标签: ggbiplot

我正在创建一个具有高度多变量数据的PCA双标图.

是否有一种方法可以指定线段的颜色/透明度/位置ggbiplot？此命令的所有参数都不提供此选项.

我知道它ggbiplot是基于ggplot- 它可能接受aes论证吗？或者可以在创建的绘图上使用一层颜色/透明度/位置来覆盖默认值？

具体来说,关于位置,如果可能的话,我想抖动线段(尽管使它们更透明可能已经解决了问题).

R数据集'iris'适合用作我的脚本(可行)的示例:

#load required packages
library(ggplot2)
library(devtools)
library(ggbiplot)

#load dataset
data(iris)

#perform principal component analysis
pca = prcomp(iris[ , 1:4], scale=T)

#define classes, generate & view PCA biplot
class = iris$Species
pca_biplot = ggbiplot(pca,obs.scale = 1, var.scale=1,groups=class,circle=F,varname.size=1,varname.adjust=6)
data_pca

非常感谢 - 任何帮助表示赞赏!

亲切的问候.

我有一个数据集数据$ cell_line.sva,其昏暗的313 11875.

cc.pca <- prcomp(data$cell_line.sva, center = TRUE, scale. = TRUE, retx = TRUE) 
g <- ggbiplot(cc.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = as.factor(cgpResponse), ellipse = TRUE, circle = FALSE)

如何摆脱功能名称？(红色文字)

我有一个大数据集，正在尝试绘制主成分分析。我对最终的情节相当满意，但我想改变一些事情：

箭头：它们似乎位于背景中并被数据点覆盖。1）我怎样才能将它们放在前台？2）如何更改颜色和喜欢的尺寸？

省略号：3）如何使线条变粗？

图例4）如何放入情节本身的右上方？

提前致谢！！

这是我得到该图的方法：

g <- ggbiplot(LS_3.pca, choices = 1:2, scale = 1, pc.biplot =
       TRUE, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups =
       LS.loc, ellipse = TRUE, ellipse.prob = 0.98, labels =
       NULL, labels.size = 5, alpha = 0.25, circle
     = FALSE, circle.prob = 0.69, varname.size = 5,
     varname.adjust = 1.5, varname.abbrev = FALSE, var.axes = TRUE)
g <- g + xlim(-8, 6) + ylim(-4, 6)
g <- g + theme_classic()

print(g)

我正在尝试可视化包含 87 个变量的 PCA。

prc <-prcomp(df[,1:87], center = TRUE, scale. = TRUE)
ggbiplot(prc, labels = rownames(df[,1:87]), var.axes = TRUE)

当我创建双图时，许多向量相互重叠，导致无法读取标签。我想知道是否有什么方法可以一次只显示一些标签。例如，我认为如果我可以创建几个单独的双图，每个双图仅显示向量上标签的子集，那将会很有用。

这个问题似乎密切相关，但我不知道它是否转换为最新版本的ggbiplot。我也不知道如何修改原来的功能。

我操作时遇到了麻烦ggbiplot,我可以指定图例的标题.使用包数据:

library(ggbiplot)
data(wine)
wine.pca <- prcomp(wine, scale. = TRUE)
p <- ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = wine.class, 
              ellipse =  TRUE, circle = TRUE)

我尝试了以下内容

p + scale_fill_discrete(name="New Title")
p + guides(fill=guide_legend(title="New Legend Title"))

但我也没有运气.我想知道是否有人熟悉这个软件包,并能够就如何更改图例标题提出建议.