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我想用R做PCA

我的数据有10,000列和90行,我使用prcomp函数来执行PCA.试图用prcomp结果准备一个双标图,我遇到了10,000个绘制的向量覆盖我的数据点的问题.双标图是否有任何隐藏向量表示的选项？

要么

我可以用它plot来获得PCA结果.但我不确定如何根据我的数据点标记这些点,数据点编号为1到90.

Sample<-read.table(file.choose(),header=F,sep="\t")

Sample.scaled<-data.frame(apply(Sample_2XY,2,scale))

Sample_scaled.2<-data.frame(t(na.omit(t(Sample_2XY.scaled))))

pca.Sample<-prcomp(Sample_2XY.scaled.2,retx=TRUE)

pdf("Sample_plot.pdf")

plot(pca.Sample$x)

dev.off()