标签: boxplot

我试图结合直方图和箱图来可视化连续变量.这是我到目前为止的代码

require(ggplot2)
require(gridExtra)
p1 = qplot(x = 1, y = mpg, data = mtcars, xlab = "", geom = 'boxplot') + 
     coord_flip()
p2 = qplot(x = mpg, data = mtcars, geom = 'histogram')
grid.arrange(p2, p1, widths = c(1, 2))

除了x轴的对齐外,它看起来很好.谁能告诉我如何对齐它们？或者,如果某人有更好的方法来使用此图表ggplot2,那么也会受到赞赏.

前段时间我问了一个关于绘制boxplot Link1的问题.

我有3个不同的组(或标签)的一些数据请在这里下载.我可以使用以下R代码来获取boxplot

library(reshape2)
library(ggplot2)

morphData <- read.table(".\\TestData3.csv", sep=",", header=TRUE);
morphData.reshaped <- melt(morphData, id.var = "Label")

ggplot(data = morphData.reshaped, aes(x=variable, y=value)) + 
  + geom_boxplot(aes(fill=Label))

在这里,我只是想知道如何将重要水平放在箱线图上方.为了使自己清楚,我在这里放了一张剪纸截图:

我正在做一个基本的箱子图,其中y=age和x=Patient groups

age <- ggplot(data, aes(factor(group2), age))  + ylim(15, 80) 
age + geom_boxplot(fill = "grey80", colour = "#3366FF")

我希望你能用一些东西来帮助我:

1)是否可以在每个组框图上面包括每组的观察次数(但不是在我的组标签所在的X轴上),而不必在油漆中执行此操作:)？我尝试过使用:

age + annotate("text", x = "CON", y = 60, label = "25")

CON第一组在哪里,就在y = 60这个组的箱线图上方.但是,该命令不起作用.我认为它有一些事情可以做,它x是一个连续的而不是一个分类的变量.

2)尽管有很多关于使用平均值而不是中位数的问题,我仍然没有找到适合我的代码？

3)在同样的问题上你有没有办法在箱线图中包含平均组数据？也许用

age + stat_summary(fun.y=mean, colour="red", geom="point")

然而,它只包括一个平均所在的点.或者再次使用

age + annotate("text", x = "CON", y = 30, label = "30")

哪一个CON是第一组,y = 30是〜组年龄均值.知道如何灵活和丰富的ggplot2语法,我希望有一种更优雅的方式来使用真实的统计输出而不是annotate.

任何建议/链接将不胜感激!

谢谢!!

我有这样的数据帧

import seaborn as sns
import pandas as pd
%pylab inline
df = pd.DataFrame({'a' :['one','one','two','two','one','two','one','one','one','two'], 'b': [1,2,1,2,1,2,1,2,1,1], 'c': [1,2,3,4,6,1,2,3,4,6]})

单个箱图是可以的

sns.boxplot(  y="b", x= "a", data=df,  orient='v' )

但我想为所有变量构建一个子图.我做

names = ['b', 'c']
plt.subplots(1,2)
sub = []
for name in names:

    ax = sns.boxplot(  y=name, x= "a", data=df,  orient='v' )
    sub.append(ax)

我明白了

怎么解决？thanx的帮助

我有一个显示多个盒子的箱线图.我想连接每个盒子的平均值和一条线.箱形图默认不显示均值,而中间线仅表示中位数.我试过了

ggplot(data, aes(x=xData, y=yData, group=g)) 
    + geom_boxplot() 
    + stat_summary(fun.y=mean, geom="line")

这不起作用.

有趣的是,干嘛

stat_summary(fun.y=mean, geom="point") 

绘制每个框中的中间点.为什么"排队"不起作用？

这样的东西,但使用ggplot2,http://www.aliquote.org/articles/tech/RMB/c4_sols/plot45.png

我可以ggplot2用来制作小提琴情节吗？也许使用一些变化geom_boxplot()？

我创建了一个包含多个组的图形,并在一行线上绘制了一个geom_boxplot().但是,透明地对盒子进行着色以便可以看到线条会很不错.

这是一些示例数据:

x11()

name <- c("a", "a", "a", "a", "a", "a","a", "a", "a", "b", "b", "b","b", "b", "b","b", "b", "b")
class <- c("c1", "c1", "c1", "c2", "c2", "c2", "c3", "c3", "c3","c1", "c1", "c1", "c2", "c2", "c2", "c3", "c3", "c3")
year <- c("2010", "2009", "2008", "2010", "2009", "2008", "2010", "2009", "2008", "2010", "2009", "2008", "2010", "2009", "2008", "2010", "2009", "2008")
value <- c(100, 33, 80, 90, 80, 100, 100, 90, 80, 90, 80, 100, 100, 90, 80, 99, 80, 100)

df …

我有一个包含csv文件的文件夹,每个文件有两列数据,例如:

0,red
15.657,red
0,red
0,red
4.429,red
687.172,green
136.758,green
15.189,red
0.152,red
23.539,red
0.348,red
0.17,blue
0.171,red
0,red
61.543,green
0.624,blue
0.259,red
338.714,green
787.223,green
1.511,red
0.422,red
9.08,orange
7.358,orange
25.848,orange
29.28,orange

我使用以下R代码生成箱图:

files <- list.files(path="D:/Ubuntu/BoxPlots/test/", pattern=NULL, full.names=F, recursive=FALSE)
files.len<-length(files)
col_headings<-c("RPKM", "Lineage")

for (i in files){
  i2<-paste(i,"png", sep=".")
  boxplots<-read.csv(i, header=FALSE)
  names(boxplots)<-col_headings
  png(i2)
  bplot<-ggplot(boxplots, aes(Lineage, RPKM)) + geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + geom_point(aes(colour=factor(Lineage)))
  print(bplot)
  graphics.off()
}

现在我想改变箱线图的颜色以匹配相应的x轴颜色标签.我还想更改x轴标签的名称,以及它们的顺序.有没有办法使用ggplot或qplot来做到这一点？

我想比较一组得分(score)的分布,按一些类别(centrality)分组并用其他一些()着色model.我用seaborn试过以下内容:

plt.figure(figsize=(14,6))
seaborn.boxplot(x="centrality", y="score", hue="model", data=data, palette=seaborn.color_palette("husl", len(models) +1))
seaborn.despine(offset=10, trim=True)
plt.savefig("/home/i11/staudt/Eval/properties-replication-test.pdf", bbox_inches="tight")

我对这个情节有一些问题:

• 有大量的异常值,我不喜欢它们是如何绘制的.我可以删除它们吗？我可以改变外观以减少混乱吗？我可以给它们着色至少使它们的颜色与盒子颜色相匹配吗？
• 该model值original是特殊的,因为所有其他分布应该与分布进行比较original.这应该在视图中直观地反映出来.我可以制作original每组的第一个盒子吗？我可以以某种方式偏移或标记它吗？是否有可能在每个original分布的中位数和一组方框中绘制一条水平线？
• 有些值score非常小,如何正确缩放y轴来显示它们？

编辑:

这是一个带有对数刻度的y轴的示例 - 也不是理想的.为什么有些盒子似乎在低端切断？

我有代码创建一个boxplot,使用R中的ggplot,我想用年份和Battle标记我的异常值.

这是我创建箱图的代码

require(ggplot2)
ggplot(seabattle, aes(x=PortugesOutcome,y=RatioPort2Dutch ),xlim="OutCome", 
y="Ratio of Portuguese to Dutch/British ships") + 
geom_boxplot(outlier.size=2,outlier.colour="green") + 
stat_summary(fun.y="mean", geom = "point", shape=23, size =3, fill="pink") + 
ggtitle("Portugese Sea Battles")

有人可以帮忙吗？我知道这是正确的,我只想标记异常值.