2</data>
  <data key="e_arrow.size">0</data>
  <data key="e_color">#00000021</data>
</edge>
<edge source="n0" target="n7">
  <data key="e_nombre">2</data>
  <data key="e_width">2</data>
  <data key="e_arrow.size">0</data>
  <data key="e_color">#00000021</data>
</edge>

....

救命!我正在寻找创建一个Java应用程序,它可以生成以下任何一种格式的图形:

• .graphml
• .ygf
• .gml
• .tgf

我需要能够在图形编辑器" yEd "中打开文件.

到目前为止,我找到了这些解决方案:

1. yFiles For Java
   • Pro:导出到graphml,能够以yEd打开,基于Java,完美.
   • 为什么我不能使用它:使用费用超过2000美元 :(这正是我需要的
2. Gephi
   • 亲:免费,导出到graphml,基于Java!
   • 为什么我不能使用它:当我尝试在yEd中打开生成的graphml文件时,graphml被破坏:它是线性的 - 一行,如下截图所示:
   • 
   • 如果我让它工作,那么这是完美的
   • 我试过的图是使用他们的示例项目生成的
3. JGraphX
   • Pro:能够生成基于Java的图形,免费
   • 为什么我不能使用它:如何将生成的图形导出到graphml？我无法理解 ......
4. Prefuse
   • Pro:免费,图形生成,基于Java
   • 我不能用它:似乎我只能读取graphml,而不能写graphml.另外,我使用build.sh all构建了这个演示,但是当我尝试运行demos.jar时,我得到了"无法加载Main-Class"......
5. 蓝图与 GraphML Reader和Writer图书馆( TinkerPop有关？)
   • Pro:Java,Free,好像你可以用它导出graphml
   • 为什么我不能使用它:我很困惑,我是否需要将其与所列的"实现"结合使用？我该如何使用它？
6. JGraphT与 GraphMLExporter
   • 亲:能够生成图形,基于Java,免费,我想可以导出到graphml
   • 为什么我不能使用它:我无法弄清楚如何导出它!当我试图在yed中打开生成的graphml时,我得到" yEd遇到了以下错误:无法导入文件test.graphml." 我使用了他们的示例项目,并做到了这一点:

我使用的JGraphT代码:

UndirectedGraph<String, DefaultEdge> g = new SimpleGraph<String, DefaultEdge>(DefaultEdge.class);

String v1 = …

在Mac OSX或Linux上可视化GraphML中定义的图形的最佳选项是什么？根据gremlin-users组, R + iGraph似乎是一个有效的解决方案,但我想知道是否有更简单的解决方案,理想情况下是一个简单的"graphml2png"命令行应用程序.任何的想法 ？

如何使用"graphml"文件作为输入在graphvis中绘制图形.
我知道为此目的graphvis而来,graphml2gv但当我尝试从命令提示符运行此命令时,我收到此消息
cvtgxl: not configured for conversion from GXL to GV