标签: bioconductor

我正在编写一个在当前目录中创建包的脚本(使用BioConductor的pdInfoBuilder),我想在脚本运行时安装它.install.packages()与repo = NULL似乎是一个明显的选择,但这似乎只有包目录tarballed和gzipped.有没有办法可以覆盖它,因为该create.pkg()函数不会创建*.tar.gz？目前我正在使用:

R CMD INSTALL package.name

谢谢,文斯

大家好,

我试图加载一定数量的Affymetrix CEL文件,使用标准的BioConductor命令(64位linux上的R 2.8.1,72 GB的RAM)

abatch<-ReadAffy()

但我不断收到这条消息:

Error in read.affybatch(filenames = l$filenames, phenoData = l$phenoData,  : 
  allocMatrix: too many elements specified

这个allocMatrix错误的一般含义是什么？有没有办法增加其最大尺寸？

谢谢

我正在尝试开始使用一些用于运行R的limma包的统计分析.任何人都知道一个很好的教程吗？

我必须首先说我刚开始用R编程.我无法创建数据的表达式集.当我尝试将化验数据和phenodata放在一起制作表达式时,我收到一个错误:

validObject(.Object)出错:"invalid class""ExpressionSet""object:sampleNames在assayData和phenoData之间有所不同"

请查看样本数据,我制作的phenodata表和R程序.我想应该修改phenodata以使其工作.

请让我知道如何解决这个问题并改变现象.

AssayData                                                       
    0h-1    0h-2    6h-1    6h-2    12h-1   12h-2   24h-1   24h-2   48h-1   48h-2   72h-1   72h-2   96h-1   96h-2
171407  4.021342514 4.021342514 6.847201005 6.847201005 3.189312274 3.189312274 3.322687671 3.322687671 4.929574559 4.929574559 4.040127938 4.040127938 3.181587044 3.181587044
171415  267.8091012 267.8091012 358.8511895 358.8511895 266.4562608 266.4562608 210.259177  210.259177  243.1496956 243.1496956 248.2780935 248.2780935 235.7079055 235.7079055
171426  13.3620332  13.3620332  5.581083074 5.581083074 12.5236932  12.5236932  8.433621131 8.433621131 13.07390505 13.07390505 12.94673202 12.94673202 23.43214156 23.43214156
171453  37.65310777 37.65310777 27.88942772 27.88942772 54.7409581  54.7409581  78.86045287 78.86045287 63.61655487 63.61655487 67.31327606 67.31327606 62.35426899 62.35426899 …

我biomaRt在R中用来查询ensembl的hsapiens人类基因数据库.我正在使用该函数getBM来获取所有基因的名称,起始位置和停止位置,但我找不到用于检索TSS(转录起始位点)的正确属性.可能是因为它被认为与seqType= c("3utr", "5utr")？相同？

我正在使用GenomicRanges来查找来自一个实验的哪些转录本与来自其他实验的转录本重叠.

head(to_ranges1)
   knowngene  chr strand Start    Gene
1 uc001aaa.3  chr1    +  9873 16409   DDX11L1
2 uc001aac.4  chr1    - 12361 31370  WASH7P
3 uc001aae.4  chr1    - 12361 21759  WASH7P
library(GenomicRanges)
object_one<-with(to_ranges, GRanges(chr, IRanges(Start,End), 
                                     strand,names=knowngene,Gene=Gene)
object_two<-with(to_ranges, GRanges(chr, IRanges(Start,End), 
                                     strand,names=knowngene, Gene=Gene))
mm<-findOverlaps(object_one,object_two)
solution <- data.frame(as.data.frame(object_one[as.matrix(mm)[,1],]),
                       as.data.frame(object_two[as.matrix(mm)[,2],]))

我想要找到的是解决方案数据框中命中之间的重叠段的宽度,但是我可以获得的唯一宽度是与重叠过程之前的原始转录本相关.

你能帮我恳求吗？

我正在尝试绘制Rgraphviz带有两个边缘标签的对象。不幸的是，标签不属于情节。这是我的示例：

require('Rgraphviz')
set.seed(123)
g1 <- randomGraph(letters[1:10], 1:4, 0.4)
eAttrs <- list()
eAttrs$label <- c("a~g" = "I have a very long label 1", "a~i" = "and a  long label 2")
plot(g1, edgeAttrs = eAttrs)

这是我的情节：

我尝试了几项都没有成功：

1. 设置更大的边框

z <- agopen(g1, "foo")
z@boundBox@upRight@x <- z@boundBox@upRight@x + 300
z@boundBox@upRight@y <- z@boundBox@upRight@y + 300
plot(z, edgeAttrs = eAttrs)

2. 减小标签的字体大小（无论如何，这并不是我真正想要的）

eAttrs$labelfontsize=c("a~g"="3")
plot(g1, edgeAttrs = eAttrs)

3. 更改par属性：

par(oma=c(10,10,10,10))
plot(g1, edgeAttrs = eAttrs)

4.从以下位置 更改节点，边和常规属性?Rgraphviz::GraphvizAttributes

attrs <- list(graph=list(size=c(1, 1))) …

我想使用的功能来自Bioconductor的包hypergraph,并hyperdraw没有装载包.从小hyperdraw插图运行示例时

dh1 <- hypergraph::DirectedHyperedge("A", "B", "R1")
dh2 <- hypergraph::DirectedHyperedge(c("A", "B"), c("C", "D"), "R2")
hg <- hypergraph::Hypergraph(LETTERS[1:5], list(dh1, dh2))
hgbph <- hyperdraw::graphBPH(hg)

我收到错误:

Error in hyperdraw::graphBPH(hg) : could not find function "hyperedges"

如果我尝试加载hyperedges:

hyperedges <- hyperdraw:::hyperedges

我收到了错误

Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : 
  object 'hyperedges' not found

当我使用library或加载两个包时require,我没有得到任何错误(在运行上面的代码时没有hypergraph::和hyperdraw::).

为什么我不希望加载包的原因是因为我建立它采用了封装hyperdraw和hypergraph只有一个功能,我宁愿把这些包装成Suggests比到Depends我的DESCRPTION文件.

有谁知道如何解决这个问题？

我知道如何使用该函数获取CRAN上所有可用软件包的列表（R的可用软件包的名称以及列出CRAN上可用的所有软件包以进行控制台）available.packages()。

但是如何获得Bioconductor上可用的软件包列表？

谢谢

我有一些基因组位置，我想使用biomaRt R包在Ensembl的基础上注释这些位置（查找Ensembl基因ID，外显子，内含子等特征）。

我数据的一部分

  chr       start        stop     strand
chr10   100572320   100572373          -   
chr10   100572649   100572658          +