标签: cytoscape

我正在使用lxml(2.2.8)来创建和编写一些XML(特别是XGMML).将要阅读它的应用程序显然相当挑剔,并希望看到一个顶级元素:

<graph label="Test" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:xlink="h
ttp://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-
ns#" xmlns:cy="http://www.cytoscape.org" xmlns="http://www.cs.rpi.edu/XGMML"  di
rected="1">

如何xmlns:使用lxml 设置这些属性？如果我尝试明显的

root.attrib['xmlns:dc']='http://purl.org/dc/elements/1.1/'
root.attrib['xmlns:xlink']='http://www.w3.org/1999/xlink'
root.attrib['xmlns:rdf']='http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#'
root.attrib['xmlns:cy']='http://www.cytoscape.org'
root.attrib['xmlns']='http://www.cs.rpi.edu/XGMML'

lxml抛出一个 ValueError: Invalid attribute name u'xmlns:dc'

我过去曾经使用过很多XML和lxml来处理简单的事情,但是到目前为止还是设法避免需要知道关于命名空间的任何事情.

我想使用networkx为图形生成布局.是否可以将此布局转移到cytoscape并将其绘制到那里？我试着简单地写一个图表

import networkx as nx
G = nx.Graph()
G.add_edge(0,1,weight=.1)
G.add_edge(2,1,weight=.2)
nx.write_gml(G,'g.gml')
nx.write_graphml(G,'g.xml')

但这些都不是在cytoscape中读取的.我不确定如何以包含位置的格式传输图表.

下面是一个例子Cytoscape的图表，我创建使用本网站作为参考这里

我想知道是否可以在将鼠标悬停在图形中的每个节点上时显示工具提示，其方式与 plotly 对其图形的处理方式相同（像这样）

有人可以提供一些关于如何从loadContent()加载到webviewer的建议吗？

http://jsbin.com/aqupun/6/edit

我试图做这样的事情,但它似乎没有用.谢谢!

    Scanner sc1 = new Scanner(new File("src/web/web.html"));
    String webStr = sc1.useDelimiter("\\Z").next();

    Scanner sc2 = new Scanner(new File("src/web/data.js"));
    String dataStr = sc2.useDelimiter("\\Z").next();

    Scanner sc3 = new Scanner(new File("src/web/cytoscape.min.js"));
    String cytoStr = sc3.useDelimiter("\\Z").next();

    Scanner sc4 = new Scanner(new File("src/web/jquery.min.js"));
    String jqueryStr = sc4.useDelimiter("\\Z").next();

    webEngine.loadContent(cytoStr, "text/javascript");
    webEngine.loadContent(jqueryStr, "text/javascript");
    webEngine.loadContent(dataStr, "text/javascript");
    webEngine.loadContent(webStr, "text/html");

我正在尝试使用广度优先布局在 Cytoscape 中创建一个可折叠的树结构，以复制D3 可折叠树。

我正在尝试在节点上复制这种类型的单击操作，但还添加了恢复功能 -图像和广度优先布局

我选择 Cytoscape 的原因是因为我有一个场景，其中树的节点具有超过 1 个父节点。

我尝试使用以下代码添加点击事件：

cy.on('tap', 'node', function() {
    if (this.scratch().restData == null) {
       // Save node data and remove
       this.scratch({
            restData: this.connectedEdges().targets().remove()
       });
    } else {
       // Restore the removed nodes from saved data
       this.scratch().restData.restore();
       this.scratch({
            restData: null
       });
    }
}

但是，这只能成功折叠和扩展其直接子节点（其余节点仍然可见），并且在我点击叶节点时也会导致问题。

如果有人知道扩展和折叠节点的方法，请帮忙。

编辑：伙计们，如果有人也知道简单的多级树的解决方案，那也是一个好的开始......

我有一组网络点存储为节点和边缘,用于networkx,但是想在pyqtgraph小部件中使用更高级的可视化工具,以便我可以在pyqt5中设计的GUI中使用它.

利用matplotlib可视化nx网络的问题是颜色不显示,重力不能被操纵,等等......

图1

最佳情况是,如果cytoscape或Gephi有后端允许集成到这些类型的GUI中,因为在nx中构建网络之后,我能够很好地利用这些内容进行可视化.

两个数字都是相同的数据,唯一的区别是图2是使用Gephi可视化的,允许节点被更多地排斥,使它们可读.

有办法:

1. 当不手动指示节点放置时,调整networkx中的排斥力？
2. 在pyqtGraph小部件中可视化网络？(最好互动)

JanusGraph官方网站提供了一些图形可视化工具。Cytoscape就是其中之一。我想用Cytoscape可视化我的图形数据。我不知道如何将Cytoscape与JanusGraph集成。有人可以提供一些信息如何将Cytoscape与JanusGraph集成吗？

我在 cytoscape.js 中渲染具有约 1,000 个节点和约 5,000 个边的图形时遇到了很多麻烦（渲染需要很长时间，一旦渲染就无法交互，因为浏览器超载），但是出现了相同大小的图形渲染良好并与 sigma.js ( http://sigmajs.org/ ) 配合良好。

我想知道为什么这两个库的性能差异如此之大。如果可能的话，我想使用 cytoscape.js，因为它似乎有更好的文档记录并且更易于使用，但只有当它能够在浏览器中处理相当大的图形时我才能这样做。

有任何想法吗？

我正在使用最新的可乐尝试最新的cytoscape，但出现以下错误：

未捕获的TypeError：cola.adaptor不是函数

对于cytoscape.js代码段：

   var adaptor = layout.adaptor = cola.adaptor({
    trigger: function( e ){ // on sim event
      switch( e.type ){
        case 'tick':
          if( options.animate ){

API是否更改了可乐？

我正在使用 cytoscape.js 创建一个图形，并且我在父节点内复合了节点。我想在节点顶部但在节点内部拥有主/父节点的标题。这在细胞景观中可能吗？

我曾尝试使用 halign 和 valign。每当我使用最高值时，它都会显示在框外。

是否有扩展或插件可以让我们这样做？

子节点示例：https : //stackblitz.com/edit/cytoscape-call-method-child-efmbaj?file=src%2Fapp%2FstylesheetObject.ts