标签: ggsave

当我保存 ggplot 图像时，theme_minimal黑白值在照片负片效果中反转。如果我不使用主题，则不会发生这种情况，使用 theme_bw 也不会发生这种情况。.pdf保存到或 时也不会发生这种情况.png。我已经测试过，在 RStudio、R GUI 或通过终端运行时会发生这种情况。我在 Mac OS 10.15.7 上运行 R 版本 4.0.2。

我将非常感谢任何对此进行调试的见解。在多次完整系统重新启动后，该行为已持续数周。

library(ggplot2) 
ggplot(diamonds, aes(x = cut, y = clarity)) + 
  geom_point() + 
  theme_minimal() 

ggsave("test_minimal.jpg")

我有一个关于 ggsave() 函数的问题，我将非常感谢任何帮助和/或建议/解决方案。我正在创建四个图并将它们全部放在一个大图中，因为我想使用数据框中的所有列循环整个函数，所以我想将创建的图保存在指定的文件夹中（最好使用标识名称）。

    plotting_fun3 <- function(Q){\n  \n  plot1 <- plot_likert(\n    t(Q),\n    title = "Total population",\n    legend.labels = c("strongly disagree","disagree", "neither nor", "agree", "strongly agree"),\n    grid.range = c(1.6, 1.1),\n    expand.grid = FALSE,\n    axis.labels = c(" "),\n    values = "sum.outside",\n    show.prc.sign = TRUE,\n    catcount = 4,\n    cat.neutral = 3,\n    \n  )\n  \n  plot2 <- plot_likert(\n    t(Q[survey$animal=="Dogs"]),\n    title = "Female",\n    legend.labels = c("strongly disagree","disagree", "neither nor", "agree", "strongly agree"),\n    grid.range = c(1.6, 1.1),\n    expand.grid = FALSE,\n    axis.labels = c(" "),\n    values = …

所以我使用生存曲线制作了 ggplot。

Wolcurves <- survfit(Surv(Days, Survival) ~ Wol, data = DCV_noPBS)
IFB_plot <- ggsurvplot(Wolcurves, data = DCV_noPBS,
                       line = c(2, 1),
                       pval = "p-value = 0", 
                       xlab = "Time in days",
                       ylab = "Proportional survival",
                       break.time.by = 1,
                       break.y.by = 0.2,
                       legend.labs = c("w1118wMel-Tet", "w1118wMel"))

我用下面的代码遇到了这个错误。

ggsave(filename = "results/IFB2.pdf", plot = IFB_plot,
       width = 12, height = 10, dpi = 1000, units = "cm")

Error in UseMethod("grid.draw") : no applicable method for 'grid.draw' applied to an object of class "c('ggsurvplot', …

我知道这里已经存在一个非常类似的问题，但提供的答案对我不起作用。

这是我通常的工作流程：我生成一个绘图并在 RStudio 的“绘图”面板中调整绘图的大小，直到我满意为止。然后我打电话dev.size()询问确切的尺寸。然后，我保存绘图并ggsave(...,dpi=300)指定之前确定的宽度和高度。问题是，保存后，绘图看起来完全不同，尤其是文本大小。

如果我使用 RStudio 中的“导出”选项，绘图看起来与预览中的一模一样，但质量很差，而且手动执行此操作非常乏味。

这是图片，希望能说明我的意思：

我用来保存绘图的代码如下所示：

library(ggplot2)

ggplot(mtcars, aes(x = mpg, y = wt)) + 
  geom_point() + 
  facet_grid(vs + am ~ gear, margins = "vs") +
  theme_Publication()
ggsave("plot.png", width=4, height=3.2, dpi=300)

我很想知道，是否有一个选项可以“以编程方式”保存一个能够精确地以高质量重新创建“绘图”预览的绘图。

预先非常感谢！

这是我准备的代码作为示例。一切都很好，直到我运行ggsave. 该错误与$运算符有关，这非常令人困惑。我见过很多人在不同的情况下有类似的错误消息。是我的错还是 R 内部错误？

library(tidyverse)

xx <- seq(0,2,0.01); yy <- seq(0,2,0.02); zz <- seq(0,2,0.04)

dat <- data.frame(
  times = c(xx, yy, zz),
  val = c(sin(xx), sin(yy)+rnorm(length(yy),sd=0.2), sin(zz)+rnorm(length(zz),sd=0.3)),
  method = c(rep("A", length(xx)), rep("B", length(yy)), rep("C", length(zz)))
)

fig <- ggplot(dat) +
  geom_line(aes(x = times, y = val, col = method, linetype = method)) + 
  theme_minimal() +
  scale_color_manual(values = c("#29BDCE", "#ED8534", "#625559")) +
  scale_linetype_manual(values=c("solid", "longdash", "dashed")) +
  theme(legend.title = element_blank(),
        legend.position = "none") 

ggsave(fig, "D:/ResearchesAndProjects/2021_2_ODEadditive/code-ode-additive/examples/plots/test.png",
       device = "png", …

这是我面临的问题的一个最小示例：

data.frame(Time=as.factor(c(0,5,10,15,20,25,30,35)),
               Value=c(0,2,4,6,8,6,5,6))%>%
  ggplot(aes(x=Time,y=Value))+
  geom_point()+
  ylab("\U0394 O.D")
ggsave("image.pdf", dpi = 1200)

我能够生成一个完美呈现三角洲的图。但是，将绘图保存为 PDF 的最后一个命令会发出警告。当您打开保存的文件时，y 轴标记为 ..OD。

我正在尝试使用ggsurvplot来保存 a 。然而，输出 off始终只是. 我也尝试过这个和这个。没有一个在工作。risk.tableggsaveggsaverisk.table

library(data.table)
library(survival)
library(survminer)

OS <- c(c(1:100), seq(1, 75, length = 50), c(1:50))
dead <- rep(1, times = 200)
variable <- c(rep(0, times = 100), rep(1, times = 50), rep(2, times = 50))

dt <- data.table(OS = OS,
                 dead = dead,
                 variable = variable)

survfit <- survfit(Surv(OS, dead) ~ variable, data = dt)

ggsurvplot(survfit, data = dt,
           risk.table = TRUE)

ggsave("test.png")