标签: f2py

我需要用f2py包装一个简单的fortran90代码.fortran模块"test.f90"是

module util

contains

FUNCTION gasdev(idum)
implicit none
INTEGER(kind=4), intent(inout) :: idum
REAL(kind=8) :: gasdev, ran2
print*,idum
gasdev = ran2(idum)
return
END FUNCTION

FUNCTION ran2(idum)
implicit none
INTEGER(kind=4), intent(inout) :: idum
REAL(kind=8) :: ran2
print*,idum
ran2=2.D0
return
END FUNCTION
end module util

然后我用它包装

f2py  -m test -c test.f90

但是当我在python中导入它时

In [2]: import test

它提示我说错误

ImportError: ./test.so: undefined symbol: ran2_

关于如何修复它的任何想法？谢谢.

我在 Windows 7 下使用 Python 3.2。我的 Python 脚本需要一些数值子例程，我想用 Fortran 编写它们并使用 f2py 使它们与我的脚本兼容。

根据f2py 文档，我安装了 numpy (v1.6.1)，然后尝试f2py在命令行上运行来检查安装。Windows 不断告诉我“f2py 不被识别为内部或外部命令、可操作程序或批处理文件”。我尝试将“C:\Python32\Scripts”添加到我的路径中，但这没有帮助。（C:\Python32是我的Python安装目录，也在我的PATH中，numpy也安装在这里）

我究竟做错了什么？

背景：
我的程序目前在 Python 中组装数组。这些数组连接到前端 UI，因此具有交互元素（即用户在数组元素中指定的值）。然后将这些数组保存到 .txt 文件中（取决于它们以后的用途）。然后，用户必须离开 Python 程序并运行一个单独的 Fortran 脚本，该脚本根据 Python 输出文件模拟系统。虽然这最多只需要几分钟，但我理想情况下希望自动化该过程，而无需离开我的 Python UI。

组装数组 (Python) ->编辑数组 (Python) ->导出到文件 (Python)
->导入文件 (Fortran) ->运行模拟 (Fortran) ->将结果导出到文件 (Fortran)
->将文件导入到 UI，显示图表 (Python)

问题：
这可能吗？我有哪些选项可以自动化此过程？我可以完全删除文件的重复导出/导入吗？

编辑： 我还应该提到 fortran 脚本使用 Lapack，我不知道这是否有区别。

我编写了一个小型 Fortran 函数，并使用 f2py 在 Python 中向它传递参数。不知怎的，参数的顺序在传输过程中被搞乱了，我不明白为什么。

Fortran 函数的相关部分（位于名为 calc_密度.f95 的文件中）：

subroutine calc_density(position, nparticles, ncells, L, density)

implicit none

integer, intent(in) :: nparticles
integer, intent(in) :: ncells
double precision, intent(in) :: L
double precision, dimension(nparticles), intent(in) :: position
double precision, dimension(ncells), intent(out) :: density

double precision :: sumBuf, offSum
integer :: pLower, pUpper, pBuf, numBuf, last, idx
double precision, dimension(nparticles) :: sorted

 print *, 'Fortran ', 'position length ', size(position), &
  'density length ', size(density), 'nparticles ', nparticles, &
  'ncells …

当我调用以下函数时，它会1按预期返回：

integer function my_func() result(myresult)
    myresult = 1
end function my_func

但是，当我将返回值的名称修改为以字母“ r”开头时，该函数将返回0。

integer function my_func() result(rresult)
    rresult = 1
end function my_func

是什么原因造成的？我的第一个想法是，它与隐式类型有关，但该函数位于指定的模块中implicit none。

这是完整的模块

module my_mod
implicit none

contains

integer function my_func() result(myresult)
    myresult = 1
end function my_func

end module my_mod

我正在使用Fortran 90并使用gfortran进行编译。

编辑

这是演示该问题的完整程序

生成文件：

.PHONY: pytest clean

CYTHON_LIB = fortran_mods.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so
FFLAGS += -fdefault-real-8

pytest: $(CYTHON_LIB)
        ./tests.py

$(CYTHON_LIB): my_mod.F90
        f2py -c -m fortran_mods my_mod.F90 --f90flags="$(FFLAGS)"

clean:
        rm *.so

my_mod.F90：

module …

嗨，我是用f2py包裹LAPACK例行dgesvd，通过编译dgesvd.f文件和链接它反对llapack，如解释在这里

根据文档字符串，dgesvd 模块具有签名：

dgesvd - Function signature:
  dgesvd(jobu,jobvt,m,n,a,s,u,vt,work,lwork,info,[lda,ldu,ldvt])
Required arguments:
  jobu : input string(len=1)
  jobvt : input string(len=1)
  m : input int
  n : input int
  a : input rank-2 array('d') with bounds (lda,*)
  s : input rank-1 array('d') with bounds (*)
  u : input rank-2 array('d') with bounds (ldu,*)
  vt : input rank-2 array('d') with bounds (ldvt,*)
  work : input rank-1 array('d') with bounds (*)
  lwork : input int
  info : input int
Optional arguments:
  lda := shape(a,0) …

我似乎无法使用 f2py 创建模块来将数字传回 python 时保持双精度。一个最小的例子，带有文件 fmodules.f90：

      subroutine example(output)
              implicit none
              double precision :: output
cf2py         intent(out) :: output
              output = 1.3
      end subroutine example

然后我使用 f2py 创建模块：

$ f2py -c -m fmodules fmodules.f90

并从 python 中调用它：

>>> from fmodules import example
>>> example()
1.2999999523162842

根据我的计算，精度约为 8 位数字。我的印象是双精度应该给出大约 16。我已经尝试了我能想到的所有排列，包括处理文件.f2py_f2cmap。对我所缺少的有什么想法吗？

我有一个简单的fortran子程序(仅用于测试python-fortran接口).它看起来像这样:

subroutine sum2(x,y,z)
 real(kind=8),intent(in)::x,y
 real(kind=8),intent(inout)::z
 z = x + y
 print *, "sum is ", z
end subroutine sum2

编译后f2py我去python并执行以下操作:

>>> import sum2
>>> x = 1.0
>>> y = 2.0
>>> z = 0.0
>>> sum2.sum2(x,y,z)
sum is 3
>>> z
0.0

因此,即使z指定为inout,其值也不会被函数更改.我需要知道原因.另一个问题涉及notebook.如果我sum2在那里导入并运行sum2.sum2(x,y,z)我甚至看不到消息sum is ....那么,问题是,如果可以在笔记本中调用fortran子程序吗？

编辑

有一个合理的评论,在我的例子中,我使用了不可变的数据类型.所以,我决定改变它,但我仍然有同样的问题.所以,我的新fortran子程序看起来像这样:

subroutine arr(x)
    real(kind=8),dimension(1)::x
    x(1) = 2 ! new value
    print *, "x[0] …

很抱歉对 Fortran 90 和 f2py 都不熟悉。

我使用的是 Windows 64 位、Python 3.4 64 位、gfortran。Numpy 版本是 1.9.1，我在 gnu.py 中评论了“raise NotImplementedError("Only MS compiler supported with gfortran on win64")”，如以下链接所示：http ://scientificcomputingco.blogspot.com.au /2013/02/f2py-on-64bit-windows-python27.html

我在 fortran 中有一个模块，编写如下，带有模块范围变量dp：

! testf2py.f90
module testf2py
    implicit none
    private
    public dp, i1
    integer, parameter :: dp=kind(0.d0)
contains
    real(dp) function i1(m)
        real(dp), intent(in) :: m(3, 3)
        i1 = m(1, 1) + m(2, 2) + m(3, 3)
        return
    end function i1
end module testf2py

然后，如果我跑 f2py -c testf2py.f90 -m testf2py

它会报告错误，指出未声明 …

为了在 python2 中使用 f2py 构建扩展模块，我一直在使用类似于以下内容的 Makefile：

default: fortran_lib.so

%.so::  %.f90
    f2py -c -m $* $<

为了完整起见，这里还有一个虚拟fortran_lib.f90文件

subroutine square(d)
implicit none
!f2py intent(inout) d
integer, intent(inout)  ::  d

d = d*d
end subroutine square

这曾经工作正常，make只会产生fortran_lib.so.

现在我也想支持 python3，但是在使用时f2py3，make会生成版本号fortran_lib.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so（在我的特定设置中）。

由于这与指定的目标名称不同，make因此无法识别目标已经创建。因此，每次运行时它都会重新制作目标make。

我如何解决这个问题（无需对版本进行硬编码）？

• 我可以告诉 f2py3 关闭版本控制吗？
• 我可以以某种方式解决 Makefile 中的版本控制吗？
• 还是我被迫切换到其他工具来构建扩展模块（distutils，...）？