标签: cran

出于某种原因,我突然无法在R中安装软件包(我随后更新到最新版本的R并运行Windows 7).例如,如果我输入:

install.packages('beeswarm')

将软件包安装到'D:/ Rlibs'(未指定'lib')---请选择一个CRAN镜像用于此会话---尝试URL'http://www.stats.bris.ac.uk/ R/bin/windows/contrib/3.0/beeswarm_0.1.5.zip '内容类型'text/html'长度未知打开的URL已下载1859字节

read.dcf中出错(file.path(pkgname,"DESCRIPTION"),c("Package","Type")):无法打开连接另外:警告消息:1:解压缩(zipname,exdir = dest) :从zip文件2中提取错误1:在read.dcf(file.path(pkgname,"DESCRIPTION"),c("Package","Type")):无法打开压缩文件'beeswarm/DESCRIPTION',可能的原因'没有相应的文件和目录'

我已经读过在Windows 7中对写入某些文件夹等的权限可能存在重要限制.所以我已经花了一些时间在我的计算机的非默认区域安装R和库文件夹,并允许自己拥有权利某些文件夹,但无济于事.当我输入时,可能也很重要:

.libPaths()

# [1] "D:/Rlibs"                                             
# [2] "C:/Users/L.Halsey/Documents/R/win-library/3.0"        
# [3] "C:/Users/L.Halsey/Documents/Documents/R-3.0.1/library"

我创建了几个文件夹,试图创建一个我可以成功安装库并将其设置为R使用"开始"按钮中的"环境变量"进行识别的文件夹.我不知道如何删除它们中的任何一个 - 不确定这是否与我现在因某些原因无法安装/更新软件包的整体问题相关.

有没有什么方法可以在检查测试中的单元测试中提出我自己的NOTE异常...步骤R CMD check？
一般来说,00check.log如果数据库在单元测试期间不可用,我想要注意.
肮脏的解决方案欢迎

更新:实际上我看到了更多用于此类功能的用例,增加了赏金.

是否有标准的R社区资源来跟踪已知的错误或包的错误修复？我目前的方法是手动的.(注意:我将此限制为CRAN - 请参阅注释1)

我的用例基本上是bug监控和包更新管理.我每个月都会发现一些bug发现(我会及时向作者报告;-)).由于我的很多工作都是通过虚拟机完成的,所以当我能够很好地处理必要软件包的bug状态时,我倾向于更新VM映像.当修复了一堆错误时,我可以删除我的解决方法,这很棒,我更新了图像.当我发现爆发的bug时,我不会创建新的图像.

以下是我目前使用的来源:

• 新闻文件:许多(但不是全部)包都有NEWS文件.这些肯定是一个有用的起点.
• 包主页:某些包在CRAN上没有NEWS文件,但是在作者的站点上单独发布更改日志.
• R项目托管的邮件列表
• Google网上论坛的套餐
• 与包裹作者的个人交流
• 包的错误跟踪(例如开发人员可能使用Bugzilla)

成为第一个发现错误的人是一回事(我承认错误发生在我们所有人身上),这是另一个迟来发现一个已知或已经修复过的错误的错误.两者都减慢了我自己的编码速度,但更好的错误监控(也许我们需要一个cdc4R包:))会显着减少影响.如果没有标准的更新警报系统(例如update.packages(),报告可以更新哪些软件包的扩展名以及有关更改内容的信息的链接),用户的工作就是查找此信息.

作为这样的用户,试图寻找这些信息,是否有一些标准资源我在上面的列表中忽略了？例如,是否有一个R邮件列表,开发人员通常会发布他们的更改和错误修复？或者是否有一个网站聚合这样的帖子,帖子测试(CRAN帖子R CMD CHECK输出,似乎),或者提供一些其他反馈？

关于其他资源的一些补充说明,为了他人的利益:

• 我看到CRANberriesdiff对包装有一个简洁的总结,这对我来说是新的.(我启发,考虑了grep的bug或fix在diff的输出.)
• bug.report() 在R中是向R Core或包维护者的电子邮件地址发送消息的好方法.
• 几个测试包时值得考虑的是:testthat,RUnit,和svUnit.
• 我个人的"快速测试"只是digest用来验证结果是否匹配,而不必测试非常大的对象的相等性.

注1:我正在标记这个曲目,因为无法管理所有 R包的范围.对于单个软件包作者,可以在任何地方分发软件包,使用他们喜欢的任何邮件列表或错误跟踪系统等.但是,这不是R的"主流".我是否发布了一个包并提醒用户对于更改,错误,错误修正,我会选择CRAN + NEWS + Bugzilla + Google Groups + R-Forge(和/或RForge)等,但此列表中是否还有其他标准报告机制？

从某种意义上说,本说明还可以询问是否存在鼓励开发人员使用的机制.我怀疑没有标准,因为R Core成员的软件包似乎在bug和变更报告方面做了很多不同的事情.

注2:我也在增加管理(虽然其他东西可能更适合),因为这也与管理R有关.为了再现性,管理包非常重要; 当有多个用户或更多移动件时,保持意识到错误和修复成为一项管理任务,以及依赖于外部包的开发的重要考虑因素.如果另一个标签,例如系统管理更合适,我愿意接受改变.

即使我害怕有点偏离主题,但我不知道还有什么要问这个,对不起!

我正在使用Linux系统开发我的R-package,因此我可以R CMD check --as-cran轻松地为Linux 运行该命令.对于Windows,也可以使用同事计算机.

但是,如何检查MacOS的软件包？或者更糟糕的是,如何检查Solaris？我只是问,因为我从CRAN检查中得到了一个错误,很可能在没有一些尝试+错误的情况下我将无法修复它.但是反复上传新软件包直到MacOS修复错误都不是解决方案......

因此我的问题是,是否有一个类似于win-builder的在线工具(例如'win-check.r-project.org'和'macos-check.r-project.org'等),你可以检查你的包括所有可能的平台,在提交给cran之前？不幸的是,我不认识任何拥有Mac的人,苹果也不容易在x86计算机上安装他们的操作系统(我找到了Hackintosh项目,但它看起来有点阴暗......).拥有这样的工具可以更容易地解决一个包中的某些问题.

感谢您阅读本文!

(注意:这个问题包括"许可证"这个词.但是我们要清楚:这个问题不是要求许可建议.它问的是如何同时满足"程序员常用的软件工具"的文件命名要求:Github和CRAN这个问题可能与README文件一样容易.仅仅使用"许可证"这个词似乎让人们对他们的亲密投票感到高兴.)

我有一个R包,我想保留Github的代码.

根据R的要求(有关模板许可证的说明,请参见此处),我的DESCRIPTION文件中包含以下内容:

License: MIT + file LICENCE

我的LICENCE文件包含MIT模板,根据需要:

YEAR: 2017
COPYRIGHT HOLDER: Don Quixote

Github过去只通过查看LICENSE文件来计算许可,这允许我保留MIT文本,LICENSE以便Github检测到它和CRAN模板,LICENCE以便CRAN检测到它.这种方法用于.Rbuildignore隐藏LICENSECRAN中的Github .

但现在,一个黑暗倒下的土地上:Github上查看这两个LICENSE和LICENCE.发现它们不同,它放弃了确定项目许可证的尝试.

因此,似乎无法以满足CRAN和Github的方式使用MIT许可证或其他模板化许可证.

从重命名我CRAN许可证模板文件LICENCE到LICENCE.template会解决这个问题,但后来CRAN抱怨非标准文件.

我可以从git repo中省略CRAN许可模板文件,但是我不会为了方便而牺牲版本控制.

有解决方法吗？

我在CRAN上有几个R包,它们针对与pandoc无关的Solaris(有时是OSX)警告不能用于插件构建.例如,以下是ggseasCRAN上的结果,以及插图的源代码 - 从提交给CRAN的版本略有变化,但没有以任何相关方式.

粗略的谷歌搜索表明这个问题很常见.在GitHub上为单个包找到十几个问题也很容易,但我找不到任何表明解决方案的问题.据推测,CRAN维护者只是让这一个过去了,但如果是这样的话,它并不是很整洁.我不喜欢勾选出"我已经解决了上次提交的任何注释和警告"的方框,但这不是真的.

现在,一些幸运或技术熟练的人有不会引起这个问题的rmarkdown小插曲.例如,tidyr小插曲并没有对Solaris和OSX上CRAN任何警告.但是我在tidyr小插曲的序言中看不出任何不同之处:

---
title: "Tidy data"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{Tidy data}
  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}
---

或者在包含此行的DESCRIPTION文件中,

VignetteBuilder: knitr

这与我的小插图不同,它确实引发了警告.这是我有的:

---
title: "ggseas - seasonal decomposition on the fly"
author: "Peter Ellis"
date: "`r Sys.Date()`"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{ggseas - seasonal decomposition on the fly}
  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}
---

我也有knitr和rmarkdown在DESCRIPTION文件的"建议"中,这是在各种问题讨论中提到的一个解决方案(通常后跟"但它没有解决它").

我错过了什么？避免在CRAN上创建这些警告的秘诀是什么？不幸的是,这并不容易进行实验,所以如果我们能够为所有受此困扰的人们获得明确的答案,那将会很棒.

编辑/添加 - 完整的描述文件

Hadley Wickham认为问题最有可能出现在DESCRIPTION包的文件中,而不是插图本身.

这是ggseas一个包含生成警告的包的DESCRIPTION文件:

Package: …

在将我的包上传到CRAN之前,我正在尝试进行R CMD检查.

R CMD check --as-cran "my package folder".

但是,它会吐出这个警告:

"checking for unstated dependencies in examples ... OK

WARNING

pdf is needed for checks on size reduction of PDFs"

我在网上搜索但没有找到解决这个问题的线索.当我仅运行"R CMD检查"时,此警告不会出现.我的包没有问题.有人可以告诉我包裹可能有什么问题吗？

我有一组lng/lat坐标.计算集合中任意两点之间最大距离的有效方法是什么("最大直径",如果你愿意的话)？

一种天真的方法是使用Haversine公式来计算每个2点之间的距离并获得最大值,但这显然不能很好地扩展.

编辑:这些点位于一个足够小的区域,用于测量携带移动设备的人在一天内活动的区域.

我经常使用其他未导出的包中的实用程序类型函数: pkg:::fun().我想知道我是否可以在我自己的R包中的新功能/范围内使用这样的功能.这里的正确方法是什么？包含在我的描述文件中的包够吗？

我刚刚向 CRAN 提交了一个 R 包。我收到了这条评论：

If there are references describing the methods in your package, please add these in the description field of your DESCRIPTION file in the form
authors (year) <doi:...>
authors (year) <arXiv:...>
authors (year, ISBN:...)
or if those are not available: <https:...>
with no space after 'doi:', 'arXiv:', 'https:' and angle brackets for auto-linking.
(If you want to add a title as well please put it in quotes: "Title") 

但我认为该description字段仅限于一个段落，这意味着除了该字段中的单个段落之外，您不能包含其他文本。所以我不确定在描述字段中包含引用的确切格式是什么。我的猜测如下，但此格式返回一条注释，指出描述格式错误。

Description: Text describing the package, …