标签: contingency

我正在尝试使用R中的table()为两个整数变量创建一个意外事件(频率)表,但表中的默认选项不包括每个变量范围内的所有值.例如:

a=c(1,2,3,5)
b=c(1,1,2,3)
table(a,b)

收益:

  1 2 3
1 1 0 0
2 1 0 0 
3 0 1 0
5 0 0 1

我想要给:

  1 2 3
1 1 0 0
2 1 0 0 
3 0 1 0
4 0 0 0
5 0 0 1

这是一个简单的例子,其中值'4'不在其中一个向量中.我知道我可以将它操作成一个数组并添加一行零,但我想知道当变量可能跨越数百个(稀疏)整数值时,是否有更简单的方法来自动执行此操作.

我有一个像列联表这样的数据，它显示了大量的数据，但我想从这个数据帧中绘制维恩图。

我的数据结构：

species_abundance<-data.frame(Genus = c("Parasphingorhabdus", "Loktanella", "Cytobacillus", "Paracoccus", "Paucisalibacillus", "Kytococcus", "Salinibacterium", "Acinetobacter baumanni","Marinococcus","Bacillus"),
               S3 = c(0, 0, 1, 1, 0, 0, 1,0,4,0),
               S5 = c(0, 0, 0, 1, 1, 0, 1,0,3,5),
               S7 = c(3, 1, 0, 2, 0, 1, 0,0,3,1),
               S9 = c(0, 1, 0, 3, 0, 0, 0,1,2,0)

我如何从这个数据框中绘制维恩图，以便找到不同站（S3、S5、S7......）的独特和共享物种？

如果我按照下面给出的方式转换数据并尝试使用 Venny2，我将得到这样的图像，类似的图像并发现我想使用 R 做，请帮助

species_abundance1<-data.frame(S3 = c("", "", "Cytobacillus", "Paracoccus", "", "", "Salinibacterium","", "Marinococcus", ""),
                          S5 = c("", "", "", "Paracoccus", "Paucisalibacillus", "", "Salinibacterium","", "Marinococcus","Bacillus"),
                          S7 = c("Parasphingorhabdus", "Loktanella", "", …

我试图直接将以下数据输入R(代表一个列联表)

Area        School    Coffeshop    Hospitals    Parks    Totatl  
Washington     142          120           20       20       302   
Seattle        120          140           30       40       330 
Total          262          260           50       60       632

我的代码是这样的:

n<-c("Area","School","Cofeeshop","Hospitals","Parks","Total") 
x<-c("Washington",142,120,20,20,302)
y<-c("Seattle",120,140,30,40,330)
z<-c("Total",262,260,50,60,631)
data<-cbind(n,x,y,z)
data<-data.frame(data)

我有一个简单的问题.如何将数据帧转换为Fisher精确测试的列联表？

我有data大约19000行:

head(data)

          R_T1   R_T2    NR_T1  NR_T2
GMNN      14      60     70     157
GORASP2    7      67     39     188
TTC34      5      69     41     186
ZXDC       8      66     37     190
ASAH2      9      65     46     181

我想将每一行转换为列联表来执行Fisher精确检验.例如,对于GMNN:

       R   NR
T1    14   70
T2    60  157

fisher.test(GMNN, alternative="two.sided")

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  GMNN
p-value = 0.05273
alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
95 percent confidence interval:
0.2531445 1.0280271
sample estimates:
odds ratio 
0.5243787 

由于我有19000行数据,我宁愿输出为: …

是否有办法强制R的table功能包括行或列,即使它们从未出现在数据中？例如,

data.1 <- c(1, 2, 1, 2, 1, 2, 4)
data.2 <- c(1, 4, 3, 3, 3, 1, 1)

table(data.1, data.2)

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      data.2
data.1  1 3 4
      1 1 2 0
      2 1 1 1
      4 1 0 0

行中缺少3个,列中缺少2个,因为它们没有出现在数据中.

是否有一种简单的方法可以强制将其他行和列插入正确的位置,而是返回以下内容？

      data.2
data.1  1 2 3 4
      1 1 0 2 0
      2 1 0 1 1
      3 0 0 0 0
      4 1 0 0 0

在C中,最简单的方法是使用二维数组.那么Haskell呢？列表列表似乎不是一个优雅的解决方案.你会建议什么？

在R中,我试图将指标变量的数据框转换为计数表.

我的数据看起来像这样,其中A,B,C和D是不同条件的指示变量,ID1,ID2,ID3和ID4是患者ID.

test <- data.frame(rbind(c(0,0,0,1),c(1,0,0,1),c(1,0,0,0),c(1,1,0,0)))
colnames(test) <- c("A","B","C","D")
rownames(test) <- c("ID1","ID2","ID3","ID4"); test

    A B C D
ID1 0 0 0 1
ID2 1 0 0 1
ID3 1 0 0 0
ID4 1 1 0 0

我想最后得到一个表格,其中总结了A,B,C和D的计数以及它们如何重叠:

  A B C D
A 3 1 0 1
B 1 1 0 0
C 0 0 0 0
D 1 0 0 2

由于A,B,C和D是不同的变量,并且给定的ID可以有多个条目,我不确定如何实现这一点.谢谢你的帮助!

我正在使用epiR软件包,因为它具有优秀的2比2列联表,比值比和人口归因分数.

通常我的数据被编码为0 =否1 =是

所以,当我这样做

tabele(var_1,var_2)

输出以对齐的表格形式出现

对于它的输入虽然epiR希望左上方为Exposed + VE Outcome + VE - 即左上方应为Var 1 == 1且Var 2 == 1

目前我通过将零重新编码为2或者通过设置为因子并使用重新级别来执行此操作.这些都对其他分析有点烦人,因为一般来说我希望Outcome + VE来自Outcome-VE

所以我想知道是否有一种简单的方法(在表内？)来翻转表的方向,以便它基本上反转行/列的顺序？

希望以上是有道理的 - 如果没有,我很乐意提供澄清.

编辑:感谢以下建议; 只是为了澄清我希望能够在从现有数据帧变量调用表时执行此操作 - 即我正在做的是表(数据$ var_1,数据$ var_2) - 理想情况下无需创建一个全新的对象

chisq.test我有一个包含计数的数据框，我想对变量 Cluster 的每个值执行 a 。所以基本上，我需要 4 个列联表（对于“A”、“B”、“C”、“D”），其中行 = 类别，列 = 药物，值 = 总计。随后chisq.test应该对所有 4 个表格运行 a。

示例数据框

df <- data.frame(Cluster = c(rep("A",8),rep("B",8),rep("C",8),rep("D",8)),
                 Category = rep(c(rep("0-1",2),rep("2-4",2),rep("5-12",2),rep(">12",2)),2),
                 Drug = rep(c("drug X","drug Y"),16),
                 Total = as.numeric(sample(20:200,32,replace=TRUE)))

我已加载以下格式的数据：

我想将其扩展为：

我尝试过使用 Expand.table 函数epitools但没有成功。

我有表格形式的数据(甚至不是R表),我想将它转换(或输入)到R来执行分析.

该表是一个三向列联表,如下所示:

有没有办法轻松将其输入R？(只要我可以进行一些回归分析,它可以采用任何格式)

或者我需要手动输入它？