我们目前正在评估FHIR,作为我们医疗记录基础设施的一部分.对于EHR数据(过敏,访问,Rx等),HL7 FHIR似乎具有适当的映射.
但是,我们处理的大量数据与个人健身有关 - 想想Fitbit或Apple HealthKit:
虽然有Observation资源,但这似乎最适合EHR域(!).特别地,用户健身数据在访问期间不被收集并且不是人工验证的.
目标是找到"标准化的FIHR方式"来模拟这种数据.
使用带延伸的观察(？)？简介？特定领域的规则？
FHIR具有非凡的灵活性,但每个扩展/配置文件可能会增加以后直接交换资源的成本.
关于适当使用FHIR资源的解释 - 包括何时扩展,使用配置文件/标签,或通过编码值编码区分 - 将是有用的.
定义新的/自定义资源类型？
FHIR DSTU2未定义定义新资源类型的方法.想要这样做可能表明资源的作用 - 逻辑概念与实现接口？ - 不明白.
根本不使用FHIR？除汇总交换外,不要使用FHIR吗？
也可能是FHIR不适合我们的消息传递格式.但是,与处理外部互操作性FIHRa <-> FIHRb相比x <-> FIHRc,它会更糟糕吗？
该FHIR注册表似乎并没有包含任何用户特定的健身观测概况和没有任何的提议的资源似乎添加适当的资源,改进.
在一天结束时,能够声称能够 - 最少或没有翻译,即.以"标准方式" - 能够将用户健身数据作为FHIR流交换.
我正在尝试使用以下代码运行 fhir 搜索；
FhirContext ctx = FhirContext.forDstu2();
ctx.getRestfulClientFactory().setConnectTimeout(2000000);
IGenericClient client = ctx.newRestfulGenericClient("http://localhost:1080/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu2");
Bundle results = client.search().forResource(Basic.class).returnBundle(ca.uhn.fhir.model.dstu2.resource.Bundle.class).execute();
然而，当它运行时，它总是抛出异常“FhirClientConnectionException”，这是由异常“SocketTimeoutException”引起的。我是否可以假设这是服务器超时，而不是我的本地连接，因为我将本地设置为 2000000？
我该如何解决问题？我在开箱即用的配置中使用 HAPI，并且在大约 10-15 秒内搜索相对少量的资源时会超时。
将以下通用文件类型的HDFS目录遍历/提取/解析为spark数据帧，rdd或稀疏数组的最佳通用方法是什么？我发现将其转换为适用于传统分析工作负载的格式有点笨拙。我尝试过的一种方法涉及点链键，但事实证明它既不完整也不具有可扩展性。
https://hl7-fhir.github.io/bundle.html
这是一个例子：
{
"resourceType": "Bundle",
"id": "bundle-example",
"meta": {
"fhir_comments": [
" this example bundle is a search set ",
" when the search was executed "
],
"lastUpdated": "2014-08-18T01:43:30Z"
},
"type": "searchset",
"total": 3,
"_total": {
"fhir_comments": [
" the total number of matches. This is a stupid example - there's a grand total of 3 matches, and \n we're only going to return the first 1, with a next link, in order to demonstrate what a page …我一直在尝试在 FHIR 中编写配置文件。我遇到的问题是使用扩展。
文档谈到扩展，好像它们只是为了扩展配置文件所属资源的现有元素，这在使用伪造时向我确认，因为我可以添加没有扩展的新元素。
我感觉很陌生，因为在我们的专有存储系统中，我们有等价的配置文件，并且它们有关于它们的属性（我认为这类似于 fhir 中的元素），但是属性仅用于存储一种类型的东西; 例如，您可能有一个具有 DOB、种族、标识符等属性的患者档案。我真的不明白 fhir 上下文中的档案是什么，它们与我的属性相似吗？我可以使用 来限制配置文件实例对特定元素可以具有的数据类型吗？
有比规范更好的文档吗？我发现真的很难掌握。
我正在尝试将资源上传到HAPI.它基于资源类型基础,我已经为我想要捕获的概念创建了一个自定义配置文件(和扩展).我已将这些StructureDefinitions上传到我正在使用的服务器(托管在本地主机上),但我还没有验证它的上传(仍然试图测试我一直用于我的xml的格式是正确的).
我上传了以下软件包(实际软件包中有更多的记录,为了清晰起见,我刚刚编辑了它):
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?>
<Bundle>
<meta>
<lastUpdated value="2016-10-28T16:29:43Z"/>
</meta>
<type value="transaction"/>
<entry>
<resource>
<Basic>
<text>
<status value="generated"/>
<div/>
</text>
<extension url="http://localhost:1080/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu2/StructureDefinition/DateID">
<valueDate value="2016-11-01"/>
</extension>
<extension url="http://localhost:1080/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu2/StructureDefinition/SptSolution">
<valueCoding value="SptSolution.CatFurSPTSoln"/>
</extension>
<extension url="http://localhost:1080/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu2/StructureDefinition/MethodOfFollowUp">
<valueCoding value="FollowUpMethod.ClinicVisit"/>
</extension>
<extension url="http://localhost:1080/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu2/StructureDefinition/SPTDefinition">
<valueString value="A positive skin prick test result was defined as a mean wheal diameter of 3mm greater than that of the negative control"/>
</extension>
<extension url="http://localhost:1080/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu2/StructureDefinition/SubjectNo">
<valueString value="4320"/>
</extension>
<extension url="http://localhost:1080/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu2/StructureDefinition/AIW">
<valueInteger value="58"/>
</extension>
<extension url="http://localhost:1080/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu2/StructureDefinition/FollowUp">
<valueCoding value="FollowUp.MSAge1Y"/>
</extension>
<extension url="http://localhost:1080/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu2/StructureDefinition/Subject">
<valueCoding …我有以下形式的一组fhir资源:
<Basic>
<meta>
<versionId value="1.0"/>
<lastUpdated value="2016-11-18T10:26:51Z"/>
<profile value="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/profile/anthropometry"/>
</meta>
<text>
<status value="generated"/>
</text>
<extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/const-sourceIdentifier">
<cohortName value="TEST"/>
<datasetName value="SEATONJEAug14A1"/>
<archetypeName value="Abdo20wks"/>
</extension>
<extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/const-resourceTags">
<valueString value="SEATON"/>
</extension>
<extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/anthropometryType">
<valueCoding value="AnthropometricMeasure"/>
</extension>
<extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/subjectNo">
<valueString value="5375"/>
</extension>
<extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/methodOfFollowUp">
<valueCoding value="FollowUpMethod.ClinicVisit"/>
</extension>
<extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/followUp">
<valueCoding value="FollowUp.SNRecruitment"/>
</extension>
<extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/variableLabel">
<valueString value="Abdominal girth 20 week fetal scan (mm)"/>
</extension>
<extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/AIW">
<valueDouble value="1841.0"/>
</extension>
<extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/subject">
<valueCoding value="Person.StudySubject"/>
</extension>
<extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/clinicalType">
<valueCoding value="ClinicalMeasurement.AnthropometricMeasure"/>
</extension>
<extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/dataSource">
<valueCoding value="DataSource.ClinicalMeasurement"/>
</extension>
<extension …我注意到大多数（如果不是全部）三种资源类型都有一个属性'identifier'，它是标识符类型。
我将其设置为具有系统和值的资源，我想知道现在如何搜索具有给定标识符的资源？
理想情况下，我想搜索具有给定标识符的所有类型的所有资源，但是我认为没有一种简单的方法可以指定可在所有类型中进行搜索的url，例如，我有一个患者资源，其标识符为系统：www.mydomain.com值：1，我想找到它们。我的服务器是hapi dstu2实例。
有人可以举例说明 fhir 中 _revInclude 的功能吗？
我的理解是这样的
如果我们有一个遭遇资源，我们可以有一个位置，并且该位置将有一个在partOf属性中引用的组织资源。如果我们发送请求....Encounter?_id=1234&_include=Encounter:location&_revinclude=Location:Partof ，那么返回的包将包含 enunter 资源、其对应的位置资源以及该位置所属的组织资源。这是正确的吗？