标签: fiji

我tifffile在python中使用它来保存3通道tiff堆栈，然后将其读取到ImageJ或FIJI中。这些tiff堆栈在ImageJ中作为复合打开，每个通道分配了一个（可能是默认值）colormap / LUT。但是，分配的颜色不是我的图像有意义的颜色。我的问题是，使用保存图像时，我不知道如何为每个通道指定颜色图tifffile。

例如，我要分配以下颜色图：

• 通道0：灰色
• ch 1：绿色
• 通道2：红色

这是我用来保存文件的代码：

# save hyperstack
with tifffile.TiffWriter(filename, bigtiff=False, imagej=True) as tif:
    for i in range(t_stack.shape[0]):
        tif.save(t_stack[i], metadata={'Composite mode': 'composite'})

tiff必须保存有保存通道颜色图信息的元数据，因为我可以在ImageJ中手动编辑颜色分配，然后将其保存，关闭，然后再次打开文件时，它将保留我的手动颜色图分配。因此，我猜测必须有一个元数据标签（也许是颜色图？）可用于指定通道颜色，但是我找不到有关要使用的标签或语法的任何信息。

Matplotlib 的颜色图不提供图像的 HiLo 颜色图，这通常在显微镜中使用。HiLo 显示从低值到高值的灰度梯度，但低端的值显示为蓝色，上端的值显示为红色。

如何获得 matplotlib 图像的颜色图？