R Markdown,Knitr,Pandoc和Bookdown的功能之间有什么关系？

具体来说,在将标记文档与嵌入式R代码(例如.Rnw或者.Rmd)转换为最终输出(例如.pdf或.html)时,这些包之间的"分工"是什么？如果Knitr用于处理RMarkdown,那么这个rmarkdown包做了什么以及它与它有何不同markdown package？

RMarkdown中用于html文档的代码折叠选项非常棒.该选项使得程序化方法对于那些感兴趣的人来说是透明的,而不会迫使观众滚动数英里的代码.通过散文和交互式图形输出紧密放置代码,使整个项目更容易被更广泛的用户访问,而且还减少了对额外文档的需求.

对于一个更大的项目,我正在使用bookdown,它运行良好.唯一的问题是没有代码折叠选项.在记事本中当前未启用代码折叠.(请参阅在bookdown中启用代码折叠)

我知道我不需要选择来实现它.我只需要将正确的代码粘贴到正确的位置或地方.但是什么代码和在哪里？

一个可行的替代方案是将代码块放在页面中块的输出下面.或者,最后,将它们作为附录.我可以用html做到这一点,但不像rbookdown那样可重复.

我正在尝试用书籍来写我的博士论文,主要是使用pdf输出.我在文档末尾很容易添加了一个参考书目,但在每一章的末尾都有一个参考书目.我已经尝试用允许这样的LaTeX软件包来调整.tex输出,但是这会与bookownown默认值进行斗争.有没有办法调整.yaml选项来启用它？

我knitr::kable()用来渲染表作为R Markdown文档的一部分(它本身是一个bookdown项目的一部分).特别是,booktabs选项(通过将booktabs参数设置为相等TRUE)以一种漂亮的方式呈现表格.但是,我希望每隔五行就不会有空格.

例如,这里是代码以及在作为PDF呈现时,bookdown演示中的表格如何显示:

knitr::kable(
  head(iris, 20), caption = 'Here is a nice table!',
  booktabs = TRUE
)

我想要在每五行之后出现的空间不被包括在内,但我似乎找不到knitr::kable()这样做的设置.

bookdown包的承诺之一是自动编号图/表格标题和交叉引用图/表/部分的功能.

据称,如果我们bookdown::html_document2在YAML中使用,则可以启用单一Rmd预订:https://bookdown.org/yihui/bookdown/a-single-document.html

看一下bookdown手册章节的原始rmarkdown,我试图按照说明制作一个可以使用这些交叉引用功能的Rmd文件.但是我无法通过交叉引用按预期进行渲染.

这是一个简单的示例Rmd:

---
output: bookdown::html_document2
---

Here's the cross-ref: \@ref(fig:cars-fig) 

Here's the figure:

```{r cars-fig, fig.cap = 'Here is a plot about cars'}
plot(cars)
```

这是我点击RStudio中的编织按钮时得到的输出,交叉引用不能按预期工作:

如何让交叉引用显示图形编号并成为图形的实时链接？我如何才能按预期格式化标题？

这是我的会话信息:

> devtools::session_info()
Session info -------------------------------------------------------
 setting  value                       
 version  R version 3.3.0 (2016-05-03)
 system   x86_64, mingw32             
 ui       RStudio (0.99.846)          
 language (EN)                        
 collate  English_Australia.1252      
 tz       Australia/Sydney            
 date     2016-07-02                  

Packages -----------------------------------------------------------
 package   * version date       source                           
 bookdown    0.0.74  2016-07-01 Github (rstudio/bookdown@8333bbb)
 devtools    1.12.0  2016-06-24 CRAN (R 3.3.1) …

我试图使用bookdown包引用一个表.在文档中,作者仅展示了如何使用创建表knitr::kable.

```{r table1}
knitr::kable(
  head(iris, 20), caption = 'Here is a nice table!',
  booktabs = TRUE
)
```

表\@ref(tab:table1)在这里.

使用knitr::kable效果很好.显示表格的标题,我可以参考表格.我想用经典的手工制作降价表做同样的事情,但显然下面的代码失败了.我可以做些什么来获得与上面代码类似的结果？

```{r table2, echo=FALSE, results='asis'}
cat('| Sepal.Length| Sepal.Width| Petal.Length|
|------------:|-----------:|------------:|
|          5.1|         3.5|          1.4|
|          4.9|         3.0|          1.4|
|          4.7|         3.2|          1.3|
|          4.6|         3.1|          1.5|')
```

表\@ref(tab:table2)在这里.

此图显示了此代码编织时的输出.

当中文字符串里面的R代码块时,编译后的PDF会在字符串前得到一个冗余空间,如何避免这个额外的空间？请参考github中的最小案例- bookdown-chinese.

我正在使用bookdown从R markdown文件(即.Rmd)创建HTML gitbook ,默认选项是split_bib = TRUE在每章末尾生成参考书目,以及本书末尾的完整参考书目.

书末书目按字母顺序排列,但章末书目却没有.(这是一个例子).

如何按字母顺序排列所有参考列表？

使用bookdown(单个文档)时,数字会自动编号为:

图1图标题文字.

在化学中,惯例是将主要数字标记为:

图1.图标题文字.

并为支持信息文件:

图S1.图标题文字.

另外在我们需要的文字参考文献中:

......如图1所示,......

所以参考文本不应该是粗体.

题

如何使用bookdown(或rmarkdown)生成图形和表格标题,如下所示:" 图S1.一些文字." 和" 表S1.一些文字." ？

我需要这是MS Word格式.

示例/尝试的解决方案

到目前为止,我试图修改_bookdown.yml文件如下:

language:
  label:
    fig: "**Figure S**"
    tab: "**Table S**"

这给出了:图S 1一些文本......以及使用时的内联引用:

Figure S\@ref(fig:Xray)

是图S1,没关系.

这是一个最小的例子:

---
title: Supporting Information
subtitle: "Iron(I) etc"
author: "Some people here"
abstract: "Added the addresses here since there is no abstract in the SI"
output:
  bookdown::word_document2:
    fig_caption: yes
    toc: yes
    toc_depth: 1
---

## Reaction of etc.
Some …

Bookdown有许多配置选项,我发现很难理解如何知道一个选项是否存在,以及这些选项所在的逻辑背后的逻辑.

具体来说,我发现很难描述什么样进去的选项_bookdown.yml鉴于有至少两个其他的地方,说明选择:

• 在_output.yml,
• 函数调用的参数如bookdown::render_book.

在我看来,在_bookdown.yml函数的参数和参数之间存在任何类型的1对1映射bookdown::render_book,因此_bookdown.yml似乎不仅仅是记录函数调用选项的不同方式.

我们可以在源代码中看到`_bookdown.yml'正在控制一些配置选项,但不是全部.

所以 - 重新解释这个问题 - 为什么是_bookdown.yml一个单独的配置文件以及它应该包含什么的定义？

举一个有代表性的例子,有一个chapter_name可以使用的选项_bookdown.yml.我有以下问题:

1. 我们怎么知道这是一个选项,因为它没有在这里的文档或这里的例子中引用.
2. 一旦我们知道它存在,我怎么知道它有什么影响？是否所有这些选项都传递给其他包(例如pandoc,rmarkdown)？我唯一可以找到参考的地方chapter_name是用于记账的CRAN源代码,即使在那里我也无法弄清楚它是如何被使用的.

注意,讨论_bookdown.yml通过笔者在这里,但我还是不完全了解.