我有在美国切萨皮克湾不同地点拍摄的物种丰富度的调查数据,我想以图形方式将数据显示为"热图".
我有一个lat/long坐标和丰富度值的数据框,我将其转换为a SpatialPointsDataFrame并使用autoKrige()automap包中的函数生成插值.
首先,任何人都可以评论我是否正确实现了该autoKrige()功能？
其次,我无法绘制数据并覆盖该地区的地图.或者,我可以指定插值网格来反映Bay的边界(如此处所示)吗？关于我如何做到这一点以及我可能从哪里得到这些信息的任何想法？提供网格autoKrige()看起来很容易.
编辑:感谢Paul的超级有用的帖子!这就是我现在拥有的.无法让ggplot接受插值数据和地图投影:
require(rgdal)
require(automap)
#Generate lat/long coordinates and richness data
set.seed(6)
df=data.frame(
lat=sample(seq(36.9,39.3,by=0.01),100,rep=T),
long=sample(seq(-76.5,-76,by=0.01),100,rep=T),
fd=runif(10,0,10))
initial.df=df
#Convert dataframe into SpatialPointsDataFrame
coordinates(df)=~long+lat
#Project latlong coordinates onto an ellipse
proj4string(df)="+proj=longlat +ellps=WGS84 +datum=WGS84 +no_defs"
#+proj = the type of projection (lat/long)
#+ellps and +datum = the irregularity in the ellipse represented by planet earth
#Transform the projection into Euclidean distances
project_df=spTransform(df, CRS("+proj=merc +zone=18s +ellps=WGS84 +datum=WGS84")) #projInfo(type="proj")
#Perform the interpolation using …我对ggplot比较新,所以如果我的一些问题非常简单或根本无法解决,请原谅我.
我想要做的是生成一个国家的"热图",其中形状的填充是连续的.此外,我有国家的形状.RData.我使用hadley wickham的脚本将我的SpatialPolygon数据转换为数据框.我数据框的long和lat数据现在看起来像这样
head(my_df)
long lat group
6.527187 51.87055 0.1
6.531768 51.87206 0.1
6.541202 51.87656 0.1
6.553331 51.88271 0.1
这个长/拉数据描绘了德国的轮廓.这里省略了数据框的其余部分,因为我认为不需要它.对于某些长/纬度点,我还有第二个数据帧.这看起来像这样
my_fixed_points
long lat value
12.817 48.917 0.04
8.533 52.017 0.034
8.683 50.117 0.02
7.217 49.483 0.0542
我现在想做的是,根据位于该点一定距离内的所有固定点的平均值,为地图的每个点着色.这样我就可以得到整个国家地图的(几乎)连续着色.到目前为止我所拥有的是用ggplot2绘制的国家地图
ggplot(my_df,aes(long,lat)) + geom_polygon(aes(group=group), fill="white") +
geom_path(color="white",aes(group=group)) + coord_equal()
我的第一个想法是生成位于已绘制的地图内的点,然后计算每个生成点的值,my_generated_point如此
value_vector <- subset(my_fixed_points,
spDistsN1(cbind(my_fixed_points$long, my_fixed_points$lat),
c(my_generated_point$long, my_generated_point$lat), longlat=TRUE) < 50,
select = value)
point_value <- mean(value_vector)
我还没有找到一种方法来产生这些点.就像整个问题一样,我甚至不知道是否有可能以这种方式解决.我现在的问题是,是否存在生成这些点的方法和/或是否有另一种方法来解决问题.
解
感谢Paul,我几乎得到了我想要的东西.以下是荷兰样本数据的示例.
library(ggplot2)
library(sp)
library(automap)
library(rgdal)
library(scales)
#get the spatial data …