相关疑难解决方法(0)

运行几个模型后,我需要system()在我的R脚本上运行一个命令来关闭我的EC2实例,但当我到达那一点时,我得到:

cannot popen 'ls', probable reason 'Cannot allocate memory'

注意:对于这个问题,我甚至尝试了ls哪些不起作用

我的脚本流程如下

• 加载模型(约2GB)
• 挖掘文档并写入MySQL数据库

使用不同型号重复上述步骤约20次,每个型号平均尺寸为2GB

• 终止实例

此时是我需要调用system("sudo shutdown -h now")而没有任何反应,但是当我尝试时,system("sudo shutdown -h now",intern=TRUE)我得到了分配错误.

我rm()在调用关机之前尝试了所有对象,但同样的错误仍然存​​在.

这是我系统上的一些数据,它是一个大型的EC2 Ubuntu实例

R version 2.15.1 (2012-06-22)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] splines   stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
 [1] RTextTools_1.3.9 …

我正在使用内部包"MyPKG"编写一个可重复分析的协议.每个用户都将提供自己的输入文件; 除输入外,分析应在相同条件下进行.(例如,我们可以推断出不同的结果是由不同的输入文件引起的).

MyPKG正在开发中,因此library(MyPKG)将加载用户在其本地库中编译的最后一个版本.它还将加载在本地库中找到的任何依赖项.

但我希望每个人都使用特定版本(MyPKG_3.14)进行此分析,同时仍允许开发更新版本.如果我理解正确,"R --vanilla"将为每个人加载相同的依赖项.

完成后,我们将工作环境保存为VM,以维持稳定的可重现环境.因此,临时(6个月)的解决方案就足够了.

我提出了两个可能的解决方案,但我不确定是否足够.

1. 要求服务器管理员将MyPKG_3.14安装到默认的R路径中,然后在协议中提供以下代码:

   R --vanilla
   library(MyPKG)
   ....
   

   Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

   要么

2. 在特定的库中编译MyPKG_3.14,例如lib.loc ="/ home/share/lib/R/MyPKG_3.14",然后提供

   R --vanilla
   library(MyPKG)
   

   Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

• 这两种方法都足以确保每个人都运行相同的版本吗？
• 一个比另一个好吗？
• 是否还会出现其他不可预见的问题？
• 是否有标准化多重分析的首选方案？
• 我应该包括对输出的测试SessionInfo()吗？
• 在服务器上创建一个帐户供每个人使用会更好吗？