标签: brms

我试图在序数数据上运行贝叶斯多级累积模型，并正在阅读brms在线文档。我的模型看起来像

model <- brm(bf(y ~ Condition + (Condition|item) + (Condition|subject)),
                    data = df, 
                    family = cumulative(link="probit", threshold="flexible"),
                    chains=4,cores=4,iter=2000, prior = prior) 

bf()我看到有些文档在指定公式时没有该函数，但有些文档有。有人可以向我解释一下bf()这里在做什么吗？谢谢！

我正在尝试将矩阵数据输入到brm()函数中以运行信号回归。brm来自 brms 包，它提供了一个使用 Stan 拟合贝叶斯模型的接口。信号回归是指在更大的模型中使用另一个协变量对一个协变量进行建模，并使用by如下参数：model <- brm(response ~ s(matrix1, by = matrix2) + ..., data = Data)。问题是，我无法使用“data”参数输入矩阵，因为它只允许data.frame输入一个对象。

这是我的代码以及我试图绕过该约束而获得的错误......

首先，我的可重现代码导致模型构建：

library(brms)
#100 rows, 4 columns. Each cell contains a number between 1 and 10
Data <- data.frame(runif(100,1,10),runif(100,1,10),runif(100,1,10),runif(100,1,10))
#Assign names to the columns
names(Data) <- c("d0_10","d0_100","d0_1000","d0_10000")
Data$Density <- as.matrix(Data)%*%c(-1,10,5,1)
#the coefficients we are modelling
d <- c(-1,10,5,1) 
#Made a matrix with 4 columns with values 10, 100, 1000, 10000 which are evaluation …

我需要在多个因素上建立一个平滑项的模型。该by论证允许我对每个因子水平进行平滑建模，但我找不到如何在多个因子上做到这一点。

我尝试了类似于以下的解决方案，但没有成功：

data <- iris
data$factor2 <- rep(c("A", "B"), 75)

mgcv::gam(Sepal.Length ~ s(Petal.Length, by = c(Species, factor2)), data = data)
#> Error in model.frame.default(formula = Sepal.Length ~ 1 + Petal.Length + : variable lengths differ (found for 'c(Species, factor2)')

^{由reprex 包(v2.0.0)创建于 2021-08-05}

欢迎任何帮助！

我一直试图让 brms/rstan 在我的系统上工作，但运气有限。我有 R 4.2 并且正在使用 R studio。我最初开始在 R 中这样做，因为我无法让任何贝叶斯包在 Python 中工作，而且我（这似乎是错误的）认为在 R 中设置会更容易。

我正在观看有关如何使用 brms 进行回归的视频（https://www.youtube.com/watch?v=-1Hob2qpyeY），因此安装了 brms 和 bayesplot。RStudio 告诉我安装 Rtools，所以我就这么做了。我能够运行 lm，但使用 brm 后我无法运行模型。我卸载了所有软件包并尝试排除故障，并遵循了几篇帮助文章，但没有成功。

我认为可能存在问题，因为 R 安装到 C:\Program Files 并且我没有写访问权限（不是管理员），所以我尝试使用https://www.accelebrate.com/更改默认库库/操作方法文章/r-rstudio-library

我尝试按照https://learnb4ss.github.io/learnB4SS/articles/install-brms.html 但“配置 C++”部分没有给出预期结果（https://github.com/stan-dev/rstan/ wiki/Configuring-C---Toolchain-for-Windows无法安装 json)

我重新安装了 RTools。我尝试查看这篇文章，但无法弄清楚我需要的第二个目录是什么https://github.com/metrumresearchgroup/mrgsolve/issues/160 “请注意，路径前面有两个目录。” sys.getenv 的输出是巨大的。我的 Rtools 是 C:\rtools40

Sys.getenv("PATH")

1 “c:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin;c:\rtools42\usr\bin;C:\rtools42\usr\bin;C:\Program Files\R\R-4.2.0 \bin\x64;C:\Windows\System32;C:\Windows;C:\Windows\System32\wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0;C:\Windows\System32\OpenSSH;C: \Program Files (x86)\NVIDIA Corporation\PhysX\Common;C:\Program Files\dotnet;C:\Program Files (x86)\dotnet;C:\Program Files\NVIDIA Corporation\NVIDIA NvDLISR;C:\Users\ XXXXXXXX\AppData\Local\Programs\Python\Python310\Scripts;C:\Users\XXXXXXXX\AppData\Local\Programs\Python\Python310;C:\Users\XXXXXXXX\AppData\Local\Microsoft\WindowsApps;C:\Users \XXXXXXXX\AppData\Local\Programs\Microsoft VS Code\bin;C:\msys64\mingw64\bin;C:\Program Files\R\R-4.2.0"

环境变量的 图像 路径变量的图像

此时我尝试再次运行示例模型

example(stan_model, package = "rstan", run.dontrun …