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我有一个由基本数学函数(abs,cosh,sinh,exp,...)组合定义的函数.

我想知道它是否有所作为(速度)使用,例如, numpy.abs()而不是abs()？

编辑以澄清输入/输出。我认为无论如何这都会有点慢，但到目前为止我还没有真正考虑过我的 python 脚本的速度，并且我正在尝试找出加速此类操作的方法。

我的输入是基因组序列的腌制字典。我目前正在处理两个基因组，即芽殖酵母基因组（磁盘上 11.5 MB）和人类基因组（磁盘上 2.8 GB）。这些字典的形式如下：

seq_d = { 'chr1' : 'ATCGCTCGCTGCTCGCT', 'chr2' : 'CGATCAGTCATGCATGCAT', 
        'chr3' : 'ACTCATCATCATCATACTGGC' }

我想找到基因组两条链中核苷酸的所有单碱基实例。其中+strand指的是上述字典中的序列，strand-是序列的反向补集。我的输出是一个嵌套字典，其中顶层keys是+or -，嵌套的keys是染色体名称，值是 0 索引位置的列表：

nts = 'T'
test_d = {'+': {'chr3': [2, 5, 8, 11, 14, 17], 'chr2': [3, 7, 10, 14, 18], 
           'chr1': [1, 5, 9, 12, 16]}, '-': {'chr3': [0, 4, 7, 10, 13, 15], 
           'chr2': [2, 5, 9, 13, 17], 'chr1': [0]}}

test_d稍后在脚本中定义一组要在大型 Illumina …